Discussion :

[Tchoukatroc]

Bonjour,



J'aimerais savoir s'il existe une méthode qui me permettrait d'isoler des zones de mon image sans passer par un threshold manuel. A gauche, voici mon image de base, dans laquelle j'aimerais mesurer l'intensité des spots à l'intérieur de ma cellule. A droite, une segmentation de mon image de base que j'ai obtenu un faisant un threshold, que j'ai converti en mask et dans lequel j'ai supprimé le bruit grâce à la fonction "Noise --> Remove Outliers...". Je cherche à comparer l'intensité de ces spots dans différentes populations de cellules. Le problème est que je définie le threshold de façon manuelle, donc subjective ce qui risque de biaiser le résultat. Quelqu'un connait il une méthode pour calculer le threshold de manière automatique, ou une autre méthode de segmentation que par le threshold qui fonctionnerait sur mes images?

Je vous remercie d'avance.

[charlinou]

Il n'y a pas de seuillage automatisé dans ImageJ, si ce n'est pas dans la livraison de base, dans un plugin? Cette image s'y prête particulièrement.

[ToTo13]

Il n'y a pas de seuillage automatisé dans ImageJ

Si si si, OTSU, entropy, Huand, Triangle, etc.
Lorsque tu as ouvert ton image dans ImageJ, Image>Adjust>threshold.
Ensuite il y a plusieurs plugins qui proposent des choses plus ou moins tordues/efficaces.

Dans ton cas, je ferai tout d'abord un top-hat pour couper/détecter les zones plus claires : www.thibault.biz/Developpez/WhiteTopHat.png

[Tchoukatroc]

Bonjour,

Oui, j'avais essayé avec les méthodes de threshold de ImageJ, triangle me donnait un résultat presque correct, mais le threshold n'était pas assez sélectif et débordait un peu trop de mes spots. J'ai essayé rapidement le plugin Fast-Filter qui permet de faire un top-hat, et le résultat me parait plutôt bon, je vais me pencher la dessus. Merci pour vos réponses.

[charlinou]

En effet j'avais moi-même regardé trop en coup de vent, ce ne sont pas les algos qui manquent dans la livraison de base.