Bonjour,
J'ai un problème assez urgent. Je veux lire mon fichier ligne par ligne pour appliquer à chaque ligne des fonctions. Mais quand je le lis, il ne lit uniquament la première ligne du fichier en boucle. Je me retrouve donc dans une boucle infinie. Comme lire la totalité de mon fichier ligne par ligne et non seulement la première ligne ?

Merci

Code :

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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while read:
        row=read.split("\t")
        if row[0][0]!="#":       
            if chro!=row[0]:
                chro=row[0]
                print("chromosome",chro)
            liste_SNP.append(row[1])
            variantsYN.append(row[7])
            liste_g=liste_genes(variantsYN)
            liste_transcrit=f_liste_transcrit(variantsYN)
            if len(variantsYN)>0:
                for k in exome_colonne:
                    Variants_communs=comptage_SNP(row[exome_colonne[k][1]],row[exome_colonne[k][0]],row[1],k,variantsYN,dico_DTM,dic_localisation_atlas,liste_g,dico_transm_ensembl,liste_transcrit)
f_in.close()
exemple de fichier :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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##fileformat=VCFv4.3
##FILTER=<ID=PASS,Description=All filters passed>
#CHROM  POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  ...
1   783071  rs142849724 C   T   .   PASS    ENSG00000228794;ENST00000624927|ENST00000623808|ENST00000445118|ENST00000448975|ENST00000610067|ENST00000608189|ENST00000609139|ENST00000449005|ENST00000416570|ENST00000623070|ENST00000609009|ENST00000622921 GT  C;  C;  T;|C;   C;  T;|C;   C;  C;  C;  C;  C;|T;   C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;  C;|T;   C;  C;  C;  C;|T;   C;  C;  C;
sortie du terminal :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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['##fileformat=VCFv4.3\n']
['##fileformat=VCFv4.3\n']
['##fileformat=VCFv4.3\n']
Merci