TypeError '>' not supported between instances of 'list' and 'int'

**irishupk** · 08/10/2018, 22h05

Bonjour,
Je me tourne vers vous parce que je suis préoccupé par l'exécution de mon programme:

Voici la déclaration:

lire plus de fichiers (rapides) fasta
alignement de la séquence
construire un graphe dans un format associant des séquences similaires (nœuds) si le score d'alignement est significatif (arêtes); le seuil sera défini par l'utilisateur.
Ce que j'ai fait:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import re 
import numpy as np 
from Bio import pairwise2 
import networkx as nx 
import matplotlib.pyplot as plt   
 
def network_project(): 
    gene=[]   
    header=[]  
    lecture=''
    i=0
    j=0
    file='exemple_sequence.txt' 
    lecture=open(file,"r") 
    seq='' 
    for line in lecture: 
        sequence=len(re.findall(r"[>]",line))
        if(sequence>0):    
            gene.append(seq)    
            seq='' 
            sequence=0
            header.append(line[1:-1])   
            i=i+1   
        else:
            seq=seq+line[:-1] 
    gene.append(seq)   
    lecture.close   
    score=[] 
    for i in range(len(gene)):
        for j in range((i+1),len(gene)):
            score.append(pairwise2.align.globalms(gene[i],gene[j], 3, -2, -1, -.5,score_only=True))
    liste=[]
    seuil=int(input('Saisir la valeur du seuil: \n'))
     s=0
    edge_labels={}
    for i in range(len(gene)):
        for j in range((i+1),len(gene)):
            if(score[s]>seuil):
                liste.append((header[i],header[j]))
                edge_labels[(header[i],header[j])]=score[s]
            s=s+1
 
    G=nx.Graph()  
    G.add_nodes_from(header) 
    G.add_edges_from(liste) 
    pos=nx.spring_layout(G) 
    node_s=[] 
    t=0
    for t in range(len(gene)):
        node_s.append(20*np.log(len(seq[t])))
    nx.draw_networkx_nodes(G,pos,node_color='green',label=True,alpha=1,node_size=node_s)
    Width=dict(edge_labels)
    for key,value in Width.items() :
        Width[key] = np.log10(value)/2
    nx.draw_networkx_edges(G,pos,width=Width.values(),style='solid',edge_color='red',alpha=1)
    nx.draw_networkx_edge_labels(G,pos,edge_labels=edge_labels,font_size=2,alpha=0.5,font_color='black')
    nx.draw_networkx_labels(G,pos,font_size=3,font_color='blue')
    namefordoc=input('Nom du PDF sans .pdf ?\n')
    plt.savefig(os.path.join(cwd,"figures",namefordoc)+'.pdf')
    nx.write_gexf(G,os.path.join(cwd,"data_gexf",namefordoc)+'.gexf')
network_project()

après avoir utiliser visual studio code debugger, il me dit pour if(score[s]>seuil):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Exception has occurred: TypeError
'>' not supported between instances of 'list' and 'int'
  File "/Users/amandinelecerfdefer/Desktop/Projet_python/projet_final.py", line    101, in network_project
    if(score[s]>seuil):
  File  "/Users/amandinelecerfdefer/Desktop/Projet_python/projet_final.py", line  135, in <module>
    network_project()

une partie de mon fichier fasta

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>Horse gene mitochondrial du cytochrome b
ATGACAAACATCCGGAAATCTCACCCACTAATTAAAATCATCAATCACTCTTTTATTGACCTACCAGCCC
CCTCAAACATTTCATCATGATGAAACTTCGGCTCCCTCCTAGGAATCTGCCTAATCCTCCAAATCTTAAC
AGGCCTATTCCTAGCCATACACTACACATCAGACACGACAACTGCCTTCTCATCCGTCACTCACATCTGC
CGAGACGTTAACTACGGATGAATTATCCGCTACCTCCATGCCAACGGAGCATCAATATTTTTTATCTGCC
TCTTCATTCACGTAGGACGCGGCCTCTACTACGGCTCTTACACATTCCTAGAGACATGAAACATTGGAAT
CATCCTACTTTTCACAGTTATAGCTACAGCATTCATGGGCTATGTCCTACCATGAGGCCAAATATCCTTT
TGAGGAGCAACAGTCATCACAAACCTCCTATCAGCAATTCCCTACATCGGTACTACCCTCGTCGAATGAA
TCTGAGGTGGATTCTCAGTAGACAAAGCCACCCTTACCCGATTTTTTGCTTTCCACTTCATCCTACCCTT
CATCATCACAGCCCTGGTAGTCGTACATTTACTATTTCTTCACGAAACAGGATCTAACAACCCCTCAGGG
ATCCCATCCGATATGGACAAAATCCCATTCCACCCATATTATACAATTAAAGACATCCTAGGACTCCTCC
TCCTGATCTTGCTCCTACTAACTCTAGTATTATTCTCCCCCGACCTCCTAGGAGACCCAGACAACTACAC
CCCAGCTAACCCTCTCAGCACTCCCCCTCATATTAAACCAGAATGGTACTTCCTGTTTGCCTACGCCATC
CTACGCTCCATTCCCAACAAACTAGGAGGCGTATTAGCCCTAATCCTCTCCATCCTGATCCTAGCACTCA
TCCCCACCCTCCACATATCAAAACAACGAAGCATAATGTTCCGGCCTCTCAGCCAATGCGTATTCTGACT
CTTAGTGGCAGACTTACTGACACTAACATGAATCGGCGGACAGCCAGTGGAACACCCATACGTAATTATC
GGCCAACTGGCCTCAATCCTCTACTTCTCCCTAATTCTCATTTTTATACCACTCGCAAGCACCATCGAAA
ACAATCTTCTAAAATGAAGA
 
 
>Giraffe gene mitochondrial du cytochrome b
ATGATCAACATCCGAAAGTCCCACCCACTAATAAAAATTGTAAATAACGCACTAATCGATCTACCAGCCC
CATCAAATATCTCATCATGATGAAACTTCGGCTCCCTACTAGGCATCTGCCTCATTTTACAAATTCTAAC
AGGCCTATTTCTAGCAATACACTACACACCTGACACAACAACAGCGTTCTCCTCTGTCACCCATATTTGC
CGAGATGTTAACTACGGTTGAATCATCCGATATATACACGCAAATGGGGCATCCATATTCTTCATCTGCT
TATTCATGCATGTAGGACGGGGCCTATACTACGGATCGTATACCTTCCTAGAAACATGAAACATTGGAGT
AATCCTCCTATTCACAGTAATAGCCACAGCTTTTATAGAGTACGTCCTACCATGAGGACAAATATCATTT
TGAGGAGCAACAGTCATTACTAATCTCCTATCAGCAATCCCATATATCGGCACAAATCTAGTCGAATGAA
TCTGAGGGGGCTTCTCAGTAGATAAAGCAACCCTTACCCGATTCTTCGCCTTCCACTTCATTCTCCCATT
CATCATTATAGCACTCACTATAGTCCACCTACTCTTTCTTCACGAAACAGGATCAAACAACCCAATAGGA
ATTCCATCAGACATAGACAAAATCCCGTTCCACCCCTACTACACTATCAAAGATATCTTAGGGGCACTTC
TATTAATTCTAGTCCTAATACTTCTAGTCCTATTTACACCCGACCTGCTCGGAGACCCAGATAACTACAC
ACCAGCCAACCCACTCAATACTCCTCCCCATATTAAACCAGAATGATACTTTCTATTTGCATACGCAATC
CTACGATCAATCCCCAACAAACTAGGAGGAGTCCTAGCCCTAGTTCTCTCCATCCTCATCCTCATCTTCA
TACCCCTACTCCACACATCCAAACAACGAAGTATGATATTTCGACCATTCAGTCAATGCCTATTTTGAAT
TCTAGTAGCGGACCTGCTAACACTCACATGAATTGGAGGACAGCCAGTTGAACACCCATTCATCATCATC
GGACAACTAGCATCTATTATGTACTTTCTCATCATCCTAGTGTTAATACCAGTCACTAGTGCAATCCAAA
ACAACCTTCTAAAATGAAGA
 
 
>Goat gene mitochondrial du cytochrome b
ATGACCAACATCCGAAAGACCCACCCATTAATAAAAATTGTAAACAACGCATTTATTGACCTCCCAACCC
CATCAAACATCTCATCATGATGAAACTTTGGATCCCTCCTAGGAATTTGCCTAATCTTACAAATCCTGAC
AGGCCTATTCCTAGCAATACACTATACATCCGACACAATAACAGCATTTTCCTCTGTAACTCACATTTGT
CGAGATGTAAATTATGGCTGAATCATCCGATACATACACGCAAACGGAGCATCAATATTCTTTATCTGCC
TATTCATACATATCGGACGAGGTCTATATTATGGATCATATACCTTTCTAGAAACATGAAACATTGGAGT
AATCCTCCTGCTCGCAACAATGGCCACAGCATTCATAGGCTATGTTTTACCATGAGGACAAATATCATTT
TGAGGGGCAACAGTCATCACTAATCTTCTTTCAGCAATCCCATATATTGGCACAAACCTAGTCGAATGAA
TCTGAGGGGGGTTCTCAGTAGACAAAGCCACTCTCACCCGATTCTTCGCCTTCCACTTTATCCTCCCATT
CATCATCACAGCCCTCGCCATAGTCCACCTGCTCTTCCTCCACGAAACAGGATCGAACAACCCCACAGGA
ATTCCATCAGACACAGATAAAATCCCATTTCACCCTTACTACACCATTAAAGATATCTTAGGCGCCATGC
TACTAATTCTTGTTCTAATATTACTAGTACTATTCACACCCGACCTACTCGGAGACCCAGACAACTATAT
CCCAGCAAATCCACTCAATACACCCCCTCACATTAAACCTGAGTGGTATTTCCTATTTGCATACGCAATC
CTACGATCAATCCCCAACAAACTAGGAGGAGTCCTAGCCCTAGTCCTCTCAATCCTAATCTTAGTACTTG
TACCCTTCCTCCACACATCTAAACAACGAAGCATAATATTCCGCCCAATCAGCCAATGCATATTCTGAAT
CCTGGTAGCAGATCTATTAACACTCACATGAATTGGAGGACAGCCAGTCGAACATCCCTACATTATTATT
GGACAACTAGCATCTATTATATATTTCCTCATCATTCTAGTAATAATACCAGCAGCTAGCACCATTGGAA
ACAACCTTCTAAAATGAAGA
 
 
>Sheep gene mitochondrial du cytochrome b
ATGACCAACATCCGAAAAACCCACCCACTAATAAAAATTGTAAACAACGCATTCATTGACCTCCCAGCTC
CATCAAATATTTCATCATGATGAAACTTTGGCTCCCTCCTAGGCATTTGCTTAATTTTACAGATTCTAAC
AGGCCTATTCCTAGCAATACACTATACACCCGACACAACAACAGCATTCTCCTCTGTAACCCACATTTGC
CGAGACGTGAACTATGGCTGAATTATCCGATATATACACGCAAACGGGGCATCAATATTTTTTATCTGCC
TATTTATGCATGTAGGACGAGGCCTATATTATGGATCATATACCTTCCTAGAAACATGAAACATCGGAGT
AATCCTCCTATTTGCGACAATAGCCACAGCATTCATAGGCTATGTCTTACCATGAGGACAAATATCATTC
TGAGGAGCAACAGTTATTACCAACCTCCTTTCAGCAATTCCATATATTGGCACAAACCTAGTCGAATGAA
TCTGGGGAGGATTCTCAGTAGACAAAGCTACCCTCACCCGATTTTTCGCCTTTCACTTTATTTTCCCATT
CATCATCGCAGCCCTCGCCATAGTTCACCTACTCTTCCTCCACGAAACAGGATCCAACAACCCCACAGGA
ATTCCATCGGACACAGATAAAATTCCCTTCCACCCTTATTACACCATTAAAGACATCCTAGGCGCCATAC
TACTAATCCTTGCCCTCATGCTACTAGTACTATTCACACCTGACTTACTCGGAGACCCAGATAACTATAC
CCCAGCAAACCCACTCAACACACCCCCTCACATTAAACCTGAATGATATTTCCTATTTGCATACGCAATC
CTACGATCAATTCCCAATAAACTAGGAGGAGTCTTAGCCCTAGTCCTCTCGATCCTAATCCTAGTACTCG
TACCTTTCCTCCACACATCCAAACAATGAAGCATAATATTCCGACCAATTAGTCAATGTATATTCTGAAT
CTTAGGAGCAGACCTACTAACACTCACATGAATTGGAGGACAGCCAGTCGAACACCCTTATATCGTCATT
GGACAACTAGCATCTATTATATATTTCCTTATCATTCTAGTAGTAATACCAGTAGCTAGCACTATCGAAA
ATAACCTCCTAAAATGAAGA
 
 
>Hippopotamus gene mitochondrial du cytochrome b
ATGACAAACATCCGAAAATCTCACCCCTTAATAAAAATTATCAACGATGCATTCGTTGACCTCCCAGCTC
CATCAAACATCTCATCGTGATGAAACTTCGGCTCCCTACTTGGCGTCTGCCTAATCCTACAAATTCTAAC
AGGCCTATTCCTGGCCATACACTACACACCAGATACACTCACCGCATTCTCATCGGTAACCCACATCTGC
CGTGATGTAAACTACGGGTGAGTCATCCGCTACATACACGCAAACGGCGCATCCATCTTCTTCATCTGCC
TCTTTACTCACGTAGGACGCGGCCTATACTATGGCTCCTACACATTCCTAGAAACCTGAAACATCGGAGT
TATCTTACTACTCACAACCATAGCTACCGCGTTTATAGGCTACGTACTGCCATGAGGACAAATGTCATTC
TGAGGGGCAACAGTCATTACCAACTTACTGTCAGCTATCCCCTATATTGGAACAGACCTAGTAGAATGAA
TCTGAGGAGGCTTTTCCGTAGACAAAGCCACCCTTACACGATTCTTTGCCTTCCACTTTATTCTTCCATT
CGTTATCACAGCACTAGCCATCGTCCATCTACTATTCCTCCATGAAACAGGATCCAACAACCCAACAGGA
ATCCCCTCAAACGCAGACAAAATCCCATTCCACCCCTATTACACAATCAAGGACATCCTAGGTATCCTAC
TCCTAATAACAACACTACTCACACTAACCTTATTTGCCCCAGACCTCCTAGGGGACCCAGACAACTACAC
CCCCGCAAACCCCCTTAGCACACCACCACACATTAAACCAGAATGATATTTCCTGTTCGCGTACGCGATT
CTCCGATCAATCCCCAACAAACTAGGAGGCGTCCTAGCCCTAGCTCTCTCAATCCTAATCCTGGCCCTAA
TCCCAATACTACACACATCCAAACAACGAAGCCTAATATTTCGACCCCTCAGCCAATGCCTGTTTTGAGC
ACTAATCGCCGACCTACTAACACTCACATGAATTGGAGGACAACCCGTCGAACACCCCTTCATCATCATC
GGACAAGTCGCCTCAATCCTATATTTCCTCTTAATCTTAGTACTAATGCCCGTAGCAGGCATTATCGAAA
ACAAACTCCTAAAATGAAGA
 
 
>Bison gene mitochondrial du cytochrome b
ATGACTAACCTTCGAAAATCCCATCCACTAATAAAAATTGTAAATAACGCATTCATTGACCTTCCAGCTC
CATCAAACATTTCATCATGATGAAACTTCGGCTCCCTCCTGGGAATATGCTTAATCCTACRAATCCTCAC
AGGCCTATTCCTAGCAATACACTACACATCCGATACAACAACAGCATTTTCCTCCGTTGCCCATATCTGC
CGAGACGTGAACTACGGCTGAATCATCCGATACATACACGCAAACGGAGCTTCAATATTCTTTATCTGCT
TATATATGCACGCAGGACGAGGCCTATATTACGGGTCTTATACCTTCCTAGAAACATGAAATATTGGAGT
AATCCTTCTACTTACAGTAATAGCCACAGCATTCATAGGATACGATCTACCATGAGGACAAATATCATTT
TGAGGGGCAACAGTCATTACCAACCTCCTATCAGCAATCCCATACATCGGCACAAACTTAGTCGAATGAA
TTTGAGGTGGATTCTCAGTAGACAAAGCAACCCTCACCCGATTCTTCGCTTTCCACTTTATCCTTCCATT
TATTATTATAGCAATTGCCATAGTCCACCTATTATTCCTCCACGAAACAGGCTCCAACAATCCAACAGGA
ATCTCCTCAGACATAGACAAAATTCCATTTCACCCCTACTATACCATTAAAGACATCCTAGGAGCCTTAT
TACTAATTCTAGCCCTAATACTACTGGTACTATTCACACCCGACCTCCTCGGAGATCCAGATAACTACAC
CCCAGCAAATCCACTCAATACACCTCCCCACATCAAACCCGAATGATACTTCTTATTTGCATACGCAATT
TTACGATCAATCCCCAATAAACTAGGAGGAGTACTAGCCCTAGCCTTCTCTATCCTAATCCTTGCCCTCA
TTCCCCTACTACACACCTCTAAACAACGAAGCATAATTTTCCGACCACTCAGCCAATGCCTATTCTGAAC
TCTAGTAGCAGACCTACTAACACTCACATGAATCGGAGGACAACCAGTCGAACACCCATATATCATCATC
GGACAAATAGCATCTATTATATACTTCCTTCTCATCCTAGTACTAATACCAACAGCCGGCACAATTGAAA
ACAAACTACTAAAATGAAGA

Merci

**VinsS** · 09/10/2018, 06h44

Salut,

Dans ces cas là on fait print(score[s])

**irishupk** · 09/10/2018, 09h48

bonjour,

je ne comprends pas car le problème vient de la comparaison entre score et seuil et non de l'affichage du score

**wiztricks** · 09/10/2018, 10h00

Envoyé par irishupk

je ne comprends pas car le problème vient de la comparaison entre score et seuil et non de l'affichage du score

Le "print" a été sans doute suggéré pour vous inciter à regarder le contenu de ce que vous cherchiez à comparer avant la comparaison... et voir comment sont construits vos objets bien avant.. Car score[s] n'est pas une liste par hasard.

- W

**VinsS** · 09/10/2018, 10h01

Oui, mais quand tu fais ce print() tu vois bien que ce n'est pas un entier mais une liste. Non ?

**irishupk** · 09/10/2018, 10h21

J'ai utiliser ce print et il me dit que ma liste score est une suite de liste videalors que lorsque je utilise le debugger de visual studio code,
il me donne bien le contenu de la liste avec de vrai score. Il faudrait réussir à convertir le tableau et seuil dans le même type afin de comparer
chaque élément de la liste au seuil mais je ne vois pas comment.

EDIT : problème résolu, le soucis était que dans la liste score, les premiers éléments était des listes vides au lieu d'être des scores.

dernier problème : cwd est inconnu lors de la sauvegarde du fichier

**VinsS** · 09/10/2018, 11h34

Tu veux dire os.getcwd() ?

**irishupk** · 09/10/2018, 11h37

Il s'agit de ces lignes là :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 plt.savefig(os.path.join(cwd,"figures",namefordoc)+'.pdf')
 nx.write_gexf(G,os.path.join(cwd,"data_gexf",namefordoc)+'.gexf')

Le but étant de :
- enregistrer un pdf pour sauvegarder les images dans le dossier où se trouve le scipt

edit :
j'ai modifié la sauvegarde du pdf par :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
plt.show(block=False)
    plt.savefig("figure.pdf", format="PDF")

mais ce code d'erreur apparaît :

Exception has occurred: TypeError

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

float() argument must be a string or a number, not 'dict_values'

De plus lors de l'exécution, voilà ce que dit le terminal :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backends/backend_macosx.py", line 83, in _draw
    self.figure.draw(renderer)
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/artist.py", line 55, in draw_wrapper
    return draw(artist, renderer, *args, **kwargs)
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/figure.py", line 1475, in draw
    renderer, self, artists, self.suppressComposite)
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/image.py", line 141, in _draw_list_compositing_images
    a.draw(renderer)
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/artist.py", line 55, in draw_wrapper
    return draw(artist, renderer, *args, **kwargs)
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/axes/_base.py", line 2607, in draw
    mimage._draw_list_compositing_images(renderer, self, artists)
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/image.py", line 141, in _draw_list_compositing_images
    a.draw(renderer)
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/artist.py", line 55, in draw_wrapper
    return draw(artist, renderer, *args, **kwargs)
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/collections.py", line 337, in draw
    self._offset_position)
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backends/backend_agg.py", line 125, in draw_path_collection
    return self._renderer.draw_path_collection(*kl, **kw)
TypeError: Cannot cast array data from dtype('O') to dtype('float64') according to the rule 'safe'
Backend MacOSX is interactive backend. Turning interactive mode on.
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backends/backend_macosx.py", line 83, in _draw
    self.figure.draw(renderer)
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/artist.py", line 55, in draw_wrapper
    return draw(artist, renderer, *args, **kwargs)
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/figure.py", line 1475, in draw
    renderer, self, artists, self.suppressComposite)
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/image.py", line 141, in _draw_list_compositing_images
    a.draw(renderer)
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/artist.py", line 55, in draw_wrapper
    return draw(artist, renderer, *args, **kwargs)
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/axes/_base.py", line 2607, in draw
    mimage._draw_list_compositing_images(renderer, self, artists)
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/image.py", line 141, in _draw_list_compositing_images
    a.draw(renderer)
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/artist.py", line 55, in draw_wrapper
    return draw(artist, renderer, *args, **kwargs)
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/collections.py", line 337, in draw
    self._offset_position)
  File "/Users/amandinelecerfdefer/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backends/backend_agg.py", line 125, in draw_path_collection
    return self._renderer.draw_path_collection(*kl, **kw)
TypeError: Cannot cast array data from dtype('O') to dtype('float64') according to the rule 'safe'

TypeError '>' not supported between instances of 'list' and 'int'

Calcul scientifique Python

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