Discussion :

[Mayeu]

Bonjour,
J'avais pour habitude de programmer en Perl sous linux. Mais sous Mac, une erreur que je ne comprends pas à lieu :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use ("function.pl");
#Testing some of function I have created.
 
##Test of StringToRegex :
StringToRegex("acvgayaaygaratcaaraayywytcg");

le bout de code précédent me renvoie constamment l'erreur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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syntax error at /Users/lainux/Stage/test.pl line 2, near "use ("
Execution of /Users/lainux/Stage/test.pl aborted due to compilation errors.
 
exception_handler::tm_die      in test.pl line 2
Program exited.

J'ai essayé toute les écritures possible pour l'arument de la fonction use(), mais rien y fait.
Quelqu'un aurais une idée?

Merci d'avance

Mayeu.tik

P.S.: si je remplace use, par require 'function.pl';, j'obtient l'erreur suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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function.pl did not return a true value at /Users/lainux/Stage/test.pl line 2.
 
exception_handler::tm_die      in test.pl line 2
Program exited

Mon fichier fonction ce trouve bien dans le même dossier, et a les droits!

[Mayeu]

Auto résolue, mon fichier funtion.pl ne contenant que des subroutine, ce doit de renvoyer une valeur autre que 0. Donc ajout de return 1; à la fin du fichier!

Par contre autre erreur, une substition ne marche :/

test.pl :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
require 'function.pl';
#Testing some of function I have created.
 
##Test of StringToRegex :
$primer = "acvgayaaygaratcaaraayywytcg";
$regex = StringToRegex($primer);
 
#Debug
print $regex;

function.pl :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
sub StringToRegex($primer) {
	#Debug
	#print $i++." ".length($primer)."\n";
 
	#Upercase
	$primer = lc($primer);
 
	#Debug
	#print $i++." ".length($primer)."\n";
 
	#Translate the primers sequence in Regex
	$primer =~ s/n/[actg]/;
	$primer =~ s/v/[gac]/;
	$primer =~ s/b/[gtc]/;
	$primer =~ s/h/[atc]/;
	$primer =~ s/d/[gat]/;
	$primer =~ s/k/[gt]/;
	$primer =~ s/s/[gc]/;
	$primer =~ s/w/[at]/;
	$primer =~ s/y/[ct]/;
	$primer =~ s/m/[ac]/;
	$primer =~ s/r/[ag]/;
 
	#Debug
	print $i++." ".length($primer)."\n";
	print $primer."\n";
 
	return $primer;
}
 
return 1;

et bien ceci me renvoie ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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0 40
ac[gac]ga[ct]aayga[ag]atcaaraayy[at]ytcg
ac[gac]ga[ct]aayga[ag]atcaaraayy[at]ytcg

alors que les "y" sont sensé être changé en "[ct]". Je ne voie pas d'ou peu venir l'erreur, la ligne est exactement la même que les précedente :/

[lami20j]

Salut,

il faut utiliser le modificateur /g pour remplacer toutes les occurences

s/motif/remplacement/g;

donc dans ton cas

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$primer =~ s/y/[ct]/g;

[Mayeu]

En effet jávai totalement oublié cette propriété!

Merci de ton aide en tout cas!