Discussion :

[akhsasi]

bonsoir !
je suis un super débutant en perl en fait j'ai un problème pour répondre a un exercice : j'ai un fichier qui contient des sequences :
exemple :
>seq1
sqdfhjsqdhfkjsqd
>seq2
kswjdhvlskjvsdvsq
>seq3
ksndvk:jsn:kvssdfs
ce que je cherche c'est le code pour compter le nombre de sequences mon idée est de compter combien j'ai de ">" exemple ici j'ai 3 donc le programme doit m'afficher : le nombre de sequences est 3
jusqu'ici le code que j'ai pu établir me donne 1 car il compte que la premiere ligne du fichier pas plus...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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use strict;
use warnings;
open(FA, "sequences.txt") or die "fichier introuvable";
my $nbr = <FA>;
my @list = $nbr =~ />/g;
my $count = scalar @list;
print "Il y a $count  sequences dans la liste\n";
 
close FASTA;
<>

Merci pour l'aide

[dmganges]

Bonjour,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
use utf8;
 
my $fh;
my $entree = 'sequences.txt';
my $rech = '>seq';
 
open ( $fh, '<:utf8', $entree )
   or die ( "Imposible d'ouvrir le fichier $entree $!" );
 
my @lignes = <$fh>;
 
my @seq =  grep { $_ =~ /$rech/ } @lignes;
 
my $count = scalar(@seq);
 
print "Il y a $count sequences '$rech' dans le fichier $entree\n";
 
close $fh;

[Lolo78]

Bonjour,

cette ligne de code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
my $nbr = <FA>;

ne lit qu'une seule ligne de ton fichier.

Il faut soit lire le fichier dans un tableau (une ligne par élément du tableau) comme l'a proposé dmganges, soit insérer la lecture des lignes du fichier dans une boucle while:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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3
4
5
6
 
my $count = 0;
while (my $ligne = <FA>) {
    $count++ if $ligne =~ />seq/;
}
# ...

[akhsasi]

Merci pour vos réponses j ai trouvé la réponse de dmganges plutôt adquat avec mon projet par contre le second réponse me reste un peu absurde

[Lolo78]

par contre le second réponse me reste un peu absurde

C'est pourtant une meilleure réponse si ton fichier en entrée est un tant soit peu volumineux (plus rapide, pas de consommation mémoire), c'est même la seule solution applicable si ton fichier est très volumineux.

En outre, elle est plutôt plus simple.

[CosmoKnacki]

Je crois qu'akhsasi a utilisé un mot pour un autre et qu'il veut dire qu'il ne comprend pas ta solution ou comment l'appliquer. Je ne crois pas qu'il pense que ton code est "absurde".

Pour un fichier FASTA, j'aurais mis l'ancre de début de ligne.