Discussion :

[irishupk]

Bonjour,

je dois analyser et comprendre un script python créé par une autre personne mais je bloque sur une partie dû à un probleme de comprension

Merci à ceux qui voudront m'aider

if int(row[exome_colonne[k][1]].split(":")[2])<=max_depth

J'ai dû mal à interpréter ce row[exome_colonne[k][1]]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

row = 1	877831	.	T	C	.	.	BIOMART_COORDS=1:877831:877831;VariantEffectPrediction=C|ENSG00000187634|ENST00000420190|Transcript|downstream_gene_variant|||||||3160|1,C|ENSG00000188976|ENST00000496938|Transcript|downstream_gene_variant|||||||2868|-1,C|ENSG00000187634|ENST00000342066|Transcript|missense_variant|1110|1027|343|W/R|Tgg/Cgg|||1,C|ENSG00000188976|ENST00000327044|Transcript|downstream_gene_variant|||||||1753|-1,C|ENSG00000187634|ENST00000464948|Transcript|non_coding_exon_variant&nc_transcript_variant|286|||||||1,C|ENSG00000187634|ENST00000466827|Transcript|non_coding_exon_variant&nc_transcript_variant|191|||||||1,C|ENSG00000187634|ENST00000474461|Transcript|non_coding_exon_variant&nc_transcript_variant|389|||||||1,C|ENSG00000187634|ENST00000455979|Transcript|missense_variant|507|508|170|W/R|Tgg/Cgg|||1,C|ENSG00000188976|ENST00000483767|Transcript|downstream_gene_variant|||||||1753|-1,C|ENSG00000187634|ENST00000478729|Transcript|downstream_gene_variant|||||||278|1,C|ENSG00000188976|ENST00000477976|Transcript|downstream_gene_variant|||||||1754|-1,C|ENSG00000187634|ENST00000341065|Transcript|missense_variant|750|751|251|W/R|Tgg/Cgg|||1;GENE=ENSG00000187634;GENE_NAME=SAMD11	GT:BC:GB:FB:Zygosity	1/1:C=6:6:0:homozygous	1/1:C=9:9:0:hétérozygote

et

exome_colonne
exome_colonne["S7_S8"]=[12,69,0,0]
exome_colonne["S11_S12"]=[54,22,0,0,0,0]




Merci d'avance

[marco056]

Je ne sais pas ce qu'est votre variable exome_colonne mais le plus simple, c'est d'utiliser de print en détaillant les différentes étapes :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
 print([exome_colonne[k][1]])
...
print( row[exome_colonne[k][1]].split(":")[2])

[irishupk]

exome_colonne est un dictionnaire de ce type :

exome_colonne["S7_S8"]=[12,69,0,0]
exome_colonne["S11_S12"]=[54,22,0,0,0,0]

j'essaie d'y intégrer des print, merci

[irishupk]

malgré mes nombreuses tentatives, aucun de mes print n'est accepté.

[irishupk]

je peux vous partager ma réflexion et ainsi voir si je suis sur le bon chemin de compréhension.
Il s'agit donc d'une boucle for avec k comme itérateur.
Si k=1 nous serions donc sur cette ligne du dictionnaire :
exome_colonne["S7_S8"]=[12,69,0,0]
Et exome_colonne[k][1] deviendrait donc exome_colonne [S7_S8][1]


Ma plus grosse question est, est-ce que de cette manière nous récupérons le premier terme de la valeur du dictionnaire avec pour clé S7_S8 ?
ce qui voudrait dire que exome_colonne[S7_S8]=12 ? Ensuite, il faudra donc récupérer la ligne (row) 12 puis la splittée par : et ensuite récupérer le contenu de la colonne 2 ?

Je vous remercie pour le fait d'essayer d'éclairer ma lanterne dans cette compréhension

[marco056]

Je ne comprends rien au problème posé : soit mes compétences sont trop limitées, soit il manque des informations dans l'énoncé...
Désolé.

[irishupk]

Je ne peux malheureusement pas être plus clair car j'ai transmis toutes les informations dont je dispose à cette étapes du script.

Ma plus grande question est :

est ce que si une ligne du dictionnaire est du type :exome_colonne["S7_S8"]=[12,69,0,0], peut-on récupérer le 12 en faisant exome_colonne [1][1]

[Fifan31]

Bonjour,

la syntaxe 'row[exome_colonne[k][1]]' implique les choses suivantes:

• row doit être une liste (tuple, liste ou tableau)
• exome_colonne doit être une matrice (tableau à 2 dimensions) ou un dictionnaire. visiblement un dico dans ton cas :-)
• pour chaque clé de exome_colonne, la valeur est une liste dont au moins le 2e élément est un entier
• cet entier désigne l'index de l'élément de 'row' que tu veux récupérer

Donc, si tu as:

• exome_colonne["S7_S8"]=[12,69,0,0], exome_colonne["S7_S8"][1] vaut 69, et tu récupères le 70e élément de 'row'
• exome_colonne["S11_S12"]=[54,22,0,0,0,0], exome_colonne["S11_S12][1] vaut 22, et tu récupères de 23e élément de 'row'

Ensuite, pour que ce soit plus facile à lire, tu ne devrais pas utiliser de 'nombre magique' (ici le 1) mais le remplacer par une constante au nom évocateur pour ton code. Exemple, pour une liste qui contiendrait des valeurs (min, moy, max, durée, température, pour récupérer la valeur max on ferait:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
 
VAL_MAX = 2
liste_valeurs = [1, 5, 9, 12.5, 22)
...
val_max = liste_valeurs[VAL_MAX]