Bonjour,
Pour la prochaine fois, le forum "langage" est mieux adapté à ce type de question que "Programmation et administration système". Essaie par ailleurs d'utiliser les balises (en particulier la balise CODE).
Sauf erreur de ma part il manque la ligne
AGmSSNQSISsPVLDAVPr_S11(Phospho);M3(Oxidation)_M3(Oxidation);S11(Phospho);R19(Label:13C(6)15N(4))
de plus la ligne
AHLsENELEALEk_S4(Phospho)_S4(Phospho);K13(Label:13C(6)15N(2))
Moyennant cette correction, i.e. en prenant comme fichier d'entrée celiac.dat contenant
AGTLSITEFADmLSGNAGGFrsr_S22(Phospho);M12(Oxidation)_M12(Oxidation);R21(Label:13C(6)15N(4));S22(Phospho);R23(Label:13C(6)15N(4))
AGmSSNQSISsPVLDAVPR_S11(Phospho);M3(Oxidation)_M3(Oxidation);S11(Phospho)
AHLsENELEALEk_S4(Phospho)_S4(Phospho);K13(Label:13C(6)15N(2))
AGAGmITQHSSNAsPINR_S14(Phospho);M5(Oxidation)_M5(Oxidation);S14(Phospho)
AHLsENELEALEK_S4(Phospho)_S4(Phospho)
AGTLSITEFADMLSGNAGGFRsR_S22(Phospho)_S22(Phospho)
AHLsENELEALEk_S4(Phospho)_S4(Phospho);K13(Label:13C(6)15N(2))
AHLTVGQAAAGGsGNLLTER_S13(Phospho)_S13(Phospho)
AHLTVGQAAAGGsGNLLTEr_S13(Phospho)_S13(Phospho);R20(Label:13C(6)15N(4))
AGAGmITQHSSNAsPINr_S14(Phospho);M5(Oxidation)_M5(Oxidation);S14(Phospho);R18(Label:13C(6)15N(4))
AGmSSNQSISsPVLDAVPr_S11(Phospho);M3(Oxidation)_M3(Oxidation);S11(Phospho);R19(Label:13C(6)15N(4))
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| use strict;
use warnings;
my %unlabeled;
my %labeled;
# lecture du (ou des) fichier(s) contenant les séquences (marquées et non marquées).
while (defined(my $line = <>)) {
$line =~ s/[\r\n]*$//;
next if $line =~ /^\s*$/;
my ($cased_seq, $cased_mod1, $cased_mod2) = split /_/, $line;
my ($lower_seq, $lower_mod1, $lower_mod2) = map { lc } ($cased_seq, $cased_mod1, $cased_mod2);
# pour être indépendant de la casse on prend comme clé la version "en minuscules" de ${seq}_${mod1}
my $key = $lower_seq . "_" . $lower_mod1;
if ($lower_mod2 =~ /label/) {
# la séquence est marquée
warn "une sequence marquee existe deja pour la cle '$key'\n",
"existante : $labeled{$key}\n",
"courante : $line\n"
if exists $labeled{$key};
$labeled{$key} = $line;
} else {
# la séquence n'est pas marquée
warn "une sequence non marquee existe deja pour la cle '$key'\n",
"existante : $unlabeled{$key}\n",
"courante : $line\n"
if exists $unlabeled{$key};
$unlabeled{$key} = $line;
}
}
print "--> Sequences appariees:\n";
for my $key (keys %unlabeled) {
if (exists $labeled{$key}) {
print "$unlabeled{$key}\n";
print "$labeled{$key}\n";
delete $unlabeled{$key};
delete $labeled{$key};
}
}
print "--> Sequences non appariees:\n";
print "$_\n" for values(%unlabeled);
print "$_\n" for values(%labeled); |
j'obtiens le résultat suivant :
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| Taisha:~/perl/forum $ perl celiac.pl celiac.dat
une sequence marquee existe deja pour la cle 'ahlsenelealek_s4(phospho)'
existante : AHLsENELEALEk_S4(Phospho)_S4(Phospho);K13(Label:13C(6)15N(2))
courante : AHLsENELEALEk_S4(Phospho)_S4(Phospho);K13(Label:13C(6)15N(2))
--> Sequences appariees:
AHLTVGQAAAGGsGNLLTER_S13(Phospho)_S13(Phospho)
AHLTVGQAAAGGsGNLLTEr_S13(Phospho)_S13(Phospho);R20(Label:13C(6)15N(4))
AHLsENELEALEK_S4(Phospho)_S4(Phospho)
AHLsENELEALEk_S4(Phospho)_S4(Phospho);K13(Label:13C(6)15N(2))
AGmSSNQSISsPVLDAVPR_S11(Phospho);M3(Oxidation)_M3(Oxidation);S11(Phospho)
AGmSSNQSISsPVLDAVPr_S11(Phospho);M3(Oxidation)_M3(Oxidation);S11(Phospho);R19(Label:13C(6)15N(4))
AGAGmITQHSSNAsPINR_S14(Phospho);M5(Oxidation)_M5(Oxidation);S14(Phospho)
AGAGmITQHSSNAsPINr_S14(Phospho);M5(Oxidation)_M5(Oxidation);S14(Phospho);R18(Label:13C(6)15N(4))
--> Sequences non appariees:
AGTLSITEFADMLSGNAGGFRsR_S22(Phospho)_S22(Phospho)
AGTLSITEFADmLSGNAGGFrsr_S22(Phospho);M12(Oxidation)_M12(Oxidation);R21(Label:13C(6)15N(4));S22(Phospho);R23(Label:13C(6)15N(4))
Taisha:~/perl/forum $ |
qui semble faire ce que tu veux (au warning près...). Mais je ne suis pas certain de comprendre quel est ton problème avec Oxidation.
Besoin d'un peu d'aide
Répondre avec citation
Envoyé par celiac
a priori assez d'accord, quoique je me demande si ça aurait vraiment de l'importance ici. Si les deux séquences (labellisée et non-labellisée) apparaissent à l'identique chacune plusieurs fois dans le fichier, on n'en retrouvera qu'une de chaque dans le résultat. Est-ce grave ? Ce qui poserait vraiment problème c'est le cas de séquences avec les mêmes "$seq_mod1" mais des $mod2 différents. 
) vous assurez que vous comprenez comment le programme fonctionne 
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