Discussion :

[zouzou011]

Bonjour !

Je suis débutante en python donc je m'excuse d'avance si je vous fais perdre votre temps.

J'ai un projet dans lequel je dois faire une matrice de comptage. J'ai 4 fichiers dans lesquels on a des données, un fichier de référence et un fichier de sortie. Le but est de savoir combien si chaque ligne du fichier de référence est présente dans les quatre fichiers et si oui combien de fois. Pour ça j'ai un dictionnaire m avec en clef la ligne (on fait certains traitements dessus mais qui sont indépendants) et une liste qui y correspond. Chaque valeur correspond au nombre de fois que la ligne est présente dans le fichier.

Pour faire cela j'ai ceci :


Il n'y a pas de message d'erreurs qui s'affiche, j'ai bien une matrice dans mon fichier de sortie mais le problème c'est que les valeurs qui sont dedans ne sont pas celles qu'elles devraient être. Les valeurs sont censées être comprises entre 0 et 5, j'ai donc fait une erreur quelque part.


Je pense que l'erreur est au niveau des lignes 30 à 33 mais je ne sais pas si c'est un problème de syntaxe ou simplement d'indentation (ou autre chose ?)

Merci d'avance !

[zouzou011]

Oula pardon je me suis mal relue avant de poster le message, je ne sais pas si ce que je dis est bien compréhensible

[lg_53]

Il faut utiliser la balise CODE pour poster votre code. C'est le bouton avec un #, lorsque vous écrivez votre message.

Car personne ne s'amusera a recopier votre code pour le tester.

Sinon de prime abord, votre code parait bon.
A part votre variable j qui sert à rien car vous pourriez faire directement

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

m[line][i]+=1

et votre i que vous pourriez avoir à éviter d'incrémenter manuellement en utilisant enumerateSinon pour en avoir le coeur net, prenez une séquence qui est trouver plus de 5 fois. Ouvrez le fichier d'entrée (avec notepad par exemple), faites un Ctrl+F et chercher cette chaine de caractère dans le fichier. Voyez si elle apparait plus de 5 fois.
Faut enlever votre traitement aussi à la chaine cherchée.

[zouzou011]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#MATRICE DE COMPTAGE
 
#on lit toutes les lignes du fichier de references et on les met en clé dans un dictionnaire
#avec comme valeurs [0,0,0,0]
 
import numpy as np
 
def matricep (repertoire, reference):
    ref=open(reference, "r")
    m={'Sequence': ['a','b','c','d']}
 
    def traitement(line):
        return(line.strip().lstrip(">"))
 
 
    for line in ref:
        line = traitement(line)
        m[line] = [0 for i in repertoire]
 
    i=0 
    for fichier in repertoire:
        with open(fichier, "r") as f:
            j=0
            for line in f:
                line = traitement(line) 
 
                if line in m.keys(): 
                    j+=1
                    m[line][i]= j
        i+=1 
 
    a=(np.array(list(m.items())))
    print(a)
    np.savetxt(r'C:\Users\33652\Desktop\out.txt', a, fmt='%s')
 
matricep([r'C:\Users\33652\Desktop\a.txt',r'C:\Users\33652\Desktop\b.txt',r'C:\Users\33652\Desktop\c.txt',r'C:\Users\33652\Desktop\d.txt'],r'C:\Users\33652\Desktop\ref.txt')

[zouzou011]

D'accord super merci beaucoup, je vais essayer de suite !

[zouzou011]

Ca fonctionne, merci !