Discussion :

[bassejc]

voila j'utilise un tableau et une variable

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 for ($i=0; $i<=$long ; $i++)
        { $tst=~/^([^\t]*)\t[^\t]*\t([^\t]*)\t[^\t]*\t[^\t]*\t.*/;
      print $tst;
       if ($Var eq $2)
          {$groupe = $1;
         print G "Gpe\t$gpe\n";}}

Var etant defini au dessus en My $var comment faire pour que cela passe car rien ne se passe . merci

[Jedai]

Tu ne donnes aucun détail sur le contenu de $tst, pas plus que de $Var...
De plus l'indentation est pour le moins étrange (si on peut appeler ça une indentation).
Nous n'en savons pas assez pour t'aider.

--
Jedaï

[bassejc]

oui c vrai $tst c une ligne d'un tableau excel $var une valeur chiffre et lettre contenu dans une case de mon tableau je voudrai enregistrer la 3eme case de chaque ligne la comparer a ma variable $var si c la meme enregistrer la
1 case de la meme ligne voila! Et pour l'indentation le copier coller a bien marcher mais je me suis rendu compte que mon programme ete tres mal indenter donc je vais y remedier pour d'autre details n'hesitez pas merci

[Arioch]

voila j'utilise un tableau et une variable

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 for ($i=0; $i<=$long ; $i++)
        { $tst=~/^([^\t]*)\t[^\t]*\t([^\t]*)\t[^\t]*\t[^\t]*\t.*/;
      print $tst;
       if ($Var eq $2)
          {$groupe = $1;
         print G "Gpe\t$gpe\n";}}

Var etant defini au dessus en My $var comment faire pour que cela passe car rien ne se passe . merci

Déjà, j'essaie de présenter ton code réindenté comme il faut

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for ($i = 0; $i <= $long; $i++)
{
    $tst =~ /^([^\t]*)\t[^\t]*\t([^\t]*)\t[^\t]*\t[^\t]*\t.*/;
    print $tst;
    if ($Var eq $2)
    {
        $groupe = $1;
        print G "Gpe\t$gpe\n";
    }
}

Maintenant, quand tu dis qu'il ne se passe rien, ça signifie que la séquence du print G "Gpe\t$gpe\n"; ne se fait pas ?

Je te conseillerais de réorganiser ton code comme suit :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for ($i = 0; $i <= $long; $i++)
{
    if ($tst =~ /^([^\t]*)\t[^\t]*\t([^\t]*)\t[^\t]*\t[^\t]*\t.*/)
    {
        print $tst;
        if ($Var eq $2)
        {
            $groupe = $1;
            print G "Gpe\t$gpe\n";
        }
        else
        {
            print "\$Var ($Var) différent de \$2 ($2)\n";
        }
    }
    else
    {
        print "\$tst non matché\n";
    }
}

Ca te permettra de voir si ta RegExp fait ce que tu attend d'elle.

De plus, je te conseillerais d'ajouter à la première ligne de ton script (shebang) le flag -w afin d'avoir plus de retours d'erreurs ou d'avertissements du compilateur Perl lorsqu'il analyse, compile et exécute ton script.

Dernière chose : ta boucle for boucle sur quoi exactement ? Parce que là, ta variable $tst est toujours la même qui est utilisée à chaque passage dans ta boucle.

[bassejc]

ma boucle for boucle sur une variable qui je pense doit avancer dans un fichier type tableau de la ligne i a long qui est la longueur total du tableau

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#! /usr/bin/perl
 
use strict;
 
open (G, ">resu.txt");
open (E, "./holoe.data") or die " impossible d'ouvrir le fichier holoe\n"; 
open (F, "./M.data/M.data5");
my $compteur =0;
my $gpe ="";
my @hml =<E>;
my $gpe = "";
my $i=0;
my $test="";
my $long =@hml;
 
 
 
 
open (DATA, "Mdata/M.data5") or die "Can't open file M.data5 $!";
 
my @mdata = <DATA>;
 
 
chomp(@mdata);
 
my $mdata = join("\t", @mdata);
 
my @ge=split(/\/\//, $mdata);
 
my $ge ="";
foreach $ge(@ge)
  {
	if($ge ne "")
             {
		chomp($ge);
		$ge =~ s/'/\\'/g;
		$_ = $ge; 
		my ($unigId) = /ID\s+([^\t]*)/;
		my ($geNam) = /TITLE\s+([^\t]*)/;
		my ($geSym) = /GENE\s+([^\t]*)/;
		my ($Var) = /LOCUSLINK\s+([^\t]*)/;
		my ($sequences) = /ID\s+.*?(SEQUENCE.*)$/;
		print "$unigId, $geSym, $Var\n";
		if ($Var ne "")
                   {print G "variable1 \t$Var\n"; #mon prog tourne jusque la!
 
                      for ($i=0; $i<=$long ; $i++)
                           {                                                                                                        $test=~/^([^\t]*)\t[^\t]*\t([^\t]*)\t[^\t]*\t[^\t]*\t[^\t]*\t.*/;
                            print $test;
                            if ($Var eq $2)
                                {
                                 $gpe = $1;
                                 print G "Gpe\t$gpe\n";
                                 }
                            }
                     }
            }
  }

voila le but : ouvrir un fichier le couper en notant la Var qui contient une valeur de type chaine puis ouvrir un tableau de 6 colonnes et charcher dans la 3eme colonne si la valeur y existe si oui renvoyer la valeur de la 1 case de la ligne correspondante . voila mais ca march pas du tout je suis debutant et la je galere beaucoup.

[bassejc]

et pour ton code que tu ma donner maintenant il me marque plein plein plein de test non match voila je suis impatient d'avoir de l'aide !

[Arioch]

Dans ton code, un truc me saute aux yeux, il manque ~ accolé au = pour les affectations suivantes :

Code :

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my ($unigId) = /ID\s+([^\t]*)/;
my ($geNam) = /TITLE\s+([^\t]*)/;
my ($geSym) = /GENE\s+([^\t]*)/;
my ($Var) = /LOCUSLINK\s+([^\t]*)/;
my ($sequences) = /ID\s+.*?(SEQUENCE.*)$/;

[Arioch]

2 choses

Active le flag -w à ta 1ère ligne -> #! /usr/bin/perl -w
Ca rendra le compilo plus bavard et il te signalera davantage d'erreur

Redirige vers un fichier le canal STDERR. Ca te fera un fichier log traçant justement les erreurs de compilations ou d'exécution
open(STDERR, ">stderr.log") or die ("création stderr.log erreur : $!\n");

Et vois ce qui se passe.

J'ai repéré (et signalé) qq erreurs syntaxiques, peut être que d'autres se cachent dans ton script.