IdentifiantMot de passe
Loading...
Mot de passe oublié ?Je m'inscris ! (gratuit)
Navigation

Inscrivez-vous gratuitement
pour pouvoir participer, suivre les réponses en temps réel, voter pour les messages, poser vos propres questions et recevoir la newsletter

ImageJ Java Discussion :

suivi de la croissance de sphéroides par traitement d'image


Sujet :

ImageJ Java

Vue hybride

Message précédent Message précédent   Message suivant Message suivant
  1. #1
    Membre averti
    Homme Profil pro
    Étudiant
    Inscrit en
    Décembre 2022
    Messages
    12
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Âge : 30
    Localisation : France, Meurthe et Moselle (Lorraine)

    Informations professionnelles :
    Activité : Étudiant
    Secteur : High Tech - Électronique et micro-électronique

    Informations forums :
    Inscription : Décembre 2022
    Messages : 12
    Par défaut suivi de la croissance de sphéroides par traitement d'image
    Bonjour,
    Je suis nouveau le logiciel de traitement d'image (ImageJ) et j'aurais besoins d'aide pour résoudre le projet qui m'a été données.

    L'idée c'est de créer un macro permettant d'estimer automatiquement le volume des différents
    sphéroïdes détectés et d'avoir en sortie un tableau excel.

  2. #2
    Membre éprouvé Avatar de Tchoukatroc
    Homme Profil pro
    Soupière
    Inscrit en
    Mai 2014
    Messages
    99
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Localisation : France, Hauts de Seine (Île de France)

    Informations professionnelles :
    Activité : Soupière
    Secteur : Santé

    Informations forums :
    Inscription : Mai 2014
    Messages : 99
    Par défaut
    Bonjour,

    Je pense que la fonction «*analyse particule*» dans l’onglet analyse répond à ton besoin.

  3. #3
    Membre averti
    Homme Profil pro
    Étudiant
    Inscrit en
    Décembre 2022
    Messages
    12
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Âge : 30
    Localisation : France, Meurthe et Moselle (Lorraine)

    Informations professionnelles :
    Activité : Étudiant
    Secteur : High Tech - Électronique et micro-électronique

    Informations forums :
    Inscription : Décembre 2022
    Messages : 12
    Par défaut
    Bonjour,

    Je viens d'avoir essayer cette fonction sur les 3 image que j'ai mise en pièces joints. Mais je n'arrive pas a voir la distinction entre les pixels concernants les particule du reste de l'image.

    Aussi comment je doit définir le nombre de mes particules dans chaque image.

    Veillez trouver également en pièce-joint l'intégralité du sujet afin de mieux comprendre mon besoin.
    Images attachées Images attachées    
    Images attachées Images attachées

  4. #4
    Membre éprouvé Avatar de Tchoukatroc
    Homme Profil pro
    Soupière
    Inscrit en
    Mai 2014
    Messages
    99
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Localisation : France, Hauts de Seine (Île de France)

    Informations professionnelles :
    Activité : Soupière
    Secteur : Santé

    Informations forums :
    Inscription : Mai 2014
    Messages : 99
    Par défaut
    Il faut utiliser un seuillage (threshold), puis la fonction analyse particule (en utilisant les paramètres permettant de discriminer tes sphéroides. Par contre, je pense qu'il faut faire une macro pour supprimer l’extérieur de la boite de pétri, dans lesquels des particules peuvent être détectées.

    Nom : Sans titre.png
Affichages : 440
Taille : 853,7 Ko

  5. #5
    Membre averti
    Homme Profil pro
    Étudiant
    Inscrit en
    Décembre 2022
    Messages
    12
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Âge : 30
    Localisation : France, Meurthe et Moselle (Lorraine)

    Informations professionnelles :
    Activité : Étudiant
    Secteur : High Tech - Électronique et micro-électronique

    Informations forums :
    Inscription : Décembre 2022
    Messages : 12
    Par défaut
    J'ai réussi à isolé les particules en modifiant les paramètres du filtrage. De ce fait j'arrive à bien identifier les particules.
    Maintenant j'aimerais savoir comment mesurer la taille de chaque particules?
    Nom : Seuillege et calcul nombre particules.png
Affichages : 437
Taille : 94,5 Ko

  6. #6
    Membre éprouvé Avatar de Tchoukatroc
    Homme Profil pro
    Soupière
    Inscrit en
    Mai 2014
    Messages
    99
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Localisation : France, Hauts de Seine (Île de France)

    Informations professionnelles :
    Activité : Soupière
    Secteur : Santé

    Informations forums :
    Inscription : Mai 2014
    Messages : 99
    Par défaut
    Dans «*analyse*» -> «*set measurment «*, tu choisis les paramètres que tu souhaites mesurer, puis tu utilises la fonction measure. C’est peut-être à ce moment là qu’il faudra faire une macro, pour passer d’une région (sphéroïdes) à une autre. Les régions correspondant aux sphéroïdes sont enregistrées dans le roi manager, il est possible via une macro de sélectionner une région, puis de faire la mesure et répéter pour toutes les régions.

  7. #7
    Membre averti
    Homme Profil pro
    Étudiant
    Inscrit en
    Décembre 2022
    Messages
    12
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Âge : 30
    Localisation : France, Meurthe et Moselle (Lorraine)

    Informations professionnelles :
    Activité : Étudiant
    Secteur : High Tech - Électronique et micro-électronique

    Informations forums :
    Inscription : Décembre 2022
    Messages : 12
    Par défaut
    Bonjour,

    Sur ma macro j'arrive à sélectionner chaque particule et à mesurer sa taille avec la méthode que vous m'avez proposer.
    Mais ce que je vaudrais c'est de dire que la particule appartient à tel puits et que ça taille est de... pour pouvoir l’enregistrer sur le ficher excel.
    Images attachées Images attachées  

  8. #8
    Membre averti
    Homme Profil pro
    Étudiant
    Inscrit en
    Décembre 2022
    Messages
    12
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Âge : 30
    Localisation : France, Meurthe et Moselle (Lorraine)

    Informations professionnelles :
    Activité : Étudiant
    Secteur : High Tech - Électronique et micro-électronique

    Informations forums :
    Inscription : Décembre 2022
    Messages : 12
    Par défaut
    Voici ma macro:

    //Fermeture de toutes les fenêtres
    //close();
    run("Close");

    //setAutoThreshold("Default no-reset");
    //run("Threshold...");
    setThreshold(0, 80);
    setOption("BlackBackground", true);
    run("Convert to Mask");
    run("Analyze Particles...", "size=900-20000 circularity=0.50-1.00 add");

    roiManager("Select", 0);
    roiManager("Measure");
    roiManager("Select", 1);
    roiManager("Measure");
    roiManager("Select", 2);
    roiManager("Measure");
    roiManager("Select", 3);
    roiManager("Measure");
    roiManager("Select", 4);
    roiManager("Measure");
    roiManager("Select", 5);
    roiManager("Measure");
    roiManager("Select", 6);
    roiManager("Measure");
    roiManager("Select", 7);
    roiManager("Measure");

  9. #9
    Membre éprouvé Avatar de Tchoukatroc
    Homme Profil pro
    Soupière
    Inscrit en
    Mai 2014
    Messages
    99
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Localisation : France, Hauts de Seine (Île de France)

    Informations professionnelles :
    Activité : Soupière
    Secteur : Santé

    Informations forums :
    Inscription : Mai 2014
    Messages : 99
    Par défaut
    Voila une solution qui marche sur ton image actuelle. Il y a deux paramètres qui pourraient changer selon tes images, à voir. Tu as 6 boites sur ton image, 3 en largeur, 2 en hauteur. J'ai divisé la largeur de ton image par 3 pour calculer la variable "largeurBoite" et j'ai divisé la hauteur de ton image par 2 pour calculer la variable "hauteurBoite". La macro vérifie grâce à ces valeurs dans quelles boites se trouvent la région correspondant à un sphéroide. Actuellement, j'ai écrit leurs valeurs en brut dans la macro en me basant sur l'image que tu as envoyé, ça ne marchera donc qu'avec des images ayant le même format (même taille en pixels et même nombre de boites 3X2). Si tes autres images sont différentes, il faudra aussi calculer directement dans la macro la valeurs des variables largeurBoite et hauteurBoite.

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    3
    4
    5
    6
    7
    8
    9
    10
    11
    12
    13
    14
    15
    16
    17
    18
    19
    20
    21
    22
    23
    24
    25
    26
    27
    28
    29
    30
    //Fermeture de toutes les fenêtres
    //close();
    //run("Close");
     
    //setAutoThreshold("Default no-reset");
    //run("Threshold...");
    setThreshold(0, 80);
    setOption("BlackBackground", true);
    run("Convert to Mask");
    run("Analyze Particles...", "size=900-20000 circularity=0.50-1.00 add");
    for (i = 0; i < roiManager("count"); i++) 
    {
    	roiManager("Select", i);
    	roiManager("Measure");
    	getSelectionBounds(x, y, width, height);
    	largeurBoite = 2755;
    	hauteurBoite = 2833;
    	if (y<hauteurBoite) //ligne du haut
    	{
    		if (x<largeurBoite) setResult("Column", i, "Boite 1");
    		if (x>largeurBoite && x<largeurBoite*2) setResult("Column", i, "Boite 2");
    		if (x>largeurBoite*2) setResult("Column", i, "Boite 3");
    	}
    		if (y>hauteurBoite) //ligne du bas
    	{
    		if (x<largeurBoite) setResult("Column", i, "Boite 4");
    		if (x>largeurBoite && x<largeurBoite*2) setResult("Column", i, "Boite 5");
    		if (x>largeurBoite*2) setResult("Column", i, "Boite 6");
    	}
    }

  10. #10
    Membre averti
    Homme Profil pro
    Étudiant
    Inscrit en
    Décembre 2022
    Messages
    12
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Âge : 30
    Localisation : France, Meurthe et Moselle (Lorraine)

    Informations professionnelles :
    Activité : Étudiant
    Secteur : High Tech - Électronique et micro-électronique

    Informations forums :
    Inscription : Décembre 2022
    Messages : 12
    Par défaut
    Bonsoir,

    Merci pour votre solution car je vois qu'il est ainsi plus aisé de calculer le nombre de particules dans chaque puit.
    Et concernant les images, on à déjà convenu que ce serais sur les même type d'image.

    Maintenant comment pourrai-je faire pour ramener les mesure en cm ou en mico-mettre afin de déterminer le volume de chaque sphéroïde.

Discussions similaires

  1. mesure d'épaisseur par traitement d'image
    Par maximus35 dans le forum MATLAB
    Réponses: 9
    Dernier message: 06/02/2018, 08h59
  2. Détection de pluie par traitement d'image
    Par Ma29200 dans le forum Traitement d'images
    Réponses: 17
    Dernier message: 20/02/2012, 10h52
  3. [blkproc] Traitement d'image par blocs
    Par StitchP dans le forum Images
    Réponses: 3
    Dernier message: 01/07/2008, 10h12
  4. [C++] Traitement d'images bitmap, croissance de région
    Par salem4 dans le forum Algorithmes et structures de données
    Réponses: 14
    Dernier message: 18/05/2005, 13h27
  5. Réponses: 37
    Dernier message: 28/04/2005, 08h47

Partager

Partager
  • Envoyer la discussion sur Viadeo
  • Envoyer la discussion sur Twitter
  • Envoyer la discussion sur Google
  • Envoyer la discussion sur Facebook
  • Envoyer la discussion sur Digg
  • Envoyer la discussion sur Delicious
  • Envoyer la discussion sur MySpace
  • Envoyer la discussion sur Yahoo