hash de hash et

**pontarose** · 25/09/2014, 16h46

J'ai un fichier de ce type (identifiant du gène, taille, classe)

gene260 10 classeD
gene260 15 classeS
gene260 30 classeS
gene260 3 classeL
gene260 7 classeD
gene75 8 classeS
gene75 2 classeS
gene75 5 classeS

J'ai 4 classes (D,S,L,T)
Je souhaiterai obtenir pour chaque classe d'un gène donnée, la taille. Pour la classe all (classe que je crée) je souhaiterai la taille totale toute classe confondu. soit,

gene260 classeD 17(10+7)
gene260 classeS 45(15+30)
gene260 classeL 3
gene260 classeT 0
gene260 all 65(10+15+30+3+7)
gene75 classeD 0
gene75 classeS 15(8+2+5)
gene75 classeL 0
gene75 classeT 0
gene75 all 15(0+8+2+5)

Je suis parti sur un hash de hash du genre
$hash{ gene } = {
classeD => 10,7,
classeS => 15,30,
classeL => 3,
classeT => 0,
all => 10,15,30,3,7,
};

Voilà le début de mon code, mais j'ai des souci pour prendre en compte "un gène donnée d'une classe"
Mon code suivant m'affiche
gene260 classeD 17
gene75 classeS 15

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use warnings;
use Bio::SeqIO;
use List::Util qw(sum);
 
 
my %hash=();
my %new=();
my @tab;
my @classe2 ;
my $gene;
 
 
open FILE, "corrige" or die $!;
while(my $ligne = <FILE>){
	chomp $ligne;
	if($ligne  =~ /^#(gene.*)\t([0-9]*)$/){
		$hash{$1}=$1;
		@tab = (); #déclarer un tableau vide tableau contient tous les ensg...
                @classe2 = ();
	}
 	elsif($ligne  =~ /(.*)\t([0-9]*)\t(.*)$/){
		my $gene=$1;
		my $taille=$2;
		my $classe=$3;
		if (exists $hash{$gene}){   
			if($classe eq "classeD" ){				
				push (@tab,$taille);
 
				#somme	de la colonne							
				my $somme = sum(@tab);
				print "somme : $somme\n";
				$new{$gene} = {classeD => $somme};
			}
			if($classe eq "classeS" ){
				print "$ligne\n";
				push (@classe2,$taille);
				print "sss@classe2\n";
 
				#somme	de la colonne							
				my $somme = sum(@classe2);
				print "somme : $somme\n";	
				$new{$gene} = {classeS => $somme};
 
			}
		}
	}
}
foreach my $c (keys %new){
	foreach (keys %{$new{$c}}){
		print "$c\t$_\t$new{$c}{$_}\n";
	}
}

**pontarose** · 25/09/2014, 17h24

Ce n'est certainement pas la façon de le faire proprement.
MON SOUCI est de prendre en compte la classe "classeT" et "all"?

Mon code suivant affiche
gene260 classeL 3
gene260 classeS 45
gene260 classeD 17
gene75 classeS 15

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use warnings;
use Bio::SeqIO;
use List::Util qw(sum);
 
 
my %hash=();
my %new=();
my @tab;
my @classe2 ;
my @classe3 ;
my @classe4 ;
 
my $gene;
 
 
open FILE, "corrige" or die $!;
while(my $ligne = <FILE>){
	chomp $ligne;
	if($ligne  =~ /^#(gene.*)\t([0-9]*)$/){
		$hash{$1}=$1;
		@tab = (); 
		@classe2 = ();
		@classe3 = ();
		@classe4 = ();
 
	}
 	elsif($ligne  =~ /(.*)\t([0-9]*)\t(.*)$/){
		my $gene=$1;
		my $taille=$2;
		my $classe=$3;
		if (exists $hash{$gene}){   
                        #print "$ligne\t$hash{$gene}\n";
			if($classe eq "classeD" ){				
				push (@tab,$taille);
 
				#somme	de la colonne							
				my $somme = sum(@tab);
				print "somme : $somme\n";
				$new{$gene}{'classeD'} = $somme;
			}
 
			if($classe eq "classeS" ){
				print "$ligne\n";
				push (@classe2,$taille);
				print "sss@classe2\n";
 
				#somme	de la colonne							
				my $somme = sum(@classe2);
				print "somme : $somme\n";	
				$new{$gene}{'classeS'} = $somme;
 
			}
			if($classe eq "classeL" ){
				print "$ligne\n";
				push (@classe3,$taille);
				print "sss@classe3\n";
 
				#somme	de la colonne							
				my $somme = sum(@classe3);
				print "somme : $somme\n";	
				$new{$gene}{'classeL'} = $somme;
			}
 
			if($classe eq "classeT" ){
				print "$ligne\n";
				push (@classe4,$taille);
				print "sss@classe4\n";
 
				#somme	de la colonne							
				my $somme = sum(@classe4);
				print "sommeTTT : $somme\n";
				$new{$gene}{'classeT'} = $somme;
 
			}
		}
	}
 
}
foreach my $c (keys %new){
	foreach (keys %{$new{$c}}){
		print "$c\t$_\t$new{$c}{$_}\n"; 
	}
}

**6ril23** · 25/09/2014, 17h27

j'ai pas trop compris ce que tu souhaites faire (comptage ou liste des nombres), mais si tu veux récupérer un comptage pour chaque couple gene/classe, ce bout de code devrait fonctionner (mais pas testé)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my %hash;
open(FH_IN, 'ton fichier');
while(<FH_IN>){
     if ( $_ =~ /(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+) ){
          if (!defined $hash{$1}{$3} ){
               $hash{$1}{$3} = $2;
               $hash{$1}{'all'} = $2;
          }
          else{
               $hash{$1}{$3} += $2;
               $hash{$1}{'all'} += $2;
          }
     }
}

Dans cette méthode, tu n'auras que les couples rencontrés et donc si tu veux que tous les couples soient dans le tableau, il suffit d'initialiser le niveau 'classe' dès que tu trouves un nouveau gène

**pontarose** · 26/09/2014, 08h39

Bonjour,

Merci Djibril, c'est exactement ce que je veux faire et je bloquais depuis un moment.
* Je ne comprend pas pourquoi ça ne marche pas avec 'all'? (le script m'a l'air bon, mais ça n'incrémente pas!)
Je souhaiterai avoir :
gene260 all 65
gene75 all 15
* tu me dis que "dans cette méthode, tu n'auras que les couples rencontrés et donc si tu veux que tous les couples soient dans le tableau, il suffit d'initialiser le niveau 'classe' dès que tu trouves un nouveau gène", mais je ne vois pas comment faire. Je met dans une liste toute mes classes, mais ensuite je teste mes différentes classes mais du coup je me retrouve bloqué comme dans mon cas script précedent.

**6ril23** · 26/09/2014, 10h16

Envoyé par pontarose

Bonjour,

Merci Djibril, c'est exactement ce que je veux faire et je bloquais depuis un moment.

de rien

Envoyé par pontarose

* Je ne comprend pas pourquoi ça ne marche pas avec 'all'? (le script m'a l'air bon, mais ça n'incrémente pas!)
Je souhaiterai avoir :
gene260 all 65
gene75 all 15

il ne traite pas du tout le cas des 'all'? ou il ne les incrémente pas?
Utilise le "Dumper" comme dans l'exemple ci-dessous pour avoir la structure de ton hash de hash.

Envoyé par pontarose

* tu me dis que "dans cette méthode, tu n'auras que les couples rencontrés et donc si tu veux que tous les couples soient dans le tableau, il suffit d'initialiser le niveau 'classe' dès que tu trouves un nouveau gène", mais je ne vois pas comment faire. Je met dans une liste toute mes classes, mais ensuite je teste mes différentes classes mais du coup je me retrouve bloqué comme dans mon cas script précedent.

En fait, tu as 3 solutions:
- soit tu utilises mon exemple mais quant tu traiteras ces résultats tu parcoureras ton hash de hash
- soit tu utilises mon exemple mais quant tu traiteras ces résultats en parcourent ta liste, il faut géré le cas ou la clé n'existe pas
- soit tu utilises mon exemple modifié (ci-dessous) et tu pourras parcourir ta liste sans problème

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use Data::Dumper;
my %hash;
open(FH_IN, 'ton fichier');
while(<FH_IN>){
     if ( $_ =~ /(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+) ){
          if (!defined $hash{$1} ){
               $hash{$1}{'classeL'} = 0;   # definition manuelle ca plus simple pour moi ici 
               $hash{$1}{'classeD'} = 0;   # mais il faut faire de maniere auto en parcourant
               $hash{$1}{'classeS'} = 0;   # ta liste de classe
               $hash{$1}{'all'} = 0;
          }
 
          $hash{$1}{$3} += $2;
          $hash{$1}{'all'} += $2;
 
     }
}
Dumper(\%hash);

**pontarose** · 26/09/2014, 11h36

Merci Djibril.
J'ai toujours du mal à penser mes algo et je fais des choses compliqués!

Il ne traite pas du tout le cas des 'all'? ou il ne les incrémente pas?
Utilise le "Dumper" comme dans l'exemple ci-dessous pour avoir la structure de ton hash de hash.

Merci pour Dumper; il ne les incrémentait pas!

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print Dumper(%hash);

Oui j'ai compris avec l'initialisation du gène.

Encore merci

**6ril23** · 26/09/2014, 11h45

je trouve que dans les 3 propositions la meilleur est, selon ton besoin la 1 ou la 2 car la dernière ne présente aucun intérêt à mes yeux
surtout en bioinfo où la quantité de données est énorme et donc il vaut mieux ne pas stocker des infos pour rien

si tu as besoin d'aide pour utiliser les premières propositions poste ton code et on t'aidera

**Lolo78** · 26/09/2014, 18h53

Envoyé par pontarose

Merci Djibril.

Celui qui t'a aidé s'appelle Cyril, pas Djibril, qui tu as remercié à 2 reprises...

hash de hash et

Bioinformatique Perl

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