Discussion :

[LaraFarron]

Bonjour,


je souhaite lancer un script sur plusieurs fichiers d'un sous dossier:

Je m’explique: j'ai un dossier résultats qui contient 4 autre dossiers à l'intérieur desquel se trouvent des fichiers islands.csv que je souhaite traiter. Ces fichiers possèdent un nom d'attribution à la place de l'étoile (par exemple toto_islands.csv) et sont présents dans les 4 dossiers mais contiennent des résultats différents que je souhaite regrouper dans un seul fichier total. Je souhaiterais aussi extraire ces noms pour savoir quel fichiers je traite.

Voila ce que j'ai fais :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# dir
islander_dir = "/home/***/Bureau/GI-1/Results/Islander_results"
dimob_dir = "/home/***/Bureau/GI-1/Results/Dimob_results"
gihunter_dir = "/home/***/Bureau/GI-1/Results/GIHunter_results/GI_result_G/"
sigihmm_dir = "/home/***/Bureau/GI-1/Results/SigiHMM_results"
all_gi_dir = "/home/***/Bureau/GI-1/Results/DISG_results/GI_result_DISG"
 
#files
islander = glob.glob(os.path.join(islander_dir, '*_islands*'))
dimob = glob.glob(os.path.join(dimob_dir, '*_islands*'))
gihunter = glob.glob(os.path.join(gihunter_dir, '*_islands*'))
sigihmm = glob.glob(os.path.join(sigihmm_dir, '*_islands*'))
all_gi = glob.glob(os.path.join(all_gi_dir, '*_islands*'))
 
#sort
islander.sort()
dimob.sort()
gihunter.sort()
sigihmm.sort()
all_gi.sort()
 
f = open(total, "a")
 
with open(islander, "r") as f1:
 
--- suite du script ---

et voilà l'erreur que j'obtiens:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Traceback (most recent call last):
  File "scratch_2.py", line 24, in <module>
    with open(islander, "r") as f1:
TypeError: expected str, bytes or os.PathLike object, not list

Le script fonctionne parfaitement pour un seul fichier et je ne vois pas trop comment y remédier. ..

[wiztricks]

Salut,

open ne sait ouvrir qu'un fichier à la fois et islander est une liste de... noms de fichiers.

- W

[LaraFarron]

OK je comprends mieux ^^'
Comment procéder alors ?

[wiztricks]

Salut,

Comment procéder alors ?

Ça dépend de ce que vous voulez faire.

Si c'est pour faire une suite d'opérations sur un des éléments de la liste, il faut le sortir de la liste. Si c'est sur tous les éléments, on peut faire une boucle.

Sûr que si vous ne connaissez pas listes et boucles, c'est compliqué mais il y a des tutos pour apprendre ces bases.

- W

[LaraFarron]

C'est pour réaliser une suite d'évenements (à l'aide d'un script) sur tout les fichiers de la liste ^^

J'avais vu qu'on pouvait utiliser le os.path ... mais après je coince...

[wiztricks]

Salut,

Regrouper des données de fichiers CSV en un seul fichier peut être fait avec n'importe quel tableur.

Après pour "automatiser" l'opération, il faut déjà qu'elle ait quelque chance d'être répétée... mais pour programmer même pour le fun, il faut avoir pris le temps d'apprendre.

Vous êtes déjà perdue pour penser à/écrire des itérations sur une liste de... fabriquer votre fichier avec un tableur sera plus rapide que d'apprendre à programmer.
Si vous voulez "apprendre", trouver un tuto. et prenez le temps.

- W