Discussion :

[hydric]

Bonjour,

Je cherche à faire afficher les coordonnées d'espèces sur une carte avec une couleur différente par espèce :

Je vais chercher mes données dans une excel :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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[filename, pathname] = uigetfile('*.xls','Ouvrir le fichier Excel');
route = [pathname filename];
[status,sheets]=xlsfinfo(route);
if length(sheets)==1
    [num,txt,raw]=xlsread(route);
else
    sht=listdlg('Liststring',sheets,'Promptstring',['Ouvrir la feuille de ' filename],'ListSize',[180 100],'Selectionmode','single');
    [num,txt,raw]=xlsread(route,sheets{sht});
end
 
% Nombre de rencontre par espèce
Espece = raw((2:end),7); % toutes les rencontres espèces
Esp_Uniq = unique(Espece); % nom des espèces observées

Les noms d'espèce ressemble à : Sa Pm Lh
Pour le moment je n'ai que 7 espèce rencontrées mais je peux avoir au final jusqu'à 15 espèces différentes

Ensuite je récupère les coordonnées

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Xcdn = num(:,4); % Coordonnées X
Ycdn = num(:,3); % Coordonnées Y
 
% Sa
Sa = strcmp(Espece,'Sa'); % indice Sa
X_coord_Sa = Xcdn(Sa); % coordonnées des obs Sa
Y_coord_Sa = Ycdn(Sa);
 
% Pm
Pm = strcmp(Espece,'Pm'); % indice Sa
X_coord_Pm = Xcdn(Pm); % coordonnées des obs Sa
Y_coord_Pm = Ycdn(Pm);

Je cherche un code pour automatiser car le nombre d'espèce peut changer et donc leur position dans la liste unique aussi...
Je sèche un peu.
J'ai pensé assigner une valeur, et utiliser un switch, mais je ne vois pas comment assigner une valeur a un texte tout en connaissant le texte après coup.
En gros il me faudrait une sorte de légende sur la carte pour retrouver quelle couleur pour quelle espèce !

Pour le plot d'une espèce (Sa) je fais :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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figure(2)
k=imread('CartePm1.jpg');
b=flipud(k);
image([-62.216 -61.545],[15.785 16.59],b);
set(gca,'Ydir','Normal');
hold on
scatter(X_coord_Sa,Y_coord_Sa,15,'r','filled')
daspect([0.901 1 0.901])
title(['Répartition des individus'],...
    'FontSize',12,'FontWeight','bold');

Pour une c'est facile, mais j'aimerais l'automatiser car ma BDD change à chaque jour...

Please Help ! Mon cerveau boite en ce moment !

[Jerome Briot]

Comme ceci ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Espece = {'Sa' 'Pm' 'Sa' 'Sa' 'Lh' 'Lh' 'Sa'};
 
n = numel(Espece);
Xcdn = rand(n,1);
Ycdn = rand(n,1);
 
[Esp_Uniq, ~, b] = unique(Espece);
 
figure
col = parula(max(b));
hold on
for n = 1:max(b)
    idx = b==n;
    h(n) = plot(Xcdn(idx), Ycdn(idx), 'o', 'color', col(n,:), 'markerfacecolor', col(n,:));
end
legend(h, Esp_Uniq)

[hydric]

Génial !

Comme toujours sur ce forum, vous êtes au top !
Merci Jerome c'est exactement ce que je cherchais, ça marche nikel et j'en ai encore appris un peu plus !
J'ai seulement changé parula par hsv car je voulais des couleurs plus tranchées pour mieux distinguer les espèces !

[hydric]

Pour un autre graphe dans le même genre j'ai petit problème :
Par rapport à ton exemple je me retrouve avec un 'b' composé de 1 et de 3 (pas de 2)
Du coup quand je fais tourner la boucle for avec :

n = 1:max(b)
idx = b==n;

Quand n=2 ; idx bug

C'est là que je regrette de ne pas avec fait de matlab pendant mes études (de bio) !

[hydric]

Bon j'ai essayé ça ! j'ai bien les points qui affichent 2 couleurs pour les 2 activités, c'est juste la légende qui va pas !
La légende devrait afficher les activités 1 et 3 et me met 1 et 2 à cause de n...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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[Activ_Uniq, ~, c] = unique(Activite); 
C = c(E_Logic); % E_Logic correspond aux indices de l'espèce sélectionnée 
Cuniq = unique(C);
NCuniq = numel(Cuniq);
 
figure(3)
colA = hsv(max(C));
hold on
 
for n = 1:NCuniq
    V=Cuniq(n,:);
    idxA = C==V;
    H(n) = plot(X_coord(idxA), Y_coord(idxA), 'o', 'color', colA(n,:), 'markerfacecolor', colA(n,:));
end
 
legend(H, Activ_Uniq,'Location','southwestoutside')

L'idée de base est d'afficher uniquement les points d'une espèce que je sélectionne, mais avec une couleur pour chaque activité qu'avait l'espèce au moment de la rencontre (alimentation, repos...)

[Jerome Briot]

Par rapport à ton exemple je me retrouve avec un 'b' composé de 1 et de 3 (pas de 2)

Essaie ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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figure
 
col = hsv(max(b));
hold on
for n = 1:max(b)
    idx = b==n;
    if any(idx)
        h(n) = plot(x(idx), y(idx), 'o', 'color', col(n,:), 'markerfacecolor', col(n,:));
    else
        h(n) = plot(NaN, NaN, 'o', 'color', col(n,:), 'markerfacecolor', col(n,:));
    end
end
legend(h, Esp_Uniq)

[hydric]

Merci, pour les données c'est nickel, mais ça bug encore pour la légende !
La deuxième ligne (point vert) ne devrait pas apparaître !

[Jerome Briot]

Merci, pour les données c'est nickel, mais ça bug encore pour la légende !
La deuxième ligne (point vert) ne devrait pas apparaître !

Je pensais que tu voulais avoir toutes les entrées même sans données affichées

Comme ceci alors ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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col = hsv(max(b));
hold on
k = 0;
for n = 1:max(b)
    idx = b==n;
    if any(idx)
        k = k+1;
        h(k) = plot(x(idx), y(idx), 'o', 'color', col(n,:), 'markerfacecolor', col(n,:));
        sub_Esp_Uniq(k) = Esp_Uniq(n);
    end
end
legend(h, sub_Esp_Uniq)

[hydric]

Et voilà c'est parfait ! merci ça marche au top !