Bonjour,
je dois analyser et comprendre un script python créé par une autre personne mais je bloque sur une partie dû à un probleme de comprension
Merci à ceux qui voudront m'aider
if int(row[exome_colonne[k][1]].split(":")[2])<=max_depth
J'ai dû mal à interpréter ce row[exome_colonne[k][1]]
row = 1 877831 . T C . . BIOMART_COORDS=1:877831:877831;VariantEffectPrediction=C|ENSG00000187634|ENST00000420190|Transcript|downstream_gene_variant|||||||3160|1,C|ENSG00000188976|ENST00000496938|Transcript|downstream_gene_variant|||||||2868|-1,C|ENSG00000187634|ENST00000342066|Transcript|missense_variant|1110|1027|343|W/R|Tgg/Cgg|||1,C|ENSG00000188976|ENST00000327044|Transcript|downstream_gene_variant|||||||1753|-1,C|ENSG00000187634|ENST00000464948|Transcript|non_coding_exon_variant&nc_transcript_variant|286|||||||1,C|ENSG00000187634|ENST00000466827|Transcript|non_coding_exon_variant&nc_transcript_variant|191|||||||1,C|ENSG00000187634|ENST00000474461|Transcript|non_coding_exon_variant&nc_transcript_variant|389|||||||1,C|ENSG00000187634|ENST00000455979|Transcript|missense_variant|507|508|170|W/R|Tgg/Cgg|||1,C|ENSG00000188976|ENST00000483767|Transcript|downstream_gene_variant|||||||1753|-1,C|ENSG00000187634|ENST00000478729|Transcript|downstream_gene_variant|||||||278|1,C|ENSG00000188976|ENST00000477976|Transcript|downstream_gene_variant|||||||1754|-1,C|ENSG00000187634|ENST00000341065|Transcript|missense_variant|750|751|251|W/R|Tgg/Cgg|||1;GENE=ENSG00000187634;GENE_NAME=SAMD11 GT:BC:GB:FB:Zygosity 1/1:C=6:6:0:homozygous 1/1:C=9:9:0:hétérozygote
et
exome_colonne
exome_colonne["S7_S8"]=[12,69,0,0]
exome_colonne["S11_S12"]=[54,22,0,0,0,0]
Merci d'avance
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