Discussion :

[robinooo]

Bonjour à tous,
Je suis actuellement en train d'écrire un code pour lire un fichier csv. J'ai quasiment réussi mais il me reste un petit problème que je n'arrive pas à résoudre.
Voici mon code :

Code :

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def read_csv(csvFile):
    result = {}
    with open(csvFile, 'r') as f:
        for line in f:
            columns = line.split(',')
            keys = result.keys()
            count = len(keys)
            if count == 0:
                for val in columns:
                    name = val.strip()
                    if name:
                        if name in result:
                            raise ValueError('encountered {0} multiple times in the headers'.format(name))
                        result[name] = 0.0
                pass
            # we already added headers, so this will be the values
            else:
                values = []
                for val in columns:
                    trimmed = val.strip()
                    if trimmed:
                        values.append(float(val))
 
                if len(values) != count:
                    raise ValueError('expected same number of data points as headers')
 
                for i in range(count):
                    result[keys[i]] = values[i]
 
    return result

Mon problème est que quand je lis mon fichier csv (je n'ai pas réussi à le joindre en pièces jointes ) , au lieu d'avoir le paramètre R1 avec la valeur 1, le paramètre R2 avec la valeur 2 etc , je me retrouve avec R2 ayant comme valeur 5 , même problème pour les autres.


Je n'arrive pas à trouver d'où vient ce problème, actuellement c'est un fichier test, mais mon fichier initial a 56 paramètres, et j'ai vraiment l'impression que les paramètres et leurs valeurs sont attribués aléatoirement, pourriez vous m'aider svp?

Merci beaucoup!

[wiztricks]

Salut,

C'est pas compliqué: avec une version de Python antérieure à 3.6, l'ordre des clefs d'un dictionnaire n'est pas préservé:

Code :

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>>> keys = [ 'R%d' % x for x in range(1, 6) ]
>>> keys
['R1', 'R2', 'R3', 'R4', 'R5']
>>> d = { s: 0.0 for s in keys }
>>> d
{'R5': 0.0, 'R1': 0.0, 'R4': 0.0, 'R3': 0.0, 'R2': 0.0}
>>> d.keys()
dict_keys(['R5', 'R1', 'R4', 'R3', 'R2'])
>>>

(et pour les versions >= 3.6, cette préservation n'étant qu'un effet de bord de l'implémentation, on fait "sans").

- W

[robinooo]

Merci pour votre réponse.
Il m'est donc impossible de conserver l'ordre des clés dans ma fonction "read_csv" ? Comment pourrai-je alors obtenir mon résultat attendu : " R1 : 1.0 , R2 : 2.0 , R3 : 3.0 .... " toujours à partir de mon fichier csv ?

[wiztricks]

Salut,

Il m'est donc impossible de conserver l'ordre des clés dans ma fonction "read_csv" ? Comment pourrai-je alors obtenir mon résultat attendu : " R1 : 1.0 , R2 : 2.0 , R3 : 3.0 .... " toujours à partir de mon fichier csv ?

Je ne comprends pas ce que vous cherchez à faire.
Déjà côté lecture du fichier CSV, vous ne retournez que le contenu de la première et de la dernière ligne.
Si vos fichiers ne font que 2 lignes, çà serait mieux de simplifier: lecture des labels, puis des valeurs sous forme de listes.
Puis la question est de savoir ce que vous voulez faire de ces 2 listes: pour les afficher, pas besoin d'en faire un dictionnaire, et si vous voulez en faire un dictionnaire, pensez à zip:

Code :

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>>> dict(zip('abc', '123'))
{'b': '2', 'c': '3', 'a': '1'}
>>>

- W

[robinooo]

Je vous explique ce que je cherche à faire.
Sur Matlab je possède un jeu de paramètres : 1000 x 56 paramètres. Avec Matlab je crée un fichier csv, sur la première ligne de ce fichier : les "noms" des paramètres et sur la seconde leurs valeurs. Après avoir créer ce fichier j'utilise une fonction sur Python :

Code :

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 def update_values(fileName, csvFile, outputFile):
 
    # initialize if it didn't happen
    global dataModel
    if dataModel is None:
        dataModel = CCopasiRootContainer.addDatamodel()
 
    assert (isinstance(dataModel, CCopasiDataModel))
 
    # load COPASI file
    try:
        if not dataModel.loadModel(fileName):
            raise Exception("couldn't load file")
    except:
        print ("The COPASI file could not be loaded")
        print (CCopasiMessage.getAllMessageText())
        return
 
    model = dataModel.getModel()
    assert (isinstance(model, CModel))
 
    parameter_value_pairs = read_csv(csvFile)
    if not any(parameter_value_pairs):
        print ('no data found in the csv file')
        return
 
    changed_values = False
    for key in parameter_value_pairs.keys():
        mv = model.getModelValue(key)
        if mv is None:
            print ('no modelvalue for key: {0}'.format(key))
            continue
 
        assert (isinstance(mv, CModelValue))
        mv.setInitialValue(parameter_value_pairs[key])
        print ('changed {0} to {1}'.format(key, parameter_value_pairs[key]))
        changed_values = True
 
    # update initial values if changed
    if changed_values:
        model.compileIfNecessary()
 
    # save file (overwriting if the file exists)
    dataModel.saveModel(outputFile, True)
    pass
 
 
if __name__ == "__main__":
    if len(sys.argv) < 4:
        print ("usage update_modelvalues <CPS file> <CSV file> <OUTPUT CPS file>.")
        sys.exit(1)
    update_values(sys.argv[1], sys.argv[2], sys.argv[3])

Cette fonction me permet de lire le fichier csv et de modifier les valeurs dans un logiciel, COPASI. Dans ce logiciel les 56 "noms de paramètres" sont déjà "rentrés" mais étant donné que j'ai 1000 jeu de 56 paramètres , il serait long de rentrer toutes les valeurs à la main. Cette fonction me permet donc de modifier les valeurs des paramètres sans rentrer dans le logiciel. Après cette modification je peux ensuite effectuer une analyse métabolique avec le logiciel COPASI via python.

Donc pour résumé
1) Création d'un fichier csv à l'aide de Matlab (avec un jeu de 56 paramètres, noms sur la 1ère ligne, valeurs sur la 2eme)
2) Lecture de ce fichier et modification des paramètres dans COPASI
3) Analyse sur COPASI via python ( = mon résultat final que je souhaite avoir en x 1000)

ensuite on recommence

1) Modification du fichier Matlab (avec un nouveau jeu de 56 paramètres, uniquement les valeurs sur la 2eme ligne changent)
2) Lecture et modification
3) Analyse

J'aimerais ensuite mettre ça dans une boucle mais pour l'instant je bloque au niveau de ma fonction de lecture du fichier csv qui n'associe pas le 1er paramètre de la ligne 1 , à la 1ère valeur de paramètre sur la ligne 2.
La fonction update fonctionne très bien mais elle modifie les mauvais paramètres dû à mon problème de lecture du fichier csv. (exemple : pour mon paramètre 47 , j'ai la valeur du paramètre 36).
Voilà j'espère avoir été assez clair.

[wiztricks]

Salut,

Voilà j'espère avoir été assez clair.

Certes mais çà se ramène toujours une liste de labels et une liste de valeurs et des index associés et aucune indication sur ce que doit retourner la fonction read_csv et des solutions proposées dans mon post précédent qui n'ont pas été lues...
C'est pourtant pas compliqué de réfléchir un peu à ce que font:

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>>> labels = list('abc')
>>> values = [1, 2, 3 ]
>>> for ix, v in zip(labels, values):
...     print (ix, ':', v, end= ' ')
...
a : 1 b : 2 c : 3 
>>>
>>> dict(zip(labels, values))
{'b': 2, 'c': 3, 'a': 1}
>>>

et de voir comment appliquer çà à votre cas...

- W

[Alexis.M]

Je suis d'accord avec @wiztricks pour dire que votre problème n'est pas très bien décrit et qu'une autre approche serait sans doute plus simple. Toutefois pour répondre exactement à la question, il existe OrderedDict qui préserve l'ordre des clés

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

from collections import OrderedDict

[robinooo]

Merci pour vos réponses !! Wiztricks , j'ai essayé avec ta méthode, j'ai pas trop réussi à l'adapter à mon cas ... Mais avec la méthode du OrderedDict ça marche ! Merci encore !