Discussion :

[Spirae]

Bonjour à tous !

Je suis doctorante en sciences humaines et je travaille sur un projet sur les maladies rares !
Plus précisément, je voudrais récupérer un code d'identification des maladies, appelé "UID MEDGEN" sur le site nbci, qui est un site de littérature scientifique médicale.

J'ai un fichier avec une liste de 8000 identifiants, appelés " identifiants orphanet" de la forme "orphanet_12345".
Sur le site https://www.ncbi.nlm.nih.gov/medgen/, si je tape dans la barre de recherche cet identifiant (par exemple, orphanet_93403), je tombe sur l'URL
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/medgen/...orphanet_93403 et je peux voir sur la page le fameux "MedGen UID: 437845" (juste en dessous du nom de la maladie).

Seulement, si je dois faire la recherche 8000 fois pour récupérer les 8000 UID MEDGEN je ne suis pas sortie de l'auberge !!! J'ai entendu parler de python et de la possibilité de d'automatiser certaines recherches mais je suis novice et j'aurais aimé apprendre à le faire car cela pourra m'être très utile pour ma formation et mes recherches !!!

Est ce que quelqu'un pourrait m'aider avec le code pour effectuer ce type de commande ? Je lui en serai vraiment très reconnaissante !

Je vous remercie et vous souhaite un très bon dimanche !!!!
A bientôt
Set

[wiztricks]

Salut,

Est ce que quelqu'un pourrait m'aider avec le code pour effectuer ce type de commande ? Je lui en serai vraiment très reconnaissante !

Pas la peine de faire 8000 requêtes alors que le site mets à disposition des fichiers .CSV que l'on peut récupérer via ftp (ou son navigateur Web).

J'ai entendu parler de python et de la possibilité de d'automatiser certaines recherches mais je suis novice et j'aurais aimé apprendre à le faire car cela pourra m'être très utile pour ma formation et mes recherches !!!

C'est sûr que savoir programmer est aujourd'hui incontournable dans le milieu scientifique, et nous nous efforçons de mettre à disposition de bons tutos.

- W

[sunriseparadyse]

Bonjour,

Vous pouvez récupérer les fichiers à cette adresse :

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/medgen/

Cordialement