soucis d'enregistrement de donnees

**bassejc** · 18/07/2006, 18h00

voila j'utilise un tableau et une variable

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 for ($i=0; $i<=$long ; $i++)
        { $tst=~/^([^\t]*)\t[^\t]*\t([^\t]*)\t[^\t]*\t[^\t]*\t.*/;
      print $tst;
       if ($Var eq $2)
          {$groupe = $1;
         print G "Gpe\t$gpe\n";}}

Var etant defini au dessus en My $var comment faire pour que cela passe car rien ne se passe . merci

**Jedai** · 18/07/2006, 20h26

Tu ne donnes aucun détail sur le contenu de $tst, pas plus que de $Var...
De plus l'indentation est pour le moins étrange (si on peut appeler ça une indentation).
Nous n'en savons pas assez pour t'aider.

--
Jedaï

**bassejc** · 19/07/2006, 09h11

oui c vrai $tst c une ligne d'un tableau excel $var une valeur chiffre et lettre contenu dans une case de mon tableau je voudrai enregistrer la 3eme case de chaque ligne la comparer a ma variable $var si c la meme enregistrer la
1 case de la meme ligne voila! Et pour l'indentation le copier coller a bien marcher mais je me suis rendu compte que mon programme ete tres mal indenter donc je vais y remedier pour d'autre details n'hesitez pas merci

**Arioch** · 19/07/2006, 09h20

Envoyé par bassejc

voila j'utilise un tableau et une variable

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 for ($i=0; $i<=$long ; $i++)
        { $tst=~/^([^\t]*)\t[^\t]*\t([^\t]*)\t[^\t]*\t[^\t]*\t.*/;
      print $tst;
       if ($Var eq $2)
          {$groupe = $1;
         print G "Gpe\t$gpe\n";}}

Var etant defini au dessus en My $var comment faire pour que cela passe car rien ne se passe . merci

Déjà, j'essaie de présenter ton code réindenté comme il faut

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for ($i = 0; $i <= $long; $i++)
{
    $tst =~ /^([^\t]*)\t[^\t]*\t([^\t]*)\t[^\t]*\t[^\t]*\t.*/;
    print $tst;
    if ($Var eq $2)
    {
        $groupe = $1;
        print G "Gpe\t$gpe\n";
    }
}

Maintenant, quand tu dis qu'il ne se passe rien, ça signifie que la séquence du print G "Gpe\t$gpe\n"; ne se fait pas ?

Je te conseillerais de réorganiser ton code comme suit :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for ($i = 0; $i <= $long; $i++)
{
    if ($tst =~ /^([^\t]*)\t[^\t]*\t([^\t]*)\t[^\t]*\t[^\t]*\t.*/)
    {
        print $tst;
        if ($Var eq $2)
        {
            $groupe = $1;
            print G "Gpe\t$gpe\n";
        }
        else
        {
            print "\$Var ($Var) différent de \$2 ($2)\n";
        }
    }
    else
    {
        print "\$tst non matché\n";
    }
}

Ca te permettra de voir si ta RegExp fait ce que tu attend d'elle.

De plus, je te conseillerais d'ajouter à la première ligne de ton script (shebang) le flag -w afin d'avoir plus de retours d'erreurs ou d'avertissements du compilateur Perl lorsqu'il analyse, compile et exécute ton script.

Dernière chose : ta boucle for boucle sur quoi exactement ? Parce que là, ta variable $tst est toujours la même qui est utilisée à chaque passage dans ta boucle.

**bassejc** · 19/07/2006, 09h38

ma boucle for boucle sur une variable qui je pense doit avancer dans un fichier type tableau de la ligne i a long qui est la longueur total du tableau

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#! /usr/bin/perl
 
use strict;
 
open (G, ">resu.txt");
open (E, "./holoe.data") or die " impossible d'ouvrir le fichier holoe\n"; 
open (F, "./M.data/M.data5");
my $compteur =0;
my $gpe ="";
my @hml =<E>;
my $gpe = "";
my $i=0;
my $test="";
my $long =@hml;
 
 
 
 
open (DATA, "Mdata/M.data5") or die "Can't open file M.data5 $!";
 
my @mdata = <DATA>;
 
 
chomp(@mdata);
 
my $mdata = join("\t", @mdata);
 
my @ge=split(/\/\//, $mdata);
 
my $ge ="";
foreach $ge(@ge)
  {
	if($ge ne "")
             {
		chomp($ge);
		$ge =~ s/'/\\'/g;
		$_ = $ge; 
		my ($unigId) = /ID\s+([^\t]*)/;
		my ($geNam) = /TITLE\s+([^\t]*)/;
		my ($geSym) = /GENE\s+([^\t]*)/;
		my ($Var) = /LOCUSLINK\s+([^\t]*)/;
		my ($sequences) = /ID\s+.*?(SEQUENCE.*)$/;
		print "$unigId, $geSym, $Var\n";
		if ($Var ne "")
                   {print G "variable1 \t$Var\n"; #mon prog tourne jusque la!
 
                      for ($i=0; $i<=$long ; $i++)
                           {                                                                                                        $test=~/^([^\t]*)\t[^\t]*\t([^\t]*)\t[^\t]*\t[^\t]*\t[^\t]*\t.*/;
                            print $test;
                            if ($Var eq $2)
                                {
                                 $gpe = $1;
                                 print G "Gpe\t$gpe\n";
                                 }
                            }
                     }
            }
  }

voila le but : ouvrir un fichier le couper en notant la Var qui contient une valeur de type chaine puis ouvrir un tableau de 6 colonnes et charcher dans la 3eme colonne si la valeur y existe si oui renvoyer la valeur de la 1 case de la ligne correspondante . voila mais ca march pas du tout je suis debutant et la je galere beaucoup.

**bassejc** · 19/07/2006, 09h45

et pour ton code que tu ma donner maintenant il me marque plein plein plein de test non match voila je suis impatient d'avoir de l'aide !

**Arioch** · 19/07/2006, 10h04

Dans ton code, un truc me saute aux yeux, il manque ~ accolé au = pour les affectations suivantes :

Code :

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my ($unigId) = /ID\s+([^\t]*)/;
my ($geNam) = /TITLE\s+([^\t]*)/;
my ($geSym) = /GENE\s+([^\t]*)/;
my ($Var) = /LOCUSLINK\s+([^\t]*)/;
my ($sequences) = /ID\s+.*?(SEQUENCE.*)$/;

**Arioch** · 19/07/2006, 10h15

2 choses

Active le flag -w à ta 1ère ligne -> #! /usr/bin/perl -w
Ca rendra le compilo plus bavard et il te signalera davantage d'erreur

Redirige vers un fichier le canal STDERR. Ca te fera un fichier log traçant justement les erreurs de compilations ou d'exécution
open(STDERR, ">stderr.log") or die ("création stderr.log erreur : $!\n");

Et vois ce qui se passe.

J'ai repéré (et signalé) qq erreurs syntaxiques, peut être que d'autres se cachent dans ton script.

**bassejc** · 19/07/2006, 10h27

en effet une double declaration et un fichier non utiliser mon ete signaler mais rien de plus et le fichier log fait plus de 23Mo ! et je comprend pas grand chose a ce qu'il y a marquer et quand j'assigne le bloc de variable avec ~ plus rien ne se passe!

**bassejc** · 19/07/2006, 10h54

autre choses aussi si je met

Code :

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        $test = @hml;
        for ($i = 0; $i <= $long; $i++)
           {
            if ($test =~ /^([^\t]*)\t[^\t]*\t[^\t]*\t([^\t]*)\t[^\t]*\t[^\t]*\t.*/)
             {
             print $test;
                if ($VAR eq $2)
                    {
                    $gpe = $1;
                    print G "Gpe\t$gpe\n";
                    }
                else
                    {
                    print "\$Var ($Var) différent de \$2 ($2)\n";
                    }
             }
            else
                {
                print "\$test non matche\n";
                }

en commentaire il m'enregistre bien les Var dans le fichier si non rien ne se passe

**bassejc** · 19/07/2006, 10h56

J'ai trouver!!!

Code :

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	if ($Var ne "")
        {
        print G "$Var \t$var\n"; #ok
 
        foreach my $ligne(@hml) {print "$ligne";
                                           }
        }

**Jedai** · 19/07/2006, 12h48

Envoyé par Arioch

Active le flag -w à ta 1ère ligne -> #! /usr/bin/perl -w
Ca rendra le compilo plus bavard et il te signalera davantage d'erreur

C'est un bon conseil, mais c'est peut-être mieux d'utiliser plutôt "use warnings" au début du script, l'avantage étant qu'il est lexical, qu'on peut le désactiver avec "no warnings" sur une portée précise et qu'on peut sélectionner précisément les catégories de warnings à émettre.

Par ailleurs concernant le code dans ce thread... Pitié prend un bon éditeur de texte et utilise une indentation plus standard et cohérente !

(il y a par ailleurs pas mal à dire niveau maintenabilité sur ce script, mais tout ceci est déjà dit dans d'autres threads, je ne le répéterais pas ici)

--
Jedaï

**bassejc** · 19/07/2006, 13h08

merci pour tous tes conseils jedai j'utilise syn editor pour mon script perl et je suis tres novice peux tu me donner les "theads" pour une meilleur stabiliter ou maintenabilite? car la pareil je pige pas trop et c'est mon premier travail en perl avant je n'avais pas programmer en perl je faisai pas mal d'algo mais c tout donc si tu veux bien me venir en aide je suis prenneur car mon script marche toujours pas!

**Arioch** · 19/07/2006, 13h40

Envoyé par bassejc

merci pour tous tes conseils jedai j'utilise syn editor pour mon script perl et je suis tres novice peux tu me donner les "theads" pour une meilleur stabiliter ou maintenabilite? car la pareil je pige pas trop et c'est mon premier travail en perl avant je n'avais pas programmer en perl je faisai pas mal d'algo mais c tout donc si tu veux bien me venir en aide je suis prenneur car mon script marche toujours pas!

Sans trop m'avancer, ce que Jedai a voulu dire, c'est que tu dois être plus aéré dans la présentation de ton code, pas aussi touffu/fouilli.

En celà, un bon éditeur de texte et en te tenant à une méthode d'indentation qui te sera propre, ton code deviendra davantage lisible pour toi comme pour ceux qui seraient amenés à y mettre le nez dedans. Et ici, ça n'a rien à voir avec Perl, je pense que c'est valable avec les autres langages.

Autre chose : essaie de disséminer aux endroits stratégiques des commentaires ou des annotations. Faut pas trop documenter (sinon faire de la POD) sinon on alourdit le code mais ne pas documenter, spa bien

Et concernant ton soucis, vu que ton script plante toujours. Déjà active le use warnings préconisé par Jedai. Ensuite, à ta place je mettrai des print du contenu de tes variables à divers endroits, en priorité ceux où tu penses que ça peut coincer.

Grosso modo, rend ton programme un peu bavard sur tout ce qu'il fait.

**bassejc** · 19/07/2006, 14h03

merci beaucoup pour tous ses precieux conseils que je suis en train de m'efforcer d'appliqué je vous tiens au courant

**Jedai** · 19/07/2006, 14h14

Remets nous ton code en entier tel qu'il est actuellement.

Pour l'éditeur, je te conseille Scite, et particulièrement cet installeur qui contient l'aide de l'API Perl et rajoute automatiquement un item "ouvrir avec Scite" au menu contextuel de Windows. (Bien sûr si tu as des habitudes bien ancrées avec Syn Text Editor, et même des scripts, reste avec Syn)

--
Jedaï

**bassejc** · 19/07/2006, 14h52

voici mon code mais j'arrive pas a placer le warrning

Code :

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#! /usr/bin/perl -w
 
 
use strict;
 
open(STDERR, ">stderr.log") or die ("création stderr.log erreur : $!\n");
open (G, ">resu.txt");
open (E, "./hml.data") or die " impossible d'ouvrir le fichier hml\n"; 
#Le fichier mdata est trop gros pour le traiter en entier. On lit le fichier ligne par ligne et on let en place un compteur qui va permettre une decoupe en plusieurs fichiers.
#my @files = glob("./mdata/*");
 
my $compteur =0;
my $grp ="";
my @hml =<E>;
my $i=0;
my $test="";
my $long =@hml;
my @tmp = ();
 
 
 
#foreach my $file(@files){
	#open (DATA, $file) or die "Can't open file $file $!";
	open (DATA, "mdata/mdata5") or die "Can't open file mdata5 $!";
	#print "Parse $file...\n";
	my @mdata = <DATA>;
 
	#enleve les retours ligne
	chomp(@mdata);
	#joint les elements du tableau dans une chaine
	my $mdata = join("\t", @mdata);
	#cree un tableau en coupant la chaine selon //. C'est le separateur de 2 elements unigene.
	my @ge=split(/\/\//, $mdata);
 
	my $ge ="";
	foreach $ge(@ge)
  {
		if($ge ne "")
    {
			chomp($ge);
			#Remplacement des '(prim) existant par \' pour l'insertion dans la base
			$ge =~ s/'/\\'/g;
			#Recupere les identifiants 
			$_ = $ge;
 
			#Rq \s+ signifie un ou plusieurs espaces
			my ($unigId) = /ID\s+([^\t]*)/;
			my ($geNam) = /TITLE\s+([^\t]*)/;
			my ($geSym) = /GENE\s+([^\t]*)/;
			my ($Var) = /LOCUSLINK\s+([^\t]*)/;
			my ($sequences) = /ID\s+.*?(SEQUENCE.*)$/;
			print "$unigId, $geSym, $Var\n";
			if ($Var ne "")
        {
        print G "Variable \t$Var\n"; #ok
 
        foreach my $ligne(@hml)
                {
                #print "$ligne";
                @tmp = split(/\t/,$ligne);
                #print "$tmp[2]\n";
                if ($Var eq $tmp[2])
                  {
                   print G "groupe\t$tmp[0]\n";
                  }
                }
        }
    }
  }

voila mon code tel qu'il est a l'heure actuel

**Arioch** · 19/07/2006, 19h48

Bonsoir, tu n'as toujours pas corrigé ces lignes là

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my ($unigId) =~ /ID\s+([^\t]*)/;
my ($geNam) =~ /TITLE\s+([^\t]*)/;
my ($geSym) =~ /GENE\s+([^\t]*)/;
my ($Var) =~ /LOCUSLINK\s+([^\t]*)/;
my ($sequences) =~ /ID\s+.*?(SEQUENCE.*)$/;

Remplace le signe = par =~

**Jedai** · 19/07/2006, 21h14

Non Arioch, ces lignes sont correctes avec "=" (et pas avec "=~"), regarde la ligne qui les précède :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$_ = $ge;

Evidemment c'est le type d'astuce qui rend ce code difficile à maintenir... (la preuve par l'exemple puisque tu n'avais pas compris l'intention)

--
Jedaï

**pospos** · 20/07/2006, 00h08

pour assigner $_ je trouve ca plus explicite et elegant de faire un for:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for ($ge) {
  my ($unigId) =~ /ID\s+([^\t]*)/;
  ...
}

ca permet par exemple de faire des swiths avec des regexp

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for ($var) {
  if (/bla/) {
  }
  elsif (/bli/) {
    ...
  }.
}

soucis d'enregistrement de donnees

Langage Perl

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