Discussion :

[abdou3058]

bonsoirs j'ai des données blast que je devrais traiter avec un script perl je suis coincé je sais pas quel type de variable je doit utiliser sachant que mes données ressemble à ca :
je voudrais lier chaque ligne avec une clone mais je doit les manipuler aprés merci d'avance bonne soirée à tous
clone1_deb chu:CHU_0158 71.16 267 77 0 2 802 545 811 5e-108 392
clone1_deb chu:CHU_0158 100.00 10 0 0 810 839 821 830 5e-108 24.3
clone1_deb chu:CHU_0158 32.76 116 71 1 221 547 18 133 1e-09 66.6
clone1_deb chu:CHU_0158 40.74 54 31 1 8 166 888 941 2e-04 49.7
clone1_deb bth:BT_0578 69.06 265 82 0 8 802 546 810 2e-101 372
clone1_deb bth:BT_0578 33.94 109 65 2 224 529 12 120 3e-08 62.4
clone1_deb bth:BT_0578 40.91 44 26 0 8 139 887 930 0.003 45.4
clone1_deb bth:BT_0578 35.00 40 26 0 671 790 411 450 2.0 36.2
clone1_deb bfs:BF2634 68.68 265 83 0 8 802 541 805 6e-100 366
clone1_deb bfs:BF2634 33.94 109 65 2 224 529 7 115 3e-08 62.4
clone1_deb bfs:BF2634 38.33 60 36 1 8 184 882 941 9e-04 47.4
clone1_deb bfr:BF2612 68.68 265 83 0 8 802 541 805 6e-100 366
clone1_deb bfr:BF2612 33.94 109 65 2 224 529 7 115 3e-08 62.4
clone1_deb bfr:BF2612 38.33 60 36 1 8 184 882 941 9e-04 47.4
clone1_deb fjo:Fjoh_4509 66.29 267 90 0 2 802 542 808 8e-100 364
clone1_deb fjo:Fjoh_4509 100.00 10 0 0 810 839 818 827 8e-100 24.3
clone1_deb fjo:Fjoh_4509 37.84 111 61 3 221 529 7 116 5e-10 68.2
clone1_deb fjo:Fjoh_4509 42.37 59 33 1 8 181 885 943 1e-05 53.5
clone1_fin chu:CHU_2742 73.06 193 52 0 824 246 211 403 2e-80 301
clone1_fin aas:Aasi_0256 73.58 193 51 0 824 246 212 404 2e-79 298
clone1_fin fps:FP2060 72.02 193 54 0 824 246 217 409 4e-79 297
clone1_fin gfo:GFO_2771 67.36 193 63 0 824 246 218 410 1e-75 285
clone1_fin fjo:Fjoh_1807 69.43 193 59 0 824 246 218 410 7e-75 283

[Lolo78]

Bonsoir,

je voudrais lier chaque ligne avec une clone

Ce qui veut dire concrètement? Lier quoi avec quoi? Dsl, je ne suis pas généticien et ne comprends donc pas ton besoin.

[abdou3058]

bsr
j'essaie en fait de récupérer les scores et les E-value qui representent la derniere et l(avant derniere colonne avec un motif m//g j'utilise pour ca le motif \s 'space' je fait aussi le dollar $ pour qu'il puisse me récupérer le dernier espace ou tab mais ca m'arreche pas , c me donne toujours que les clones
merci bcp

[Lolo78]

Montre ton vrai code, peut-être je comprendrai vce que tu veux. Ou montre ce que tu désires obtenir avec les deux ou trois premières lignes de ton fochier en entrée.

Cela dit, si je prends la ligne en entrée suivante:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
clone1_deb chu:CHU_0158 71.16 267 77 0 2 802 545 811 5e-108 392

Et suppose que tu veux récupérer CHU_0158, 108 et 392, tu peux essayer ceci (exemple sous le debugger Perl):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  DB<1>  $_ = "clone1_deb chu:CHU_0158 71.16 267 77 0 2 802 545 811 5e-108 392";
 
  DB<2>  @captures = ($_ =~  m/\:(\w+).+\s+([\w-]+)\s+([\w-]+)\s*$/);
 
  DB<3>  x @captures
0  'CHU_0158'
1  '5e-108'
2  392

Cela dit, l'utilisation de la fonction split est sans doute plus efficace:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  DB<9>  print "$_\n" for (split /[ :]/, $_)[2,11,12];
CHU_0158
5e-108
392

Ce qui donne:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
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4
 
CHU_0158
5e-108
392

Tout cela te permet de récupérer les valeurs que tu recherches (si j'ai bien compris), est-ce correct?

[abdou3058]

bsr
merci de votre reponse ; en faite j'ai reussi à ouvrir le fichier et séparer mes donées mais je suis coincé pour calculer la moyenne de mon tableau @blastsign je trouve pas le probleme

voilà mon code complet :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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########### PARTIE II : Analyse des resultats BLAST########## 
## question (1) : calcul du nombre du resultat BLAST####
open(INFILE ,'<','resultat_Blast1000.tab');
my $line = <INFILE>;   my @lines= <INFILE>;      my @keyz;my $compte=0;
foreach (@lines){ if($_=~m/clone/g) {  push (@keyz,$_); } }
$compte=$#keyz+1;
###### Question 1 parie II (le nombre de resultts blst)####
print"le nombre totale des resultats BLAST est :$compte\n";	
#print "@keyz\n";
 
#########print "@lines\n"; #### attention de confondre lines pour le blast en pluriel###
my @enfin; my $score; my $especeKEGG ; my $evalue ; my $fragment;
my @ressign;my $num=0;
my @dax_score;
my @dax_evalue;
foreach my $dax(@lines)
{
my @enfin = split(m/\t/s,$dax);
 
#print   "clone : $enfin[0]  espece KEGG:$enfin[1]   evalue : $enfin[10]  score: $enfin[11] \n";
#print "$enfin[0]\n";
push(@dax_evalue,$enfin[10]);
push(@dax_score,$enfin[11]);
 
}
#print "@dax_score\n";
#print "@dax_evalue\n\n\n";##### probleme d'affichage de resultat~~~~
my $comteur=0;
my $prov;
 
my $papa=0;
foreach $prov(0..$#dax_score){
if (($dax_score[$prov]>50)&&($dax_evalue[$prov]<10**-5)){
$comteur++;
my @blastsign;
my @evalsign;
push (@blastsign,$dax_score[$prov]);
push (@evalsign,$dax_evalue[$prov]);
print "scores des resultats blast significtifs:@blastsign:@evalsign";
 
 
 
 
}
 
 
}
 
#######question 2 partie II   (le nombre de resultats blast significatifs )   #####
#print "le nombre de resultat BLAST significatifs est :$comteur\n";

[abdou3058]

part1.pl