Discussion :

[Grendel26]

Bonjour, je vous explique mon problème:
J'ai un dictionnaire qui lui même possède des dictionnaire et j'aimerai afficher la clé + valeur de chaque dictionnaire mais que une clé d'intérêt dans chaque dictionnaire.
Je m'explique:
Voici la forme de mon dictionnaire:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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s={"Dico1":{"Cle1.1":{"cle1.1.1":ABCD},"cle1.2":{"cle1.2.1":EFGH},"cle1.3":{"cle1.3.1":IJKL},
"Dico2":{"Cle2.1":{"Cle2.1":{"cle2.1.1":MNOP},"cle2.2":{"cle2.2.1":QRST},"cle2.3":{"cle2.3.1":WXYZ},
"Dico3":{"Cle3.1":{"Cle3.1":{"cle3.1.1":BONJOUR},"cle3.2":{"cle3.2.1":SALUT},"cle3.3":{"cle3.3.1":BISOUS}}

Donc en gros j'ai un énorme dictionnaire "s" qui contient 3 dictionnaires composés chacun que 3 dictionnaires et j'aimerais trouver une solution pour n'afficher que:
cle1.1.1:ABCD
cle2.1.1:MNOP
cle3.1.1:BONJOUR
C-à-d: la clé: la valeur dans 3 dictionnaires différentes mais dans s.
donc je sais comment les afficher l'un après l'autre mais pas en boucle sachant que j'ai en réalité plus de 7000 dictionnaires comme ça.

Auriez-vous des pistes pour m'aider? J'ai parcouru le net et trouvais des solutions du genre .items() mais il s'agissait de cas faciles avec un seul dictionnaire et là ca ne fonctionne malheureusement pas.

Merci pour votre aide.

[lg_53]

Le dictionnaire que vous présenté ici n'est pas valide et ce pour plusieurs raisons :
1) Il manque des accolades fermantes
2) ABCD n'est pas une variable Python. "ABCD" l'est. De meme pour IJKL, BISOUS, etc ...

Exécutez votre code avant de poster ici. Ca vous évitera de poster des bétises et on pourra vous aider de manière plus efficace et en perdant moins de temps.

[VinsS]

Salut,

Si le nom des clés est tel qu'il est, alors l'ordre alphabétique convient.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>>> s={"Dico1":{"Cle1.1":{"cle1.1.1":"ABCD"},"cle1.2":{"cle1.2.1":"EFGH"},"cle1.3":{"cle1.3.1":"IJKL"}},"Dico2":{"Cle2.1":{"cle2.1.1":"MNOP"},"cle2.2":{"cle2.2.1":"QRST"},"cle2.3":{"cle2.3.1":"WXYZ"}},"Dico3":{"Cle3.1":{"cle3.1.1":"BONJOUR"},"cle3.2":{"cle3.2.1":"SALUT"},"cle3.3":{"cle3.3.1":"BISOUS"}}}
>>> for key in sorted(s.keys()):
...     subkey = sorted(s[key])[0]
...     print(s[key][subkey][sorted(s[key][subkey].keys())[0]])
... 
ABCD
MNOP
BONJOUR

Tu remarqueras que j'ai modifié ton dictionnaire qui comportait de petits défauts.

[Grendel26]

Oui désolé en effet je n'ai pas fais attention.
Merci beaucoup pour la boucle mais est-il possible d’ajouter à chaque valeur le nom du dico auquel il correspond devant, du type:

cle1.1:ABCD
cle2.1:MNOP
cle3.1:BONJOUR
?

[VinsS]

Il suffit de décomposer la dernière ligne de mon code en deux lignes.

Mais ton idée est basée sur un misconcept.
On accède aux valeurs d'un dictionnaire par leur(s) clé(s), pas par la position de celles-ci.

Or, dans ton exemple, les clés semblent construites selon un schéma itératif, tu devrais, donc, être en mesure de retrouver les noms de ces clés sans le recours au code que je montre et qui est un honteux bricolage.

[Grendel26]

Il suffit de décomposer la dernière ligne de mon code en deux lignes.

Mais ton idée est basée sur un misconcept.
On accède aux valeurs d'un dictionnaire par leur(s) clé(s), pas par la position de celles-ci.

Or, dans ton exemple, les clés semblent construites selon un schéma itératif, tu devrais, donc, être en mesure de retrouver les noms de ces clés sans le recours au code que je montre et qui est un honteux bricolage.

Ok, pour faciliter les choses, si j'utilisais quelque chose comme cela:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

s={"Align":{"Rhesus":{"seq":"ABCD"},"Babouin":{"seq":"EFGH"},"Homme":{"seq":"IJKL"}},"Align":{"seq":{"Rhesus":"MNOP"},"seq":{"Babouin":"QRST"},"seq":{"Homme":"WXYZ"}},"Align":{"Rhesus":{"seq":"BONJOUR"},"Babouin":{"seq":"SALUT"},"Homme":{"seq":"BISOUS"}}}

En gros j'ai un énorme dictionnaire s qui contient à chaque fois des alignements pour plusieurs séquences de chromosomes chez 3 espèces donc Rhesus, Babouin et l'Homme et l'objectif c'est d'aligner 3 par 3 les séquences donc par exemple:
Rhesus: ABCD
Babouin: EFGH
Homme: IJKL
puis
Rhesus: MNOP
Babouin:QRDT
Homme:WXYZ
puis
Rhesus:BONJOUR
Babouin:SALUT
Homme:BISOUS
Je pense que c'est un peu plus clair sachant que j'ai des alignements à foison lol.

Merci pour ton aide

[wiztricks]

En gros j'ai un énorme dictionnaire s qui contient à chaque fois des alignements pour plusieurs séquences de chromosomes chez 3 espèces

Il n'est pas si énorme car "Align":{"seq":{"Rhesus":"MNOP"},"seq":{"Babouin":"QRST"},"seq":{"Homme":"WXYZ"}} se réduit à "Align":{ "seq":{"Homme":"WXYZ"}}: les premiers "seq" étant écrasés par le dernier.
Donc votre premier soucis est d'avoir une représentation de vos données qui fonctionne et si possible adaptée aux différents parcours que vous souhaitez faire.
Et cela relève d'un travail de conception à faire avant de se lancer dans le moindre codage.

- W

[Grendel26]

Merci pour votre aide mais le fichier standard est déjà construit de la sorte et tous les chercheurs l'utilisent comme tel en fait :/

[wiztricks]

Merci pour votre aide mais le fichier standard est déjà construit de la sorte et tous les chercheurs l'utilisent comme tel en fait :/

Certes, mais vous ne montrez pas les données d'un fichier mais leur transformation en un code Python douteux.

- W

[Grendel26]

Certes, mais vous ne montrez pas les données d'un fichier mais leur transformation en un code Python douteux.

- W

Ok, désolé alors voici les données réelles:
Ici il s'agit des s de 0 à 2:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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2
>>> m[0:2]
[{'panTro': {'pos': 116358581, 'lgchr': 160261443, 'chrom': 'chr7', 'esp': 'panTro', 'nbl': 37, 'seq': 'CTTTACATAACAAGGTTGGAGATCTGAATATAAAAAT', 'vers': 2, 'sens': '+'}, 'hg': {'pos': 115810521, 'lgchr': 159138663, 'chrom': 'chr7', 'esp': 'hg', 'nbl': 37, 'seq': 'CTTTACATAACAAGGTTGGAGATCTGAATATAAAAAT', 'vers': 19, 'sens': '+'}, 'score': 1042755.0, 'rheMac': {'pos': 153523205, 'lgchr': 196418989, 'chrom': 'chr3', 'esp': 'rheMac', 'nbl': 37, 'seq': 'CTTTACACATCAAGATTGGAGATCTGAATATAAAAAT', 'vers': 2, 'sens': '+'}}, {'panTro': {'pos': 116358618, 'lgchr': 160261443, 'chrom': 'chr7', 'esp': 'panTro', 'nbl': 225, 'seq': 'TCCCTATAAGATATAGGCAGAGAACATTCAGCAGATCACATATGCTCATATGTGCCTGAAGCTCTTATCTGCCTACAGGCTTGGGATGCACAATTGGGAAGAAGGGTGTTAGGGGTGGGGAGGGGGAATGTGCAGGAACTGGGGAAAGAAGTTCAGATAAGACGAGTCCAGGGTAAGGAAGCAGCAGGCACCTGGAAAGGGGATCAATCCAGTAGTTGATAGAAA', 'vers': 2, 'sens': '+'}, 'hg': {'pos': 115810558, 'lgchr': 159138663, 'chrom': 'chr7', 'esp': 'hg', 'nbl': 225, 'seq': 'TCCCTATAAGATATAGGCAGAGAACATTCAGCAGATCACATATGCTCATATGTGCCTGAAGCTCTTATCTGCCTACAGGCTTGGGATGCACAATTGGGAAGAAGGGTGTTGGGGGTGAGGAGGGGGAATGTGCAGGAACTGGGGAAAGAAGTTCAGATAAGACAAGTCCAGGGTAAGGAAGCAGCAGGCACCTGGAAAGGGGATCAATCCAGTAGTTGATAGAAG', 'vers': 19, 'sens': '+'}, 'score': 1327255.0, 'rheMac': {'pos': 153523242, 'lgchr': 196418989, 'chrom': 'chr3', 'esp': 'rheMac', 'nbl': 225, 'seq': 'TCCCTATAAGATATAGGCAGAGAACATTCAGCAGACAACATATGCTCCCATGTGCCCCAAGCTCCTATCTGCCTACAGGCTTGGGATGCACAATTGGGAAGAAGGGTGTTGGGGGTGGGGAGGGGGAATGTGCGGCCACTGGAGAGAGAAGTTCAGATAAGACAAGTCCAGGGTAAGGAAGCAGCAGGCACCTGGAAAGGGGATCAATCCAGTAGCTGACAGAAA', 'vers': 2, 'sens': '+'}}]

Et je voudrais donc arriver à obtenir cela:

panTro: CTTTACATAACAAGGTTGGAGATCTGAATATAAAAAT
hg: CTTTACATAACAAGGTTGGAGATCTGAATATAAAAAT
rheMac:CTTTACACATCAAGATTGGAGATCTGAATATAAAAAT

et

panTro:TCCCTATAAGATATAGGCAGAGAACATTCAGCAGATCACATATGCTCATATGTGCCTGAAGCTCTTATCTGCCTACAGGCTTGGGATGCACAATTGGGAAGAAGGGTGTTAGGGGTGGGGAGGGGGAATGTGCAGGAACTGGGGAAAGAAGTTCAGATAAGACGAGTCCAGGGTAAGGAAGCAGCAGGCACCTGGAAAGGGGATCAATCCAGTAGTTGATAGAAA
hg:TCCCTATAAGATATAGGCAGAGAACATTCAGCAGATCACATATGCTCATATGTGCCTGAAGCTCTTATCTGCCTACAGGCTTGGGATGCACAATTGGGAAGAAGGGTGTTGGGGGTGAGGAGGGGGAATGTGCAGGAACTGGGGAAAGAAGTTCAGATAAGACAAGTCCAGGGTAAGGAAGCAGCAGGCACCTGGAAAGGGGATCAATCCAGTAGTTGATAGAAG
rheMac:TCCCTATAAGATATAGGCAGAGAACATTCAGCAGACAACATATGCTCCCATGTGCCCCAAGCTCCTATCTGCCTACAGGCTTGGGATGCACAATTGGGAAGAAGGGTGTTGGGGGTGGGGAGGGGGAATGTGCGGCCACTGGAGAGAGAAGTTCAGATAAGACAAGTCCAGGGTAAGGAAGCAGCAGGCACCTGGAAAGGGGATCAATCCAGTAGCTGACAGAAA

et ceci pour 7343 séquences.
Vous pensez que c'est possible?

[wiztricks]

Vous pensez que c'est possible?

La vraie question est de savoir quelles difficultés vous rencontrez faire çà de vous même.
Vous montrez une liste contenant un dictionnaire et vous êtes sous la console Python (les '>>>'). Vous pourriez avoir la curiosité de regarder ce qu'affiche:

Code :

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s = m[0:2]
print(s[0])
for k, v in s[0].items():
     print (k, v)

puis affiner un peu.
note: boucles, listes et dictionnaires sont des constructions et des structures de base du langage.

- W

[Grendel26]

La vraie question est de savoir quelles difficultés vous rencontrez faire çà de vous même.
Vous montrez une liste contenant un dictionnaire et vous êtes sous la console Python (les '>>>'). Vous pourriez avoir la curiosité de regarder ce qu'affiche:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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3
4
s = m[0:2]
print(s[0])
for k, v in s[0].items():
     print (k, v)

puis affiner un peu.
note: boucles, listes et dictionnaires sont des constructions et des structures de base du langage.

- W

Et bien je pensais avant de créer ce post justement à utiliser quelque chose comme ca: accéder à la séquence de panTro pour m[0]reviendrait à faire cela: m[0]["panTro"]["seq"]
Les variables qui changent sont donc m[0:7343]et["hg", "panTro" et "rheMac"], en revanche la sous-clé : ["seq"] reste toujours la même.

je pensais donc quelque chose comme ça:
for k,v in m[0:7343]["hg", "panTro","rheMac"]["seq"].items():
print (k,v)

Bien sûr ça ne marche pas, je ne sais pas bien comment faire en sorte de lui dire: pour m[0] cherche moi dans les clés ["hg", "panTro","rheMac"], la sous-clé ["seq"] et affiche mois à chaque fois le valeur de cette clé en gardant devant le nom de la clé, puis même chose pour m[1], puis m[2].....m[n]


J’essaie vraiment depuis toute la journée de trouver une solution

[wiztricks]

Salut,

Bien sûr ça ne marche pas, je ne sais pas bien comment faire en sorte de lui dire: pour m[0] cherche moi dans les clés ["hg", "panTro","rheMac"], la sous-clé ["seq"] et affiche mois à chaque fois le valeur de cette clé en gardant devant le nom de la clé, puis même chose pour m[1], puis m[2].....m[n]

"ça ne marche pas" sans montrer ce que vous avez essayé et le problème rencontré ne va pas vous permettre d'avancer non plus.
note: Et j'ose espérer que si vous n'avez pas essayé un truc comme:

je pensais donc quelque chose comme ça:
for k,v in m[0:7343]["hg", "panTro","rheMac"]["seq"].items():
print (k,v)

Car si c'est le cas, il faut ouvrir un tuto. d'urgence et apprendre les bases.

- W

[lg_53]

Vous n'avez pas hyper bien chercher ... Il ne suffit pas d'essayer des trucs et de constater si ca marche ou non. Il faut comprendre pourquoi ca ne marche pas. Et pour cela il faut afficher petit à petit ce que vous construiser pour y voir qqch. Notamment, en commençant par

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print(m[0:7343])

vous voyez que ce n'est pas un dictionnaire ! C'est une liste.
Donc après

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

m[0:7343]["hg"]

ne risque pas de marcher et ceci

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

m[0:7343]["hg", "panTro","rheMac"]

non plus ...

Il faut passer par des boucles for imbriquées.

La solution ci-dessous en spoiler. Elle est toute simple et je te conseille fortement de la trouver par toi même. Car si tu n'y parviens pas, et bien tu risques de ne pas faire grand chose en Python... Je t'ai donné tous les indices qu'il faut pour que tu y parviennes.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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s=[{'panTro': {'pos': 116358581, 'lgchr': 160261443, 'chrom': 'chr7', 'esp': 'panTro', 'nbl': 37, 'seq': 'CTTTACATAACAAGGTTGGAGATCTGAATATAAAAAT', 'vers': 2, 'sens': '+'}, 'hg': {'pos': 115810521, 'lgchr': 159138663, 'chrom': 'chr7', 'esp': 'hg', 'nbl': 37, 'seq': 'CTTTACATAACAAGGTTGGAGATCTGAATATAAAAAT', 'vers': 19, 'sens': '+'}, 'score': 1042755.0, 'rheMac': {'pos': 153523205, 'lgchr': 196418989, 'chrom': 'chr3', 'esp': 'rheMac', 'nbl': 37, 'seq': 'CTTTACACATCAAGATTGGAGATCTGAATATAAAAAT', 'vers': 2, 'sens': '+'}}, {'panTro': {'pos': 116358618, 'lgchr': 160261443, 'chrom': 'chr7', 'esp': 'panTro', 'nbl': 225, 'seq': 'TCCCTATAAGATATAGGCAGAGAACATTCAGCAGATCACATATGCTCATATGTGCCTGAAGCTCTTATCTGCCTACAGGCTTGGGATGCACAATTGGGAAGAAGGGTGTTAGGGGTGGGGAGGGGGAATGTGCAGGAACTGGGGAAAGAAGTTCAGATAAGACGAGTCCAGGGTAAGGAAGCAGCAGGCACCTGGAAAGGGGATCAATCCAGTAGTTGATAGAAA', 'vers': 2, 'sens': '+'}, 'hg': {'pos': 115810558, 'lgchr': 159138663, 'chrom': 'chr7', 'esp': 'hg', 'nbl': 225, 'seq': 'TCCCTATAAGATATAGGCAGAGAACATTCAGCAGATCACATATGCTCATATGTGCCTGAAGCTCTTATCTGCCTACAGGCTTGGGATGCACAATTGGGAAGAAGGGTGTTGGGGGTGAGGAGGGGGAATGTGCAGGAACTGGGGAAAGAAGTTCAGATAAGACAAGTCCAGGGTAAGGAAGCAGCAGGCACCTGGAAAGGGGATCAATCCAGTAGTTGATAGAAG', 'vers': 19, 'sens': '+'}, 'score': 1327255.0, 'rheMac': {'pos': 153523242, 'lgchr': 196418989, 'chrom': 'chr3', 'esp': 'rheMac', 'nbl': 225, 'seq': 'TCCCTATAAGATATAGGCAGAGAACATTCAGCAGACAACATATGCTCCCATGTGCCCCAAGCTCCTATCTGCCTACAGGCTTGGGATGCACAATTGGGAAGAAGGGTGTTGGGGGTGGGGAGGGGGAATGTGCGGCCACTGGAGAGAGAAGTTCAGATAAGACAAGTCCAGGGTAAGGAAGCAGCAGGCACCTGGAAAGGGGATCAATCCAGTAGCTGACAGAAA', 'vers': 2, 'sens': '+'}}]
 
for t in s :
  for k in ['panTro','hg','rheMac'] :
     print(k, t[k]['seq'])