Discussion :

[irishupk]

Bonjour,
J'ai un problème assez urgent. Je veux lire mon fichier ligne par ligne pour appliquer à chaque ligne des fonctions. Mais quand je le lis, il ne lit uniquament la première ligne du fichier en boucle. Je me retrouve donc dans une boucle infinie. Comme lire la totalité de mon fichier ligne par ligne et non seulement la première ligne ?

Merci

Code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while read:
        row=read.split("\t")
        if row[0][0]!="#":       
            if chro!=row[0]:
                chro=row[0]
                print("chromosome",chro)
            liste_SNP.append(row[1])
            variantsYN.append(row[7])
            liste_g=liste_genes(variantsYN)
            liste_transcrit=f_liste_transcrit(variantsYN)
            if len(variantsYN)>0:
                for k in exome_colonne:
                    Variants_communs=comptage_SNP(row[exome_colonne[k][1]],row[exome_colonne[k][0]],row[1],k,variantsYN,dico_DTM,dic_localisation_atlas,liste_g,dico_transm_ensembl,liste_transcrit)
f_in.close()

exemple de fichier :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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##fileformat=VCFv4.3
##FILTER=<ID=PASS,Description=All filters passed>
#CHROM  POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  ...
1   783071  rs142849724 C   T   .   PASS    ENSG00000228794;ENST00000624927|ENST00000623808|ENST00000445118|ENST00000448975|ENST00000610067|ENST00000608189|ENST00000609139|ENST00000449005|ENST00000416570|ENST00000623070|ENST00000609009|ENST00000622921 GT  C;  C;  T;|C;   C;  T;|C;   C;  C;  C;  C;  C;|T;   C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;|T;   C;  C;  C;  C;|T;   C;  C;  C;

sortie du terminal :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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['##fileformat=VCFv4.3\n']
['##fileformat=VCFv4.3\n']
['##fileformat=VCFv4.3\n']

Merci

[wiztricks]

Salut,

Mais quand je le lis, il ne lit uniquament la première ligne du fichier en boucle.

Si le fichier est associé à f_in, votre code ne montre pas du tout comment il est lu.
De plus si vous écrivez une boucle "while read:" et que rien ne change la variable read dans le corps de la boucle, dans le meilleur des cas, la condition est fausse et on ne rentre jamais dans la boucle et au pire, la condition est vraie et on n'en sort jamais (puisqu'elle ne change pas).

- W

[irishupk]

Salut,



Si le fichier est associé à f_in, votre code ne montre pas du tout comment il est lu.
De plus si vous écrivez une boucle "while read:" et que rien ne change la variable read dans le corps de la boucle, dans le meilleur des cas, la condition est fausse et on ne rentre jamais dans la boucle et au pire, la condition est vraie et on n'en sort jamais (puisqu'elle ne change pas).

- W

Je n'ai mi qu'une petite partie de mon code qui ne doit pas être suffisant.
Je me permet donc de vous mettre ma fonction complète :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def creation_dico(dic_localisation_atlas,name_file,exome_colonne,cohorte_name,dico_transm_ensembl):
 
    dico_DTM={}
    f_in=open(name_file,"r")
 
    dico_file={}
 
    path="vcf_output/"+cohorte_name
 
    if os.path.isdir(path)==False:
        os.mkdir(path,0o755)
 
    for k in exome_colonne:
 
        dico_file[k]=open(path+"/"+k+".txt","w")
        dico_file[k].write("##CHROMOSOME\tN_SNP\tN_gene\t\tInfo\tSNP_Donneur\tSNP_Receveur\n")
 
    colonne7=[]
    colonne7bis=[]
    colonne7ter=[]  
 
    liste_SNP=[]
    variantsYN=[]
 
    chro=1
    indel=0
 
    buf_score={}
    bufs=0
    rf=f_in.readline
    read=rf()
    a=0
 
 
    while read:
 
 
        row=read.split("\t")
        print row
 
 
        if row[0][0]!="#":
 
            if chro!=row[0]:
                chro=row[0]
                print("chromosome",chro)
 
            liste_SNP.append(row[1])
 
        	variantsYN.append(row[7])
 
        	liste_g=liste_genes(variantsYN)
 
        	liste_transcrit=f_liste_transcrit(variantsYN)
 
                if len(variantsYN)>0:
                    for k in exome_colonne:
						Variants_communs=comptage_SNP(row[exome_colonne[k][1]],row[exome_colonne[k][0]],row[1],k,variantsYN,dico_DTM,dic_localisation_atlas,liste_g,dico_transm_ensembl,liste_transcrit)
 
    f_in.close()
 
    print("Paire de patient, score global,score transmembrannaire protein atlas, score secretion, score transmembrannaire Ensembl")
 
    for keys in exome_colonne:
        print(keys,exome_colonne[keys][2],exome_colonne[keys][3],exome_colonne[keys][4],exome_colonne[keys][5])  
 
    for k in exome_colonne:
        dico_file[k].close() 
 
 
 
if os.path.exists("vcf_output")==False:
    os.mkdir("vcf_output")
 
 
Paris_Cohorte={}
Paris_Cohorte["1"]=[31,11,0,0,0,0]
Paris_Cohorte["2"]=[41,13,0,0,0,0]
Paris_Cohorte["3"]=[40,33,0,0,0,0]
 
 
 
parser = argparse.ArgumentParser()
 
choice = parser.add_argument_group('Choix cohorte')
choice.add_argument('-c','-cohorte',type=str,choices=["vcf"],required=True)
 
args = parser.parse_args()
 
path_in="localisation_simplified.csv"
 
dic_localisation_atlas=open_localisation(path_in)
 
membrannaire="transmembranaire/"
 
 
dico_transm_ensembl=file_ensembl(membrannaire)
 
 
if args.c :
 
    if args.c=="vcf" :
 
        creation_dico(dic_localisation_atlas,"vcf.vcf",Paris_Cohorte,"Paris",dico_transm_ensembl)

[wiztricks]

Salut,

Pour lire votre fichier, écrire:

Code :

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    f_in=open(name_file,"r")
    for line in f_in.readline():
         row=line.split("\t")
         print row
    f_in.close()

suffit largement.
Je ne vois pas ce que vous avez cherché à faire dans votre code.

- W

[irishupk]

Salut,

Pour lire votre fichier, écrire:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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    f_in=open(name_file,"r")
    for line in f_in.readline():
         row=line.split("\t")
         print row
    f_in.close()

suffit largement.
Je ne vois pas ce que vous avez cherché à faire dans votre code.

- W

Merci. Cependant,quand je fais ceci, seule la première ligne est lu de cette façon ce qui ne me convient pas :

Code :

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python alloscore3.py
['1']
['', '']
['7']
['8']
['3']
['0']
['7']
['1']
['', '']
['r']
['s']
['1']
['4']
['2']
['8']
['4']
['9']
['7']
['2']
['4']
['', '']
['C']
['', '']
['T']
['', '']
['.']
['', '']
['P']
['A']
['S']
['S']
['', '']
['E']
['N']
['S']
['G']
['0']
['0']
['0']
['0']
['0']
['2']
['2']
['8']
['7']
['9']
['4']
[';']
['E']
['N']
['S']
['T']
['0']
['0']
['0']
['0']
['0']
['6']
['2']
['4']
['9']
['2']
['7']
['|']
['E']
['N']
['S']
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['0']
['0']
['0']
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['0']
['6']
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['8']
['|']
['E']
['N']
['S']
['T']
['0']
['0']
['0']
['0']
['0']
['4']
['4']
['5']
['1']
['1']
['8']
['|']
['E']
['N']
['S']
['T']
['0']
['0']
['0']
['0']
['0']
['4']
['4']
['8']
['9']
['7']
['5']
['|']
['E']
['N']
['S']
['T']
['0']
['0']
['0']
['0']
['0']
['6']
['1']
['0']
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['6']
['7']
['|']
['E']
['N']
['S']
['T']
['0']
['0']
['0']
['0']
['0']
['6']
['0']
['8']
['1']
['8']
['9']
['|']
['E']
['N']
['S']
['T']
['0']
['0']
['0']
['0']
['0']
['6']
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['9']
['|']
['E']
['N']
['S']
['T']
['0']
['0']
['0']
['0']
['0']
['4']
['4']
['9']
['0']
['0']
['5']
['|']
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['N']
['S']
['T']
['0']
['0']
['0']
['0']
['0']
['4']
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['6']
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['7']
['0']
['|']
['E']
['N']
['S']
['T']
['0']
['0']
['0']
['0']
['0']
['6']
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['3']
['0']
['7']
['0']
['|']
['E']
['N']
['S']
['T']
['0']
['0']
['0']
['0']
['0']
['6']
['0']
['9']
['0']
['0']
['9']
['|']
['E']
['N']
['S']
['T']
['0']
['0']
['0']
['0']
['0']
['6']
['2']
['2']
['9']
['2']
['1']
['', '']
['G']
['T']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['T']
['|']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['T']
['|']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['|']
['T']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['|']
['T']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['|']
['T']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['', '']
['C']
['\n']

Edit : il faut utiliser readlines() avec un s et non readline

Merci de votre aide !

A la base il ne s'agit pas de mon code.Je dois modifier et améliorer le code d'une autre personne et j'avoue que j'avais aussi du mal à comprendre sa démarche.

[wiztricks]

Salut,

Désolé pour l'oubli du "s".

- W