Discussion :

[LAM232210]

Bonjour,
Je suis nouveau le logiciel de traitement d'image (ImageJ) et j'aurais besoins d'aide pour résoudre le projet qui m'a été données.

L'idée c'est de créer un macro permettant d'estimer automatiquement le volume des différents
sphéroïdes détectés et d'avoir en sortie un tableau excel.

[Tchoukatroc]

Bonjour,

Je pense que la fonction «*analyse particule*» dans l’onglet analyse répond à ton besoin.

[LAM232210]

Bonjour,

Je viens d'avoir essayer cette fonction sur les 3 image que j'ai mise en pièces joints. Mais je n'arrive pas a voir la distinction entre les pixels concernants les particule du reste de l'image.

Aussi comment je doit définir le nombre de mes particules dans chaque image.

Veillez trouver également en pièce-joint l'intégralité du sujet afin de mieux comprendre mon besoin.

[Tchoukatroc]

Il faut utiliser un seuillage (threshold), puis la fonction analyse particule (en utilisant les paramètres permettant de discriminer tes sphéroides. Par contre, je pense qu'il faut faire une macro pour supprimer l’extérieur de la boite de pétri, dans lesquels des particules peuvent être détectées.

[LAM232210]

J'ai réussi à isolé les particules en modifiant les paramètres du filtrage. De ce fait j'arrive à bien identifier les particules.
Maintenant j'aimerais savoir comment mesurer la taille de chaque particules?

[Tchoukatroc]

Dans «*analyse*» -> «*set measurment «*, tu choisis les paramètres que tu souhaites mesurer, puis tu utilises la fonction measure. C’est peut-être à ce moment là qu’il faudra faire une macro, pour passer d’une région (sphéroïdes) à une autre. Les régions correspondant aux sphéroïdes sont enregistrées dans le roi manager, il est possible via une macro de sélectionner une région, puis de faire la mesure et répéter pour toutes les régions.

[LAM232210]

Bonjour,

Sur ma macro j'arrive à sélectionner chaque particule et à mesurer sa taille avec la méthode que vous m'avez proposer.
Mais ce que je vaudrais c'est de dire que la particule appartient à tel puits et que ça taille est de... pour pouvoir l’enregistrer sur le ficher excel.

[LAM232210]

Voici ma macro:

//Fermeture de toutes les fenêtres
//close();
run("Close");

//setAutoThreshold("Default no-reset");
//run("Threshold...");
setThreshold(0, 80);
setOption("BlackBackground", true);
run("Convert to Mask");
run("Analyze Particles...", "size=900-20000 circularity=0.50-1.00 add");

roiManager("Select", 0);
roiManager("Measure");
roiManager("Select", 1);
roiManager("Measure");
roiManager("Select", 2);
roiManager("Measure");
roiManager("Select", 3);
roiManager("Measure");
roiManager("Select", 4);
roiManager("Measure");
roiManager("Select", 5);
roiManager("Measure");
roiManager("Select", 6);
roiManager("Measure");
roiManager("Select", 7);
roiManager("Measure");

[Tchoukatroc]

Voila une solution qui marche sur ton image actuelle. Il y a deux paramètres qui pourraient changer selon tes images, à voir. Tu as 6 boites sur ton image, 3 en largeur, 2 en hauteur. J'ai divisé la largeur de ton image par 3 pour calculer la variable "largeurBoite" et j'ai divisé la hauteur de ton image par 2 pour calculer la variable "hauteurBoite". La macro vérifie grâce à ces valeurs dans quelles boites se trouvent la région correspondant à un sphéroide. Actuellement, j'ai écrit leurs valeurs en brut dans la macro en me basant sur l'image que tu as envoyé, ça ne marchera donc qu'avec des images ayant le même format (même taille en pixels et même nombre de boites 3X2). Si tes autres images sont différentes, il faudra aussi calculer directement dans la macro la valeurs des variables largeurBoite et hauteurBoite.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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//Fermeture de toutes les fenêtres
//close();
//run("Close");
 
//setAutoThreshold("Default no-reset");
//run("Threshold...");
setThreshold(0, 80);
setOption("BlackBackground", true);
run("Convert to Mask");
run("Analyze Particles...", "size=900-20000 circularity=0.50-1.00 add");
for (i = 0; i < roiManager("count"); i++) 
{
	roiManager("Select", i);
	roiManager("Measure");
	getSelectionBounds(x, y, width, height);
	largeurBoite = 2755;
	hauteurBoite = 2833;
	if (y<hauteurBoite) //ligne du haut
	{
		if (x<largeurBoite) setResult("Column", i, "Boite 1");
		if (x>largeurBoite && x<largeurBoite*2) setResult("Column", i, "Boite 2");
		if (x>largeurBoite*2) setResult("Column", i, "Boite 3");
	}
		if (y>hauteurBoite) //ligne du bas
	{
		if (x<largeurBoite) setResult("Column", i, "Boite 4");
		if (x>largeurBoite && x<largeurBoite*2) setResult("Column", i, "Boite 5");
		if (x>largeurBoite*2) setResult("Column", i, "Boite 6");
	}
}

[LAM232210]

Bonsoir,

Merci pour votre solution car je vois qu'il est ainsi plus aisé de calculer le nombre de particules dans chaque puit.
Et concernant les images, on à déjà convenu que ce serais sur les même type d'image.

Maintenant comment pourrai-je faire pour ramener les mesure en cm ou en mico-mettre afin de déterminer le volume de chaque sphéroïde.

[Tchoukatroc]

La fonction set scale dans analyse permet de calibrer la taille d'un pixel, les mesures effectuées seront automatiquement convertie en l'unité donnée.

[LAM232210]

Oui c'est ce que j'ai essayer de faire, mais à chaque fois il me fausse le nombre de particules qu'il y'a dans l'image

[Tchoukatroc]

Je ne comprend pas, il ne détecte pas le même nombre de particules si tu as une calibration ou non? Car ça n'est pas lié normalement. J'ai essayé de mon coté, il détecte la même chose avec ou sans calibration. Quels paramètres de calibration as-tu entré?

[LAM232210]

J'ai utiliser cette calibration et ça me calcul un nombre de particule plus grand

run("Set Scale...", "distance=9644 known=101800 unit=µm");

[Tchoukatroc]

Je pense que c'est juste le paramètre size de la fonction analyse particules qu'il faut changer. Il est actuellement de 900-20000 car on calculait la surface en pixel, mais après calibration, on sera plus sur du 20000-1000000 um2 pour la taille de tes sphéroides.

[LAM232210]

Oui merci ça marche maintenant avec une size de 50000-infiny

run("Analyze Particles...", "size=50000-infiny circularity=0.50-1.00 add");

Et est-ce qu'il y'a moyen de calculer le volume depuis imageJ

[Tchoukatroc]

Comment souhaites-tu calculer un volume sur ces images étant donné quelles sont en 2D? Tu as des acquisitions sur différents plans en Z de tes sphéroïdes?
Pour ma part, je n'ai jamais fait d'analyse en 3D sur imageJ, donc je ne pourrais pas beaucoup t'aider sur ce point la.

[LAM232210]

Bonsoir,

Oui je comprends. En tout cas merci pour votre aide ci-précieuse.
J'ai beaucoup compris de logiciel ImageJ grâce à vous.
J'ai rendu mon rapport et si jamais j'ai une solution sur comment calculer le volume, je vous ferais part.

très bonne soirée et à bientôt.