Discussion :

[irishupk]

Bonjour,
Je me tourne vers vous parce que je suis préoccupé par l'exécution de mon programme:

Voici la déclaration:

lire plus de fichiers (rapides) fasta
alignement de la séquence
construire un graphe dans un format associant des séquences similaires (nœuds) si le score d'alignement est significatif (arêtes); le seuil sera défini par l'utilisateur.
Ce que j'ai fait:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import re 
import numpy as np 
from Bio import pairwise2 
import networkx as nx 
import matplotlib.pyplot as plt   
 
def network_project(): 
    gene=[]   
    header=[]  
    lecture=''
    i=0
    j=0
    file='exemple_sequence.txt' 
    lecture=open(file,"r") 
    seq='' 
    for line in lecture: 
        sequence=len(re.findall(r"[>]",line))
        if(sequence>0):    
            gene.append(seq)    
            seq='' 
            sequence=0
            header.append(line[1:-1])   
            i=i+1   
        else:
            seq=seq+line[:-1] 
    gene.append(seq)   
    lecture.close   
    score=[] 
    for i in range(len(gene)):
        for j in range((i+1),len(gene)):
            score.append(pairwise2.align.globalms(gene[i],gene[j], 3, -2, -1, -.5,score_only=True))
    liste=[]
    seuil=int(input('Saisir la valeur du seuil: \n'))
     s=0
    edge_labels={}
    for i in range(len(gene)):
        for j in range((i+1),len(gene)):
            if(score[s]>seuil):
                liste.append((header[i],header[j]))
                edge_labels[(header[i],header[j])]=score[s]
            s=s+1
 
    G=nx.Graph()  
    G.add_nodes_from(header) 
    G.add_edges_from(liste) 
    pos=nx.spring_layout(G) 
    node_s=[] 
    t=0
    for t in range(len(gene)):
        node_s.append(20*np.log(len(seq[t])))
    nx.draw_networkx_nodes(G,pos,node_color='green',label=True,alpha=1,node_size=node_s)
    Width=dict(edge_labels)
    for key,value in Width.items() :
        Width[key] = np.log10(value)/2
    nx.draw_networkx_edges(G,pos,width=Width.values(),style='solid',edge_color='red',alpha=1)
    nx.draw_networkx_edge_labels(G,pos,edge_labels=edge_labels,font_size=2,alpha=0.5,font_color='black')
    nx.draw_networkx_labels(G,pos,font_size=3,font_color='blue')
    namefordoc=input('Nom du PDF sans .pdf ?\n')
    plt.savefig(os.path.join(cwd,"figures",namefordoc)+'.pdf')
    nx.write_gexf(G,os.path.join(cwd,"data_gexf",namefordoc)+'.gexf')
network_project()

après avoir utiliser visual studio code debugger, il me dit pour if(score[s]>seuil):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Exception has occurred: TypeError
'>' not supported between instances of 'list' and 'int'
  File "/Users/amandinelecerfdefer/Desktop/Projet_python/projet_final.py", line    101, in network_project
    if(score[s]>seuil):
  File  "/Users/amandinelecerfdefer/Desktop/Projet_python/projet_final.py", line  135, in <module>
    network_project()

une partie de mon fichier fasta

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>Horse gene mitochondrial du cytochrome b
ATGACAAACATCCGGAAATCTCACCCACTAATTAAAATCATCAATCACTCTTTTATTGACCTACCAGCCC
CCTCAAACATTTCATCATGATGAAACTTCGGCTCCCTCCTAGGAATCTGCCTAATCCTCCAAATCTTAAC
AGGCCTATTCCTAGCCATACACTACACATCAGACACGACAACTGCCTTCTCATCCGTCACTCACATCTGC
CGAGACGTTAACTACGGATGAATTATCCGCTACCTCCATGCCAACGGAGCATCAATATTTTTTATCTGCC
TCTTCATTCACGTAGGACGCGGCCTCTACTACGGCTCTTACACATTCCTAGAGACATGAAACATTGGAAT
CATCCTACTTTTCACAGTTATAGCTACAGCATTCATGGGCTATGTCCTACCATGAGGCCAAATATCCTTT
TGAGGAGCAACAGTCATCACAAACCTCCTATCAGCAATTCCCTACATCGGTACTACCCTCGTCGAATGAA
TCTGAGGTGGATTCTCAGTAGACAAAGCCACCCTTACCCGATTTTTTGCTTTCCACTTCATCCTACCCTT
CATCATCACAGCCCTGGTAGTCGTACATTTACTATTTCTTCACGAAACAGGATCTAACAACCCCTCAGGG
ATCCCATCCGATATGGACAAAATCCCATTCCACCCATATTATACAATTAAAGACATCCTAGGACTCCTCC
TCCTGATCTTGCTCCTACTAACTCTAGTATTATTCTCCCCCGACCTCCTAGGAGACCCAGACAACTACAC
CCCAGCTAACCCTCTCAGCACTCCCCCTCATATTAAACCAGAATGGTACTTCCTGTTTGCCTACGCCATC
CTACGCTCCATTCCCAACAAACTAGGAGGCGTATTAGCCCTAATCCTCTCCATCCTGATCCTAGCACTCA
TCCCCACCCTCCACATATCAAAACAACGAAGCATAATGTTCCGGCCTCTCAGCCAATGCGTATTCTGACT
CTTAGTGGCAGACTTACTGACACTAACATGAATCGGCGGACAGCCAGTGGAACACCCATACGTAATTATC
GGCCAACTGGCCTCAATCCTCTACTTCTCCCTAATTCTCATTTTTATACCACTCGCAAGCACCATCGAAA
ACAATCTTCTAAAATGAAGA
 
 
>Giraffe gene mitochondrial du cytochrome b
ATGATCAACATCCGAAAGTCCCACCCACTAATAAAAATTGTAAATAACGCACTAATCGATCTACCAGCCC
CATCAAATATCTCATCATGATGAAACTTCGGCTCCCTACTAGGCATCTGCCTCATTTTACAAATTCTAAC
AGGCCTATTTCTAGCAATACACTACACACCTGACACAACAACAGCGTTCTCCTCTGTCACCCATATTTGC
CGAGATGTTAACTACGGTTGAATCATCCGATATATACACGCAAATGGGGCATCCATATTCTTCATCTGCT
TATTCATGCATGTAGGACGGGGCCTATACTACGGATCGTATACCTTCCTAGAAACATGAAACATTGGAGT
AATCCTCCTATTCACAGTAATAGCCACAGCTTTTATAGAGTACGTCCTACCATGAGGACAAATATCATTT
TGAGGAGCAACAGTCATTACTAATCTCCTATCAGCAATCCCATATATCGGCACAAATCTAGTCGAATGAA
TCTGAGGGGGCTTCTCAGTAGATAAAGCAACCCTTACCCGATTCTTCGCCTTCCACTTCATTCTCCCATT
CATCATTATAGCACTCACTATAGTCCACCTACTCTTTCTTCACGAAACAGGATCAAACAACCCAATAGGA
ATTCCATCAGACATAGACAAAATCCCGTTCCACCCCTACTACACTATCAAAGATATCTTAGGGGCACTTC
TATTAATTCTAGTCCTAATACTTCTAGTCCTATTTACACCCGACCTGCTCGGAGACCCAGATAACTACAC
ACCAGCCAACCCACTCAATACTCCTCCCCATATTAAACCAGAATGATACTTTCTATTTGCATACGCAATC
CTACGATCAATCCCCAACAAACTAGGAGGAGTCCTAGCCCTAGTTCTCTCCATCCTCATCCTCATCTTCA
TACCCCTACTCCACACATCCAAACAACGAAGTATGATATTTCGACCATTCAGTCAATGCCTATTTTGAAT
TCTAGTAGCGGACCTGCTAACACTCACATGAATTGGAGGACAGCCAGTTGAACACCCATTCATCATCATC
GGACAACTAGCATCTATTATGTACTTTCTCATCATCCTAGTGTTAATACCAGTCACTAGTGCAATCCAAA
ACAACCTTCTAAAATGAAGA
 
 
>Goat gene mitochondrial du cytochrome b
ATGACCAACATCCGAAAGACCCACCCATTAATAAAAATTGTAAACAACGCATTTATTGACCTCCCAACCC
CATCAAACATCTCATCATGATGAAACTTTGGATCCCTCCTAGGAATTTGCCTAATCTTACAAATCCTGAC
AGGCCTATTCCTAGCAATACACTATACATCCGACACAATAACAGCATTTTCCTCTGTAACTCACATTTGT
CGAGATGTAAATTATGGCTGAATCATCCGATACATACACGCAAACGGAGCATCAATATTCTTTATCTGCC
TATTCATACATATCGGACGAGGTCTATATTATGGATCATATACCTTTCTAGAAACATGAAACATTGGAGT
AATCCTCCTGCTCGCAACAATGGCCACAGCATTCATAGGCTATGTTTTACCATGAGGACAAATATCATTT
TGAGGGGCAACAGTCATCACTAATCTTCTTTCAGCAATCCCATATATTGGCACAAACCTAGTCGAATGAA
TCTGAGGGGGGTTCTCAGTAGACAAAGCCACTCTCACCCGATTCTTCGCCTTCCACTTTATCCTCCCATT
CATCATCACAGCCCTCGCCATAGTCCACCTGCTCTTCCTCCACGAAACAGGATCGAACAACCCCACAGGA
ATTCCATCAGACACAGATAAAATCCCATTTCACCCTTACTACACCATTAAAGATATCTTAGGCGCCATGC
TACTAATTCTTGTTCTAATATTACTAGTACTATTCACACCCGACCTACTCGGAGACCCAGACAACTATAT
CCCAGCAAATCCACTCAATACACCCCCTCACATTAAACCTGAGTGGTATTTCCTATTTGCATACGCAATC
CTACGATCAATCCCCAACAAACTAGGAGGAGTCCTAGCCCTAGTCCTCTCAATCCTAATCTTAGTACTTG
TACCCTTCCTCCACACATCTAAACAACGAAGCATAATATTCCGCCCAATCAGCCAATGCATATTCTGAAT
CCTGGTAGCAGATCTATTAACACTCACATGAATTGGAGGACAGCCAGTCGAACATCCCTACATTATTATT
GGACAACTAGCATCTATTATATATTTCCTCATCATTCTAGTAATAATACCAGCAGCTAGCACCATTGGAA
ACAACCTTCTAAAATGAAGA
 
 
>Sheep gene mitochondrial du cytochrome b
ATGACCAACATCCGAAAAACCCACCCACTAATAAAAATTGTAAACAACGCATTCATTGACCTCCCAGCTC
CATCAAATATTTCATCATGATGAAACTTTGGCTCCCTCCTAGGCATTTGCTTAATTTTACAGATTCTAAC
AGGCCTATTCCTAGCAATACACTATACACCCGACACAACAACAGCATTCTCCTCTGTAACCCACATTTGC
CGAGACGTGAACTATGGCTGAATTATCCGATATATACACGCAAACGGGGCATCAATATTTTTTATCTGCC
TATTTATGCATGTAGGACGAGGCCTATATTATGGATCATATACCTTCCTAGAAACATGAAACATCGGAGT
AATCCTCCTATTTGCGACAATAGCCACAGCATTCATAGGCTATGTCTTACCATGAGGACAAATATCATTC
TGAGGAGCAACAGTTATTACCAACCTCCTTTCAGCAATTCCATATATTGGCACAAACCTAGTCGAATGAA
TCTGGGGAGGATTCTCAGTAGACAAAGCTACCCTCACCCGATTTTTCGCCTTTCACTTTATTTTCCCATT
CATCATCGCAGCCCTCGCCATAGTTCACCTACTCTTCCTCCACGAAACAGGATCCAACAACCCCACAGGA
ATTCCATCGGACACAGATAAAATTCCCTTCCACCCTTATTACACCATTAAAGACATCCTAGGCGCCATAC
TACTAATCCTTGCCCTCATGCTACTAGTACTATTCACACCTGACTTACTCGGAGACCCAGATAACTATAC
CCCAGCAAACCCACTCAACACACCCCCTCACATTAAACCTGAATGATATTTCCTATTTGCATACGCAATC
CTACGATCAATTCCCAATAAACTAGGAGGAGTCTTAGCCCTAGTCCTCTCGATCCTAATCCTAGTACTCG
TACCTTTCCTCCACACATCCAAACAATGAAGCATAATATTCCGACCAATTAGTCAATGTATATTCTGAAT
CTTAGGAGCAGACCTACTAACACTCACATGAATTGGAGGACAGCCAGTCGAACACCCTTATATCGTCATT
GGACAACTAGCATCTATTATATATTTCCTTATCATTCTAGTAGTAATACCAGTAGCTAGCACTATCGAAA
ATAACCTCCTAAAATGAAGA
 
 
>Hippopotamus gene mitochondrial du cytochrome b
ATGACAAACATCCGAAAATCTCACCCCTTAATAAAAATTATCAACGATGCATTCGTTGACCTCCCAGCTC
CATCAAACATCTCATCGTGATGAAACTTCGGCTCCCTACTTGGCGTCTGCCTAATCCTACAAATTCTAAC
AGGCCTATTCCTGGCCATACACTACACACCAGATACACTCACCGCATTCTCATCGGTAACCCACATCTGC
CGTGATGTAAACTACGGGTGAGTCATCCGCTACATACACGCAAACGGCGCATCCATCTTCTTCATCTGCC
TCTTTACTCACGTAGGACGCGGCCTATACTATGGCTCCTACACATTCCTAGAAACCTGAAACATCGGAGT
TATCTTACTACTCACAACCATAGCTACCGCGTTTATAGGCTACGTACTGCCATGAGGACAAATGTCATTC
TGAGGGGCAACAGTCATTACCAACTTACTGTCAGCTATCCCCTATATTGGAACAGACCTAGTAGAATGAA
TCTGAGGAGGCTTTTCCGTAGACAAAGCCACCCTTACACGATTCTTTGCCTTCCACTTTATTCTTCCATT
CGTTATCACAGCACTAGCCATCGTCCATCTACTATTCCTCCATGAAACAGGATCCAACAACCCAACAGGA
ATCCCCTCAAACGCAGACAAAATCCCATTCCACCCCTATTACACAATCAAGGACATCCTAGGTATCCTAC
TCCTAATAACAACACTACTCACACTAACCTTATTTGCCCCAGACCTCCTAGGGGACCCAGACAACTACAC
CCCCGCAAACCCCCTTAGCACACCACCACACATTAAACCAGAATGATATTTCCTGTTCGCGTACGCGATT
CTCCGATCAATCCCCAACAAACTAGGAGGCGTCCTAGCCCTAGCTCTCTCAATCCTAATCCTGGCCCTAA
TCCCAATACTACACACATCCAAACAACGAAGCCTAATATTTCGACCCCTCAGCCAATGCCTGTTTTGAGC
ACTAATCGCCGACCTACTAACACTCACATGAATTGGAGGACAACCCGTCGAACACCCCTTCATCATCATC
GGACAAGTCGCCTCAATCCTATATTTCCTCTTAATCTTAGTACTAATGCCCGTAGCAGGCATTATCGAAA
ACAAACTCCTAAAATGAAGA
 
 
>Bison gene mitochondrial du cytochrome b
ATGACTAACCTTCGAAAATCCCATCCACTAATAAAAATTGTAAATAACGCATTCATTGACCTTCCAGCTC
CATCAAACATTTCATCATGATGAAACTTCGGCTCCCTCCTGGGAATATGCTTAATCCTACRAATCCTCAC
AGGCCTATTCCTAGCAATACACTACACATCCGATACAACAACAGCATTTTCCTCCGTTGCCCATATCTGC
CGAGACGTGAACTACGGCTGAATCATCCGATACATACACGCAAACGGAGCTTCAATATTCTTTATCTGCT
TATATATGCACGCAGGACGAGGCCTATATTACGGGTCTTATACCTTCCTAGAAACATGAAATATTGGAGT
AATCCTTCTACTTACAGTAATAGCCACAGCATTCATAGGATACGATCTACCATGAGGACAAATATCATTT
TGAGGGGCAACAGTCATTACCAACCTCCTATCAGCAATCCCATACATCGGCACAAACTTAGTCGAATGAA
TTTGAGGTGGATTCTCAGTAGACAAAGCAACCCTCACCCGATTCTTCGCTTTCCACTTTATCCTTCCATT
TATTATTATAGCAATTGCCATAGTCCACCTATTATTCCTCCACGAAACAGGCTCCAACAATCCAACAGGA
ATCTCCTCAGACATAGACAAAATTCCATTTCACCCCTACTATACCATTAAAGACATCCTAGGAGCCTTAT
TACTAATTCTAGCCCTAATACTACTGGTACTATTCACACCCGACCTCCTCGGAGATCCAGATAACTACAC
CCCAGCAAATCCACTCAATACACCTCCCCACATCAAACCCGAATGATACTTCTTATTTGCATACGCAATT
TTACGATCAATCCCCAATAAACTAGGAGGAGTACTAGCCCTAGCCTTCTCTATCCTAATCCTTGCCCTCA
TTCCCCTACTACACACCTCTAAACAACGAAGCATAATTTTCCGACCACTCAGCCAATGCCTATTCTGAAC
TCTAGTAGCAGACCTACTAACACTCACATGAATCGGAGGACAACCAGTCGAACACCCATATATCATCATC
GGACAAATAGCATCTATTATATACTTCCTTCTCATCCTAGTACTAATACCAACAGCCGGCACAATTGAAA
ACAAACTACTAAAATGAAGA

Merci