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Python Discussion :

Arbre phylogenetique - python


Sujet :

Python

Vue hybride

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  1. #1
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    Par défaut Arbre phylogenetique - python
    Bonjour,

    Lors d'un de mes projets scolaires, il m'est demandé d'implémenter une fonction qui affiche un arbre phylo de manière agréable à lire.

    C'est à dire qu'un arbre de ce type :
    Nom : Capture d’écran 2014-04-23 à 14.20.45.png
Affichages : 1449
Taille : 12,4 Ko

    devra être affiché de la sorte :

    Nom : Capture d’écran 2014-04-23 à 14.28.38.png
Affichages : 1686
Taille : 14,3 Ko

    En essayant de passer par une fonction chapeau j'ai écris ca :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    def profondeur(monarbre,i):
       if tree == None : 
             return 0
       else:
             (u,fg,fd) = monarbre
             print "+"
             print /"|  "*(profondeur(fg,i+1)-1) "|--+ " profondeur(fg,i+1)
             profondeur (fd,i+1)
    Je n'arrive pas a debugger mon code. Si jamais je pouvais avoir un tuyau.. Merci!

  2. #2
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    Salut,

    dans la ligne suivante:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    print /"|  "*(profondeur(fg,i+1)-1) "|--+ " profondeur(fg,i+1)
    • le "/" est en trop
    • il faut concaténer tes chaines de caractères ou mettre une virgule entre 2


    les erreurs successives qu'on obtient en essayant de lancer un fichier contenant juste ta fonction fournissent de bons indices:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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     File "./arbre.py", line 9
        print /"|  "*(profondeur(fg,i+1)-1) "|--+ " profondeur(fg,i+1)
              ^
    SyntaxError: invalid syntax
    ...
    File "./arbre.py", line 9
        print "|  "*(profondeur(fg,i+1)-1) "|--+ " profondeur(fg,i+1)
                                                 ^
    SyntaxError: invalid syntax
    ...
    File "./arbre.py", line 9
        print "|  "*(profondeur(fg,i+1)-1) + "|--+ " profondeur(fg,i+1)
                                                              ^
    SyntaxError: invalid syntax

  3. #3
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    Bonjour,
    Citation Envoyé par Tryph Voir le message
    Salut,

    dans la ligne suivante:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    print /"|  "*(profondeur(fg,i+1)-1) "|--+ " profondeur(fg,i+1)
    • le "/" est en trop
    • il faut concaténer tes chaines de caractères ou mettre une virgule entre 2

    du coup j'ai écrit ca :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    def profondeur(monarbre,i):
       if tree == None:
            return 0
       else:
            (u,fg,fd) = monarbre
            print "+ " + str(u)
            print "|  " *(profondeur(fg,i+1)-1) + "|--+ " + str(profondeur(fg,i+1))
            profondeur(fd,i+1)
    et du coup au final quand je veux afficher mon arbre comme demandé :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    def prettyprint(monarbre,0)
       profondeur(monarbre,0)
    Mais je semble toujours avoir un problème..

  4. #4
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    Par défaut
    Traverser une arborescence est un problème intéressant et tu as déjà compris que tu devais le faire avec une fonction récursive.

    Mais il faudrait nous montrer l'arbre en question et aussi le résultat que tu obtiens parce que la simple phrase "Mais je semble toujours avoir un problème" ça ne nous dit rien.

  5. #5
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    Par défaut
    Salut,

    c'est déjà bien, la définition de la fonction ne lève plus d'erreur.
    le problème c'est que tu ne nous dis pas quel est ton problème et que tu ne nous fourni pas d'exemple d'arbre pour tester.
    dans ces conditions c'est difficile de t'aider.

    fourni nous un exemple d'arbre à afficher et explique nous quel est le problème que tu constates.

  6. #6
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    Citation Envoyé par Tryph Voir le message
    Salut,

    c'est déjà bien, la définition de la fonction ne lève plus d'erreur.
    le problème c'est que tu ne nous dis pas quel est ton problème et que tu ne nous fourni pas d'exemple d'arbre pour tester.
    dans ces conditions c'est difficile de t'aider.

    fourni nous un exemple d'arbre à afficher et explique nous quel est le problème que tu constates.
    Citation Envoyé par VinsS Voir le message
    Mais il faudrait nous montrer l'arbre en question et aussi le résultat que tu obtiens parce que la simple phrase "Mais je semble toujours avoir un problème" ça ne nous dit rien.
    Salut,

    pour vous répondre, l'arbre que je voudrais testé est le suivant :
    Nom : Capture d’écran 2014-04-23 à 14.20.45.png
Affichages : 2246
Taille : 12,4 Ko

    et je l'ai codé de cette façon :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    monarbre = ( ("A",0), (("B",0.15), (("C",0.22), None, None),
                                       (("D",0.12), None, None)),
                          (("E",0.2),  (("F",0.18), None, None),
                                       (("G",0.22), None, None)))
    quand je teste juste ma fonction profondeur j'obtiens ceci :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    >>> profondeur(monarbre,0)
    + ('A', 0)
    + ('B', 0.15)
    + ('C', 0.22)
    |--+ 0
    Traceback (most recent call last):
      File "<stdin>", line 1, in <module>
      File "<stdin>", line 7, in profondeur
      File "<stdin>", line 7, in profondeur
    TypeError: unsupported operand type(s) for -: 'NoneType' and 'int'
    alors que je devrai avoir ceci : Nom : Capture d’écran 2014-04-23 à 14.28.38.png
Affichages : 1328
Taille : 14,3 Ko

    de plus quand j'essaye d'utiliser ma fonction profondeur comme fonction chapeau j'obtiens une erreur :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    def prettyprint(monarbre,0):
        profondeur(monarbre,0)
     
    >>> def prettyprint(monarbre,0):
      File "<stdin>", line 1
        def prettyprint(monarbre,0):
                                 ^
    SyntaxError: invalid syntax
    >>>     profondeur(monarbre,0)
      File "<stdin>", line 1
        profondeur(monarbre,0)
        ^
    IndentationError: unexpected indent
    Merci

  7. #7
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    Salut,

    Citation Envoyé par chlowecita Voir le message
    Salut,

    pour vous répondre, l'arbre que je voudrais testé est le suivant :
    Nom : Capture d’écran 2014-04-23 à 14.20.45.png
Affichages : 2246
Taille : 12,4 Ko

    et je l'ai codé de cette façon :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    5
     
    monarbre = ( ("A",0), (("B",0.15), (("C",0.22), None, None),
                                       (("D",0.12), None, None)),
                          (("E",0.2),  (("F",0.18), None, None),
                                       (("G",0.22), None, None)))
    A mes yeux, ça n'a pas grand sens, mais on a peut-être des manières de raisonner différentes.
    Pourais tu expliquer la logique de ton code comme si on était des gamins de 6 ans ?

    Question subsidiaire : On vous a appris à faire créer et utiliser des classes en cours ?

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