Discussion :

[pontarose]

Bonjour,

j'ai un fichier fam.txt contenant les familles et nom d'enfant et un autre fichier enfant.txt contenant les couples d'enfants
(chaque famille a 2 enfants; cela fonctionne par couple)
Je souhaiterai obtenir un fichier final qui m'indique le nom de la famille et le couple d'enfants associés.

fam.txt

Code :

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dupond    jules
martin     fred
brun	      anna
martin     felix
minh	      emma
dupond     james
brun         jules
duvernet   alice

enfant.txt

Code :

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jules      james
felix      fred
anna      alice

fichier final

Code :

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jules      james
felix      fred
anna      alice

Mon problème au niveau de l'algo, je ne vois pas comment construire mon script.

[pontarose]

Voiçi mon code:

Code :

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my $fichier = 'fam.txt';
open my $fh, '<', $fichier or die "Impossible de lire le fichier $fichier\n";
 
 
my %hash=();
 
while(my $ligne = <$fh>){
        chomp $ligne;
        my ($famille,$gene) = split "\t", $ligne;
        $hash{$gene}=$famille;
}
 
open ALL, "enfant.txt" or die $!;
while(my $ligne = <ALL>){
        chomp $ligne;
 
	if($ligne =~ /(.*)\t(.*)$/){
		if (exists $hash{$1}){
                	print "$hash{$1}\t$ligne\n";
		}
		else{
			$l++;
			#print "$gene\n";
		}
	}
}

J'obtiens pour mon fichier final:
brun jules james
martin felix fred
brun anna alice

Or anna est fille de la famille brun et alice de duvernet!!!

[Lolo78]

Bonjour,

tes données en entrée ne sont pas cohérentes (si du moins j'ai bien compris).

Le fichier enfant.txt contient la ligne:

Code :

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anna      alice

ce qui indique, d 'après ce que tu dis, qu'elles sont sœurs, mais elles ne portent pas le même nom de famille. C'est donc incohérent. Même si ton programme est juste, il va forcément sortir une incohérence, sur le nom de famille s'il donne la priorité aux fratries du fichier enfant.txt, ou sur les fratries s'ils donne la priorité aux noms de famille.

En fait, les informations du premier fichier sont suffisantes à elles seules pour résoudre le problème, le fichier enfant.txt est parfaitement inutile (et il est même nuisible s'il n'est pas cohérent).

Tu as juste besoin de créer à partir du premier fichier un hash avec comme clé le nom de famille et comme valeur la liste des enfants pour résoudre le problème à partir du premier fichier, sans utiliser le second.

[djibril]

du même avis que LoLo car je me suis posé les même questions !

[pontarose]

Bonjour,

Merci pour vos réponses.

"En fait, les informations du premier fichier sont suffisantes à elles seules pour résoudre le problème, le fichier enfant.txt est parfaitement inutile (et il est même nuisible s'il n'est pas cohérent).

Tu as juste besoin de créer à partir du premier fichier un hash avec comme clé le nom de famille et comme valeur la liste des enfants pour résoudre le problème à partir du premier fichier, sans utiliser le second. "

Code :

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my $fichier = 'fam.txt';
open my $fh, '<', $fichier or die "Impossible de lire le fichier $fichier\n";
 
 
my %hash=();
my @list=();
 
while(my $ligne = <$fh>){
        chomp $ligne;
        my ($famille,$gene) = split "\t", $ligne;
 
        if (exists $hash{$famille}){
                 push(@list, $hash{$famille},$gene);
                 $hash{$famille}= $hash{$famille}." ".$gene;#remplir le hash
                 next;
	}
        $hash{$famille}=$gene;
}
# affichage
foreach my $t (keys %hash){
        print  "clé: $t\tvaleur: $hash{$t}\n";#verif
}

[pontarose]

Je vais essayer de m'expliquer autrement

J'ai 2 fichiers
fichier 1 : Pour chaque famille j'ai une liste de gène présent (chaque gène est séparé par une tabulation)

Code :

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fam1   ptv5 ptv10rd_6 ptv468 rm63 rm69
fam5   ptv20 ptv16  rm6
fam3    ptv15 ptv 6 ptv9 rm52 rm123

fichier 2 : un couple de gène

Code :

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ptv5 rm69
ptv3 rm5

je souhaiterai pour chaque couple de gène de mon fichier 2, savoir si ils appartiennent tous deux à la même famille et donc obtenir un fichier final contenant les couples de gènes présent dans la même famille

fichier final:

Code :

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fam1 ptv5 rm69