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ImageJ Java Discussion :

Segmentation sur ImageJ


Sujet :

ImageJ Java

  1. #1
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    Par défaut Segmentation sur ImageJ
    Bonjour,

    Je suis en train de faire une macro pour traiter des centaines d'images, mais je suis débutant dans le domaine. J'ai fait une macro capable de segmenter les images via l'espace Lab et en utilisant la méthode Huang dark, mais toutes mes images ne se crop pas bien. Je ne sais pas ou est l'erreur.

    De plus, je souhaite faire des mesures sur ses images cropper et originale, et quand je réalise une séquence de traitement d'image, la fenêtre résultats se ferme automatiquement, ce qui ne me permet pas de sauvegarder l'ensemble des résultats.

    Pouvez-vous m'aider ?

    Merci d'avance

    Macro :
    Segmentation feuilles laitues..txt

    Ex photos à cropper
    Nom : C1 21A.082 178-02  P2 V1 T11.jpg
Affichages : 121
Taille : 557,2 KoNom : C1 21A.082 178-05  P5 V1 T11.jpg
Affichages : 117
Taille : 517,1 KoNom : C2 21A.082 180-05  P4 V1 T13.jpg
Affichages : 112
Taille : 515,2 KoNom : C1 21A.082 180-07  P5 V1 T11.jpg
Affichages : 114
Taille : 523,4 Ko

  2. #2
    Membre habitué Avatar de Tchoukatroc
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    Par défaut
    Bonjour,

    Le problème des images non rognées vient du fait que ces images sont binarisées à l'inverse des images qui sont correctement rognées. Je n'ai pas trouvé pourquoi certaines des images sont binarisées à l'envers, mais pour résoudre le problème, je suggère d'utiliser

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    setAutoThreshold("Default");
    run("NaN Background", "slice");
    Au lieu de la ligne

    et cela résout le problème, en tout cas en testant sur les 4 images envoyées avec le message.

  3. #3
    Membre habitué Avatar de Tchoukatroc
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    Par défaut
    La fenêtre résultat est fermée par la fonction

    run("Analyze Particles...", "size=80000-Infinity circularity=0.10-1.00 clear include add");

    Il faut supprimer le clear pour que la fenêtre ne soit plus fermée.

  4. #4
    Candidat au Club
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    Par défaut
    ok merci, tous marche
    bonne journée a vous

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