Discussion :

[bowow]

Bonjour,

Dans l'étude de mutagénèse, à partir d'un chromosome et la position d'un variant, j'aimerais retrouver la position de l'acide aminé concerné pour un gène X (pas toujours donné par les sous-traitants après séquençage..). Je peux le faire sous genomeBrowse ou sur ensembl, j'entrais le nom de mon gène, j'allais voir la position dans la séquence ADN de l'exon, je prenais quelques lettres de la séquence ADN, puis je vais dans cDNA, je colle mon fragment de séquence pour trouver le numéro de l'acidé aminé associé.

Je voudrais effectuer ça automatiquement par programmation (soit le développer moi même ou utiliser un outil) mais je ne sais pas sur quel fichier travailler. Je pensais à celui-ci: ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75...o_sapiens/pep/
le all_peptides, est-il adapté ?

Merci.

[Lolo78]

Il existe de très nombreux programmes entiers et modules Perl orientés séquençage génétique et plus généralement bio-informatique. Je ne peux pas trop t'aiguiller car la bio-informatique n'est pas du tout ma branche, mais tu peux au moins consulter le domaine Bio:: du CPAN, il y a beaucoup de choses.

D'autres personnes fréquentant ce forum sont de la partie et pourront certrainement t'apporter beaucoup plus d'informat(ion.

[Gardyen]

(presque) tout ce que tu peux faire sur le site d'ensembl, tu peux le faire en utilisant leur API, et même plus

prends le temps de lire leur doc, il y a de très nombreuses fonctionnalités