Discussion :

[m01x75]

Bonjour à tous,
j'ai script dont le but est de récupérer des données dans un fichier d'entrée (file_in) et d'écrire sous un format différent un fichier de sortie (file_out).
Au passage j'ajoute un autre fichier qui contient des données qui m’intéresse et dont je souhaite récupérer certaines valeurs à écrire dans le fichier de sortie.

Cela fonctionne...partiellement...car je récupère bien tout ce qu'il me faut sauf que j'ai une boucle qui se "forme" et donc toutes mes lignes de mon fichier d'entrée sont dupliquées.
Je pense que cela peut éventuellement venir d'un problème d'indentation mais je n'arrive pas à le solutionner.

Merci d'avance pour votre aide

Code :

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def Cluster (file_in,file_out):
 
        with open (file_in,"r") as f, open (file_out,"w") as g:
            for line in f:
                linesplit=line.split("\t")
                Gene=linesplit[0]
                Sequence=linesplit[1].split(":")
                Sequencefinal=Sequence[0].replace("+","").replace("-","").strip()
                FamilleATB=linesplit[5]
                Mechanisms=linesplit[6]
                if FamilleATB == "NA":
                    FamilleATB=Mechanisms
                else:
                    FamilleATB=FamilleATB
                Taxon=linesplit[7].strip("\n")
 
                with open("DB.txt","r") as h:
                    for line in h:
                        linesplitDB=line.split("\t")
                        GeneDB=linesplitDB[0].strip("*")
                        Groupe=linesplitDB[1].strip('\n')
                        if Gene == GeneDB:
                            Cluster=Groupe
                        else:
                            Cluster="."
 
                        g.write(f"{Gene}_{Sequencefinal}\t1\t0\t.\t{Cluster}\t{FamilleATB}_{Taxon}\n")

[wiztricks]

Salut,

Je pense que cela peut éventuellement venir d'un problème d'indentation mais je n'arrive pas à le solutionner.

Si vous voulez écrire au plus une ligne pour chaque ligne lue dans f, il faut que le g.write soit dans le bloc du "for" correspondant. La vous l'avez mis dans un bloc interne et çà écrit plusieurs fois.

- W

[m01x75]

Merci pour votre réponse.

Néanmoins si je décale le g.write au niveau du premier for alors je n'ai plus qu'une seule ligne dans mon fichier de sortie (correspondant à la dernière de mon fichier d'entrée).
Et si je décale le g.write au niveau du deuxième for j'ai bien une ligne à chaque fois mais ça ne me prend pas la boucle if qui regarde dans le fichier DB si des champs sont identiques...

Je sens que c'est un truc tout bête mais là je vois pas...

[wiztricks]

Je sens que c'est un truc tout bête mais là je vois pas...

A partir du moment où on ne peut pas reproduire et que ce que vous racontez n'a pas trop de sens "techniquement"... on ne va pas trouver le truc "bete".

Simplifiez votre code. Par exemple en poussant:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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            with open("DB.txt","r") as h:
                    for line in h:
                        linesplitDB=line.split("\t")
                        GeneDB=linesplitDB[0].strip("*")
                        Groupe=linesplitDB[1].strip('\n')
                        if Gene == GeneDB:
                            Cluster=Groupe
                        else:
                            Cluster="."

dans une fonction pour remplacer tout çà par:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

         Cluster = lafonction(GeneDB)

Ajoutez des "print" (c'est plus facile de voir ce qui se passe à l'écran qu'aller lire un fichier après).

- W