Discussion :

[malouchka]

bonjour,

étant débutante sur ImageJ j'aimerai écrire un macro qui automatiquement pourra mettre des rectangles autour de toutes mes cellules que j'identifie déjà grâce à un threshold, je vous donne un petit exemple de ce que j'écris au début:

run("Bandpass Filter...", "filter_large=50 filter_small=3 suppress=None tolerance=5");
setAutoThreshold("MaxEntropy dark");
//run("Threshold...");
run("Set Measurements...", "area center limit redirect=None decimal=3");
run("Analyze Particles...", "size=70-400 circularity=0.20-1.00 display clear include add");

[Tchoukatroc]

Bonjour,

Tu peux binariser ton image à partir du threshold. Sur l'image binaire, tu utilise la fonction find maxima... (fonction de imageJ) avec une noize tolerance de 1. La fonction va te placer un point au centre de chaque cellule. Tu peux ensuite récupérer les coordonnées de ces points grâce à la fonction "getSelectionCoordinates(xpoints, ypoints);" (Built-in macro function) et tu utilise ces coordonnées pour placer tes rectangles.

[malouchka]

merci ça m'a beaucoup aidé malgré les beug incessants d'imageJ, l'automatisation des carrés voir les générer autour du point central de la cellule je n'arrive pas vraiment à le faire :s

[Tchoukatroc]

Peux-nous montrer ta macro pour voir où tu en es ? Si tu as déjà réussi à placer les points, il ne reste plus grand chose à faire.

[malouchka]

la Mocro ressemble à ça maintenant, ce code me permet d'identifier les points centraux de mes cellules:

[run("Bandpass Filter...", "filter_large=50 filter_small=3 suppress=None tolerance=5");
setAutoThreshold("MaxEntropy dark");
//run("Threshold...");
run("Set Measurements...", "area center limit redirect=None decimal=3");
run("Analyze Particles...", "size=50-400 circularity=0.20-1.00 display clear include add");
run("Find Maxima...", "noise=10 output=[Point Selection] exclude above");]

[Tchoukatroc]

bonjour,

tu peux essayer avec ce code et me dire si ça fonctionne?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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imageName = getTitle();
run("Bandpass Filter...", "filter_large=50 filter_small=3 suppress=None tolerance=5");
setAutoThreshold("MaxEntropy dark");
 
run("Duplicate...", "duplicate");
duplicata = getTitle();
 
selectWindow(imageName);
run("Set Measurements...", "area center limit redirect=None decimal=3");
run("Analyze Particles...", "size=50-400 circularity=0.20-1.00 display clear include add");
 
selectWindow(duplicata);
setAutoThreshold("MaxEntropy dark");
run("Convert to Mask", "method=MaxEntropy background=Dark black");
run("Find Maxima...", "noise=1 output=[Point Selection] exclude above");
getSelectionCoordinates(xpoints, ypoints);
 
close(duplicata);
selectWindow(imageName);
rectangleSize = 20;
for(i=0; i<lengthOf(xpoints); i++){
	makeRectangle(xpoints[i]-(rectangleSize/2), ypoints[i]-(rectangleSize/2), rectangleSize, rectangleSize);
	run("Add Selection...");
}