Discussion :

[irishupk]

Bonjour,

je dois analyser et comprendre un script python créé par une autre personne mais je bloque sur une partie dû à un probleme de comprension

Merci à ceux qui voudront m'aider

if int(row[exome_colonne[k][1]].split(":")[2])<=max_depth

J'ai dû mal à interpréter ce row[exome_colonne[k][1]]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

row = 1	877831	.	T	C	.	.	BIOMART_COORDS=1:877831:877831;VariantEffectPrediction=C|ENSG00000187634|ENST00000420190|Transcript|downstream_gene_variant|||||||3160|1,C|ENSG00000188976|ENST00000496938|Transcript|downstream_gene_variant|||||||2868|-1,C|ENSG00000187634|ENST00000342066|Transcript|missense_variant|1110|1027|343|W/R|Tgg/Cgg|||1,C|ENSG00000188976|ENST00000327044|Transcript|downstream_gene_variant|||||||1753|-1,C|ENSG00000187634|ENST00000464948|Transcript|non_coding_exon_variant&nc_transcript_variant|286|||||||1,C|ENSG00000187634|ENST00000466827|Transcript|non_coding_exon_variant&nc_transcript_variant|191|||||||1,C|ENSG00000187634|ENST00000474461|Transcript|non_coding_exon_variant&nc_transcript_variant|389|||||||1,C|ENSG00000187634|ENST00000455979|Transcript|missense_variant|507|508|170|W/R|Tgg/Cgg|||1,C|ENSG00000188976|ENST00000483767|Transcript|downstream_gene_variant|||||||1753|-1,C|ENSG00000187634|ENST00000478729|Transcript|downstream_gene_variant|||||||278|1,C|ENSG00000188976|ENST00000477976|Transcript|downstream_gene_variant|||||||1754|-1,C|ENSG00000187634|ENST00000341065|Transcript|missense_variant|750|751|251|W/R|Tgg/Cgg|||1;GENE=ENSG00000187634;GENE_NAME=SAMD11	GT:BC:GB:FB:Zygosity	1/1:C=6:6:0:homozygous	1/1:C=9:9:0:hétérozygote

et

exome_colonne
exome_colonne["S7_S8"]=[12,69,0,0]
exome_colonne["S11_S12"]=[54,22,0,0,0,0]




Merci d'avance

[marco056]

Je ne sais pas ce qu'est votre variable exome_colonne mais le plus simple, c'est d'utiliser de print en détaillant les différentes étapes :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
 print([exome_colonne[k][1]])
...
print( row[exome_colonne[k][1]].split(":")[2])

[irishupk]

exome_colonne est un dictionnaire de ce type :

exome_colonne["S7_S8"]=[12,69,0,0]
exome_colonne["S11_S12"]=[54,22,0,0,0,0]

j'essaie d'y intégrer des print, merci

[irishupk]

malgré mes nombreuses tentatives, aucun de mes print n'est accepté.

[irishupk]

je peux vous partager ma réflexion et ainsi voir si je suis sur le bon chemin de compréhension.
Il s'agit donc d'une boucle for avec k comme itérateur.
Si k=1 nous serions donc sur cette ligne du dictionnaire :
exome_colonne["S7_S8"]=[12,69,0,0]
Et exome_colonne[k][1] deviendrait donc exome_colonne [S7_S8][1]


Ma plus grosse question est, est-ce que de cette manière nous récupérons le premier terme de la valeur du dictionnaire avec pour clé S7_S8 ?
ce qui voudrait dire que exome_colonne[S7_S8]=12 ? Ensuite, il faudra donc récupérer la ligne (row) 12 puis la splittée par : et ensuite récupérer le contenu de la colonne 2 ?

Je vous remercie pour le fait d'essayer d'éclairer ma lanterne dans cette compréhension

[marco056]

Je ne comprends rien au problème posé : soit mes compétences sont trop limitées, soit il manque des informations dans l'énoncé...
Désolé.