Afficher une série d'images DICOM

**14204492** · 10/04/2013, 21h19

Bonjour,

Je travaille sur les images DICOM et j'aimerais afficher une série d'image DICOM dans une interface graphique en Java.

Quelqu'un saurait-il m'indiquer comment faire ?

Merci d'avance pour votre aide.

**Laine** · 10/04/2013, 21h30

Bonsoir
As tu travaillé sur quelque chose ?
Pour trouver plus facilement de l'aide, il serait plus pratique que tu nous fournisses un début de code et expliquer exactement où tu bloques

**14204492** · 10/04/2013, 22h48

Je débute avec un code en Java qui affiche un image jpg.
J'ai fais un fenêtre avec le code suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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public class Fenetre extends JFrame implements ActionListener {
    //les attributs de la classe
private JPanel container = new JPanel();
private Thread t;
private JMenuBar menuBar = new JMenuBar();
private JMenu fichier = new JMenu("Fichier"),
edition = new JMenu("Edition");
private JMenuItem ouverture = new JMenuItem("ouvrire une image"),
quitter = new JMenuItem("Quitter"),
editionItem = new JMenuItem("saveAS");
private image pan;
String path;
 
// la constructeure
public Fenetre()
{
 
    this.setTitle("notre interface");
    this.setSize(600, 600);
    this.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
    this.setLocationRelativeTo(null);
    container.setBackground(Color.blue);
    container.setLayout(new BorderLayout());
 
    this.initMenu();
    this.setLocationRelativeTo(null);
    this.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
    //this.setContentPane(new image());
    this.setVisible(true);
}
 
 
 
private void initMenu()
{
    //Menu animation
    fichier.add(ouverture);
 
    fichier.addSeparator();
    //Pour quitter l'application
    quitter.addActionListener(new ActionListener()
    {
              public void actionPerformed(ActionEvent event){
               System.exit(0);
    }
    });
    fichier.add(quitter);
    //Menu forme
    ouverture.addActionListener(new ActionListener()
    {
 
 
       public void actionPerformed(ActionEvent arg0) 
       {
        //try{
 
 
           JFileChooser dialogue=new JFileChooser(new File("D:"));
           //PrintWriter sortie;
           File file; 
           if (dialogue.showOpenDialog(null)==JFileChooser.APPROVE_OPTION)
           {
            file=dialogue.getSelectedFile();
 
            //sortie=new PrintWriter(new FileWriter(file.getPath(),true));
            //sortie.close();
            path=file.getPath();
            System.out.println(path);
            pan=new image(path);
 
           }
        //}catch(IOException e){};
 
       }});
    fichier.add(fichier);
    this.setJMenuBar(menuBar);
    //Menu À propos
    edition.add(editionItem);
    //Ajout des menus dans la barre de menus
    menuBar.add(fichier);
    menuBar.add(edition);
    //Ajout de la barre de menus sur la fenêtre
    this.setJMenuBar(menuBar);
}
}

J'ai fais ensuite un code qui permet de donner le chemin de l'image :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 public class image extends JPanel {
    String path;
    Graphics gra;
    Point p=new Point(1,1);
    image (String path)
    {
        this.path=path;
        this.paintComponent(gra);
    }
    public void paintComponent(Graphics g){
        try {
        Image img = ImageIO.read(new File(path));
        g.drawImage(img,1,1,this);
        System.out.println(path);
        //Pour une image de fond
        //g.drawImage(img, 0, 0, this.getWidth(), this.getHeight(), this);
        } catch (IOException e) {
        e.printStackTrace();
        }
        }
}

Ensuite j'ai fais un appel de ma fenêtre dans la classe main :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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public class main {
 
    public static void main(String[]args){
    Fenetre fen=new Fenetre();
 
        try {
 UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
        } catch (InstantiationException e) {
        } catch (ClassNotFoundException e) {
        } catch (UnsupportedLookAndFeelException e) {
        } catch (IllegalAccessException e) {}
        Fenetre fene = new Fenetre();
        }
    }

mais je n'arrive pas à afficher mon image.
Merci à vous.

**Laine** · 10/04/2013, 23h36

Voici ton code quelque peu modifié pour afficher ton image:
La classe Main

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import javax.swing.UIManager;
import javax.swing.UnsupportedLookAndFeelException;
 
 
public class Main {  
 
    public static void main(String[]args){
 
        try {
            UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
        } 
        catch(InstantiationException e) {} 
        catch(ClassNotFoundException e) {} 
        catch(UnsupportedLookAndFeelException e) {} 
        catch(IllegalAccessException e) {}
 
        Fenetre fene = new Fenetre();
    }
}

La classe image

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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public class image extends JPanel {  //par convention, les noms de classes commencent 
                                     //toujours par une majuscule
    String path= "MB.jpg";
    //Graphics gra;      je ne vois pas son utilité
    Point p=new Point(1,1);
 
    public image() {
 
        this.path="MB.jpg";           //initialise ton panel avec une image
                                      //je te laisse le soin de choisir l'image
                                      //et de mettre le chemin à la place de "MB.jpg"
 
        //this.paintComponent(gra);   gra non initialisé, tu obtiens une exception, a enlever
    }
 
    public void paintComponent(Graphics g) {
 
        try {
            Image img = ImageIO.read(new File(path));
            g.drawImage(img, 0, 0, null);
 
            //Pour une image de fond
            //g.drawImage(img, 0, 0, this.getWidth(), this.getHeight(), this);
        } 
        catch(IOException e) {}
    }
}

La classe Fenetre

Code :

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public class Fenetre extends JFrame {
 
    //les attributs de la classe
    private JPanel container = new JPanel();
    private Thread t;
    private JMenuBar menuBar = new JMenuBar();
    private JMenu fichier = new JMenu("Fichier"), edition = new JMenu("Edition");
    private JMenuItem ouverture = new JMenuItem("ouvrire une image"), quitter = new JMenuItem("Quitter"), editionItem = new JMenuItem("saveAS");
    private image pan= new image();
    String path;
 
    // le constructeur
    public Fenetre() {
 
        this.setTitle("notre interface");
        this.setSize(600, 600);
        this.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
        this.setLocationRelativeTo(null);
        this.initMenu();
        this.setContentPane(pan);   //ajoute ton objet image
        this.setVisible(true);
    }
 
    private void initMenu() {
 
        //Menu animation
        ouverture.addActionListener(new ActionListener() {
            public void actionPerformed(ActionEvent arg0) {
                //try{
                JFileChooser dialogue=new JFileChooser(new File("D:"));
                //PrintWriter sortie;
                File file; 
                if(dialogue.showOpenDialog(null)==JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
                    file=dialogue.getSelectedFile();
                    //sortie=new PrintWriter(new FileWriter(file.getPath(),true));
                    //sortie.close();
                    path=file.getAbsolutePath();    //obtenir le chemin complet (absolue) de l'image
                    System.out.println(path);
                    pan.path= path;     //modifie le path de image
                    pan.repaint();      //redessine le composant
 
                }
                //}catch(IOException e){};
 
            }
        });
        fichier.add(ouverture);
        fichier.addSeparator();
 
        //Pour quitter l'application
        quitter.addActionListener(new ActionListener() {
            public void actionPerformed(ActionEvent event){
                System.exit(0);
            }    
        });
        fichier.add(quitter);
 
        //Menu forme
        fichier.add(fichier);
 
        //Menu À propos
        edition.add(editionItem);
 
        //Ajout des menus dans la barre de menus
        menuBar.add(fichier);
        menuBar.add(edition);
 
        //Ajout de la barre de menus sur la fenêtre
        this.setJMenuBar(menuBar);
    }
}

Voila, j'ai travaillé à partir de ton code, c'est commenté, si tu ne comprends pas quelque chose n'hésite pas à revenir

EDIT: pour this.path="MB.jpg"; n'oublie pas de modifier avec ton image et de la copier à la racine de ton projet, avant de tester ce code, sinon tu auras une exception !

**14204492** · 11/04/2013, 23h22

merci bien

laina le code marche très bien

**Laine** · 12/04/2013, 00h00

Envoyé par 14204492

merci bien

laina le code marche très bien

Avec plaisir

**14204492** · 12/04/2013, 00h08

Bonjour,
J'aimerais afficher le nombre des images dans une série d'image DICOM et le nombre des examens dans une série d'examens, mais je ne connais pas le champ qui permet de visualiser combien des images dans une série.

Quelqu'un saurait-il m'indiquer comment faire ?

Merci d'avance

**Laine** · 12/04/2013, 00h32

Navrée je n'ai pas vraiment compris ton problème.
Aussi, quand tu as un souci il vaut mieux poster le code dans lequel tu bloques et surtout n'oubli pas d'utiliser les balises CODE (à savoir le # là où tu rédiges tes messages)

**14204492** · 12/04/2013, 01h38

Mon problème est que je ne connais pas le champs qui permet de visualiser combien d'image DICOM dans une série d'images DICOM...

**14204492** · 14/04/2013, 16h19

Bonjour,

Je souhaite lire un fichier DICOM et en même temps, j'aimerais calculer le nombre de fichiers qu'il contient, puis l'afficher.

Voici mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import java.io.File;
public class DiskFileExplorer {
    private String initialpath = "";
    private Boolean recursivePath = false;
    public int filecount = 0;
    //public int dircount = 0;
 
/*
 * Constructeur
 * @param path chemin du répertoire
 * @param subFolder analyse des sous dossiers
 */
    public DiskFileExplorer(String path, Boolean subFolder) {
        super();
        this.initialpath = path;
        this.recursivePath = subFolder;
    }
 
    public void list() {
        this.listDirectory(this.initialpath);
    }
 
    private void listDirectory(String dir) {
        File file = new File(dir);
        File[] files = file.listFiles();
        if (files != null) {
            for (int i = 0; i < files.length; i++) {
                if (files[i].isDirectory() == true) {
                   // System.out.println("Dossier" + files[i].getAbsolutePath());
                   // this.dircount++;
                } else {
                    System.out.println("Fichier" + files[i].getName());
                    this.filecount++;
                }
                if (files[i].isDirectory() == true && this.recursivePath == true) {
                    this.listDirectory(files[i].getAbsolutePath());
                }
            }
        }
    }
 
    /*
     * Exemple : lister les fichiers dans tous les sous-dossiers
     * @param args
     */
    public static void main(String[] args) {
        String pathToExplore = "C:\\Users\\dell\\Desktop\\projet\\WRIX\\WRIX\\WRIX\\WRIST RIGHT\\SCOUT 3-PLANE RT. - 2";
        DiskFileExplorer diskFileExplorer = new DiskFileExplorer(pathToExplore, true);
        Long start = System.currentTimeMillis();
        diskFileExplorer.list();
        System.out.println("----------");
        System.out.println("Analyse de " + pathToExplore + " en " + (System.currentTimeMillis() - start) + " mses");
       // System.out.println(diskFileExplorer.dircount + " dossiers");
        System.out.println(diskFileExplorer.filecount + " fichiers");
    }
}

Merci d'avance pour votre aide.

**Laine** · 14/04/2013, 16h35

Bonjour
J'ai testé ton code, il marche bien je ne vois pas où est le problème ?

**14204492** · 16/04/2013, 19h59

Bonsoir,
J’ai deux classes qui permettent de lire une image DICOM et de lire les informations de l'entête de cette image.
A partir d'elles j'aimerais calculer le nombre d'images dans une série d'image (fichier.dcm) mais je ne sais pas quel est le champ exacte à partir les champs qui existent dans l’entête qui permet de faire cette calcule .
merci d'avance.
code de la classe lecture image:

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public class lecture_image extends lecture_entete {
	int w, h , highBit, n ; // highBit is for littleEndian
	boolean signed ;
	final static boolean DEBUG = false ;
	boolean ignoreNegValues ;
	int bitsStored, bitsAllocated ;
	int samplesPerPixel ;
	int numberOfFrames ;
	byte[] pixData;
	String filename ;
    lecture_entete tete;
	private File file;
    public lecture_image( lecture_entete tete )throws java.io.IOException
	{
		// called by :ImageScan
	   this.tete = tete ;
	   h = tete.getRows() ;
	   w = tete.getColumns() ;
	   highBit = tete.getHighBit() ;
	   bitsStored = tete.getBitStored() ;
	   bitsAllocated =tete.getBitAllocated();
	   n = (bitsAllocated/8) ;// = 1 or 2 
	   signed = (tete.getPixelRepresentation() == 1) ;
	   this.pixData = tete.getPixels();// It throws the exception .
   	   ignoreNegValues = true ;// How do you know when ?
	   samplesPerPixel = tete.getSamplesPerPixel() ;
	   numberOfFrames = tete.getNumberOfFrames() ;
	   System.out.println("Number of Frames " + numberOfFrames) ;
	}// endofConstructor
 
 
	public lecture_image(byte[] array )throws java.io.IOException
	{
	this(new lecture_entete ());
	}
 
 
	public lecture_image(File file) throws IOException {
		this.setFile(file) ;
		   h = tete.getRows() ;
		   w = tete.getColumns() ;
		   highBit = tete.getHighBit() ;
		   bitsStored = tete.getBitStored() ;
		   bitsAllocated =tete.getBitAllocated();
		   n = (bitsAllocated/8) ;// = 1 or 2 
		   signed = (tete.getPixelRepresentation() == 1) ;
		   this.pixData = tete.getPixels();// It throws the exception .
	   	   ignoreNegValues = true ;// How do you know when ?
		   samplesPerPixel = tete.getSamplesPerPixel() ;
		   numberOfFrames = tete.getNumberOfFrames() ;
		   System.out.println("Number of Frames " + numberOfFrames) ;
	}
 
 
	public File getFile() {
		return file;
	}
 
 
	public void setFile(File file) {
		this.file = file;
	}

code de la classe lecture_entete:

Code :

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public class lecture_entete {
	byte[] data ;
	 int index  ;
	 private int dataLength;
 
	private int bytesFromTagToValue ;// depends on the VR		
	public static final int MAX_HEADER_SIZE = 10000 ;
	private int maxHeaderSize  ;
	public static final String  ImplicitVRLittleEndian 	= "1.2.840.10008.1.2" 	;
	public static final String  ExplicitVRLittleEndian 	= "1.2.840.10008.1.2.1" ;
	public static final String  ExplicitVRBigEndian 	= "1.2.840.10008.1.2.2" 	;
	public static final String  JPEGCompression 		= "1.2.840.10008.1.2.4." 	;
	public static final String  RLECompression 			= "1.2.840.10008.1.2.5" 	;
 
	public static final int _ImplicitVRLittleEndian = 0 ;
	// if the VR is explicit : the tag is > 0
	public static final int _ExplicitVRLittleEndian = 1 ;
	public static final int _ExplicitVRBigEndian = 2 ;
	public static final int _ImplicitVRBigEndian = -2 ; //this one should not exists !
	public static final int _JPEGCompression = 10 ;
	public static final int _RLECompression = 20 ;
	public static final int _notUnderstood = -1000 ;
 
	private  boolean oneSamplePerPixel = true ;
	private  boolean oneFramePerFile   = true ;
	private int errorDetector = -1 ;
 
	private String VRString = "default implicitVR little endian";
	private String transfertSyntaxUID	= "" ;//	0x0002,0x0010
	private String imageType		= "unknown" ;//	0x0008,0x0008
	private String examendate		= "unknown" ;//	0x0008,0x0030	 
	private String modality		= "unknown" ;// 0x0008,0x0060
	private String manufacturer	= "unknown" ;//	0x0008,0x0070
	private String	institution	= "unknown" ;//	0x0008,0x0080
	private String physician	= "unknown" ;//	0x0008,0x0090
	private String patientName		= "unknown" ;//	0x0010,0x0010
	private String patientID		= "unknown" ;//	0x0010,0x0020
	private String patientBirthdate= "unknown" ;//	0x0010,0x0030
	private String sex				= "unknown" ;//	0x0010,0x0040
 
	private int numberOfFrames		=  1;	// 0x0028,0x0008 //IS : integer string
	private int samplesPerPixel 	=  1;	// 0x0028,0x0002
	private int	h 					= -1; 	// 0x0028,0x0010
	private int w 					= -1;	// 0x0028, 0x0011
	private int bitsAllocated		= -1;	// 0x0028, 0x0100
	private int bitsStored 			= -1;	// 0x0028, 0x0101
	private int highBit 			= -1; 	// 0x0028, 0x0102
	private int signed 				= -1;	// 0x0028, 0x0103(pixelRepresentation )
	private int size 				= -1;	// 0x7Fe0, 0x0010
 
	private int VR					= _ImplicitVRLittleEndian;  //=0, default value representation 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
	public  void lecture_entete ( byte [] dicomArray )
	{
	 	this.data = dicomArray ;
	 	dataLength =  data.length ;
	 	index =0;
	 	initHeaderSize() ;// Just read the begining of this file
	 	getVR();// Look for the VR
	 	getEssentialData() ;
	}
 
 
	protected void initHeaderSize(){
		maxHeaderSize = MAX_HEADER_SIZE * 1 ;// increase the speed on non Dicom Files.
		if(maxHeaderSize > dataLength)
			maxHeaderSize = dataLength ;
 
	}
 
 
 
 
protected void getVR(){
 
	transfertSyntaxUID		= getaString (0x0002,0x0010, index);
	if(!transfertSyntaxUID.equals("Unknown") ){
 
		transfertSyntaxUID = transfertSyntaxUID.trim() ;
 
		if(transfertSyntaxUID.equals(ImplicitVRLittleEndian)) VR =_ImplicitVRLittleEndian ;
		else if(transfertSyntaxUID.equals(ExplicitVRLittleEndian)) VR =_ExplicitVRLittleEndian ;	
		else if(transfertSyntaxUID.equals(ExplicitVRBigEndian)) VR =_ExplicitVRBigEndian ;	
		else if(transfertSyntaxUID.startsWith(JPEGCompression)) VR =_JPEGCompression ;		
		else if(transfertSyntaxUID.startsWith(RLECompression)) VR =_RLECompression ;		
		else VR = _notUnderstood ;
 
 
		switch (VR){
			case _ImplicitVRLittleEndian : VRString = "ImplicitVRLittleEndian";break;
			case _ExplicitVRLittleEndian : VRString = "ExplicitVRLittleEndian";break;
			case _ExplicitVRBigEndian 	: VRString = "ExplicitVRBigEndian";break;
			case _JPEGCompression 		: VRString = "JPEGCompression";break;
			case _RLECompression 		: VRString = "RLECompression" ;break;
			case _notUnderstood 		: VRString = "not understood" ;break;
			default : VRString =" Something curious happened !" ;
		}// end of switch
 
	}else if(transfertSyntaxUID.equals("Unknown")){ //end if !Unknown	
		transfertSyntaxUID = "Transfer syntax UID tag not found";
		VRString = "Default VR implicit little endian";
	}//end else
}//endOfgetVR
 
 
protected void getEssentialData(){
 
	imageType 		= getaString (0x0008,0x0008,index);
	examendate		= getaString (0x0008,0x0020,index);
	modality	    = getaString (0x0008,0x0060,index);
	manufacturer	= getaString (0x0008,0x0070,index);
	institution		= getaString (0x0008,0x0080,index);
	physician		= getaString (0x0008,0x0090,index);
	patientName		= getaString (0x0010,0x0010,index);
	patientID		= getaString (0x0010,0x0020,index);
	patientBirthdate= getaString(0x0010,0x0030,index);
	sex				= getaString (0x0010,0x0040,index);
	//Sample per pixel and number of frame
	h = getAnInt(0x0028, 0x0010, index ) ;// heigth
	w = getAnInt(0x0028, 0x0011, index ) ; // width
	bitsAllocated		= getAnInt(0x0028, 0x0100, index ) ;
	bitsStored 			= getAnInt(0x0028, 0x0101, index ) ;
	highBit 			= getAnInt(0x0028, 0x0102, index ) ;
	signed 				= getAnInt(0x0028, 0x0103, index ) ;//(pixelRepresentation )	
	//-----------------debugging info:-----------------------------
 
	System.out.println( "TransfertSyntaxUID : " + transfertSyntaxUID ) ;
	System.out.println( "Value representation : " + VRString ) ;
	System.out.println( "ImageType 	" + imageType ) ;
	System.out.println( " h ::: 						" + h ) ;
	System.out.println( " w :::  					" + w ) ;
	System.out.println( " bitsAllocated ::: 			" + bitsAllocated ) ;
	System.out.println( " bitsStored ::: 			" + bitsStored ) ;
	System.out.println( " highBit ::: 				" + highBit ) ;
	System.out.println( " signed ::: 				" + signed ) ;
 
 
	int pos = lookForMessagePosition( 0x7Fe0, 0x0010, index);
	if( pos != -1 )  size  =  readMessageLength(pos+4) ;
//We should include the case where value length is undef 0xFFFFFFFF 
	System.out.println( "\nValueLength for  0x7FEO,0010 tag	 	" + size ) ;
	int HeaderSize =  pos ; // We call header all the information before the pixels
	System.out.println( "\nHeaderSize    : " + HeaderSize ) ;
 
 
	int tSize =  samplesPerPixel * w*h*bitsAllocated/8 ;// theoritical Size	
 
	int figuredSize = HeaderSize + 8 + tSize ;
	errorDetector = dataLength - figuredSize ;
	System.out.println( "Data Length -  Theoriticaly_figuredSize  : "+ errorDetector ) ;
 
	if(errorDetector == 4 ){
		size = readMessageLength(pos+8) ; // try explicit VRString
		errorDetector = dataLength - size ;
	}
 
	if( errorDetector != 0){ //see what's wrong :
 
		//1 more than one sample per pixel :	
		samplesPerPixel = getAnInt(0x0028, 0x0002) ;// not mandatory ?
		if(samplesPerPixel <0 || samplesPerPixel> 3 ){
			samplesPerPixel = 1 ;// default value
			System.out.println( " SamplesPerPixel ::: 	" + samplesPerPixel ) ;
		}
		else if (samplesPerPixel == 1) oneSamplePerPixel = true ;
	//	else oneSamplePerPixel = false ;
 
 
		//2 more than one Frame :	
		try{numberOfFrames = Integer.parseInt(getaString(0x0028,0x0008)) ; }
		catch(NumberFormatException nFE){ numberOfFrames = 1 ;}
		if (numberOfFrames > 1 ) oneFramePerFile = false ;
		tSize = numberOfFrames * tSize * samplesPerPixel; 
		figuredSize = HeaderSize + 8 + tSize ;
		errorDetector = dataLength - figuredSize ;
 
		//3 other cases :
		if (VR == _JPEGCompression) 
			System.out.println( "_JPEGCompression , can't read that file" ) ;		
 
		if (VR == _RLECompression) 
			System.out.println( " RLECompression , can't read that file" ) ;
 
		System.out.println( "Byte difference between figured sized and size tag: "	+ errorDetector 
		+"\n Frame per file  " + 	numberOfFrames 
		+"\n samplesPerPixel "  +		samplesPerPixel) ;
		}
 
	}// ENDOF	getEssentialData()
 
	private  int lookForMessagePosition(int groupElement, int dataElement ){
		return lookForMessagePosition(groupElement, dataElement, 0 );
	}
 
 
	private  int lookForMessagePosition(int groupElement, int dataElement, int  j ){
		int LenMax = data.length -3; // -3 because we don't want to have an arrayOutOfBounds exception 
	 	boolean found = false ;
	 	byte testByte1 = (byte) (groupElement & 0xff);
	 	byte testByte2 = (byte) ((groupElement & 0xff00)>>8);
	 	byte testByte3 = (byte) (dataElement & 0xff);
	 	byte testByte4 = (byte) ((dataElement & 0xff00)>> 8);
 
	 	System.out.println(" Looking for :"+ Integer.toHexString(testByte1)
	 				+Integer.toHexString(testByte2)+", "
	 				+Integer.toHexString(testByte3) 
	 				+Integer.toHexString(testByte4));
 
		for ( ;  j< LenMax || found ; j++){
	 		if( ( data[j] == testByte1 ) && (data[j+1] == testByte2) && (data[j+2]== testByte3) && (data[j+3]== testByte4)){
	 				found = true ;
	 				return j ;
	 		}//endif
		}
		return -1 ;
	}//endOfmethod lookForMessagePosition
 
 
	private int readMessageLength(int i){
		int i0 = (int) (data[i ] &0xff);
	 	int i1 =	(int) (data[i + 1 ] &0xff);
	 	int i2 =	(int) (data[i + 2 ] &0xff);
	 	int i3 =	(int) (data[i + 3 ] &0xff);
		return i3<<24| i2<<16 |i1<< 8|i0 ;	
	}
 
 
	private int readVRMessageLength(int tagPos){
		if(VR == _ImplicitVRLittleEndian ){
			bytesFromTagToValue = 8 ;
			return readInt32(tagPos + 4 ) ;
		}
		// case  explicit VR with of OB OW SQ or UN 
		String VRTypeOf = 
			new String(new byte[]{data[tagPos+4],data[tagPos+5]});	
		System.out.println ("VR type of : "+ VRTypeOf );
		if( VRTypeOf.equals("OB")|
				VRTypeOf.equals("OW")|
				VRTypeOf.equals("SQ")|
				VRTypeOf.equals("UN")){
			bytesFromTagToValue = 12;
 
			return readInt32(tagPos + 8 );
		}
	 	// case  explicit VR with value other than OB OW SQ or UN 
	 	else{
	 		bytesFromTagToValue = 8 ;
	 		return	readInt16(tagPos + 6 ) ;
		}
	}
 
	private int readInt32(int i) { 
		//= return readMessageLength(i);//same method !
		int i0 = 	(int) (data[i ] &0xff);
	 	int i1 =	(int) (data[i + 1 ] &0xff);
	 	int i2 =	(int) (data[i + 2 ] &0xff);
	 	int i3 =	(int) (data[i + 3 ] &0xff);
		return i3<<24| i2<<16 |i1<< 8|i0 ;	
 
	}
 
	private int readInt16( int i ){
 
	 	int  i1 = data[i+1]&0xff ;
	 	int  i0 = data[i]&0xff ;	
	 	int anInt =  i1<<8|i0 ;
	//case BE swap bytes :
	 	if (anInt < -1){ anInt= (int)(data[i]*256)&0xff + data[i+1]&0xff ;
	 	System.out.println("Byte swapped at readInt16 :" + anInt) ;
	 	}
		return anInt ;
	}
 
 
 
 
	public int  getAnInt(int groupElement, int dataElement){
		return getAnInt( groupElement, dataElement, 0);
	}//endofMethod
 
	private int  getAnInt(int groupElement, int dataElement, int j){
		int pos = lookForMessagePosition( groupElement, dataElement, j);
		if(pos < maxHeaderSize && pos != -1 ){
			index = pos ;
			if (readVRMessageLength(pos) == 2 )
					return readInt16( pos + bytesFromTagToValue );
			else if(readVRMessageLength(pos) == 4 )
					return readInt32(pos + bytesFromTagToValue );
			else return -1; // case undef FFFF for later!
		}//end if
		else return -1 ;	
	}
 
	public int  getSize()	{ return dataLength;}
	public int getNumberOfFrames(){ return numberOfFrames ;}
	public int getSamplesPerPixels() { return samplesPerPixel ;}
	public int getPixelDataSize(){ 
		if (errorDetector == 0 )return size ;
		else return -1 ;
	}
 
 
 
/*The  height   : */
	public int  getRows()	{return h ;}
/*	The width 		:*/
	public int  getColumns(){ return w;}	
/* The bits Allocated  per pixel of image */
	public int  getBitAllocated(){return bitsAllocated;}	
/* the bits stored per pixel of image   */
	public int  getBitStored(){return bitsStored;}	
/* Other values : */
	public int  getHighBit(){return	highBit;}
	public int  getSamplesPerPixel(){return	samplesPerPixel;}
	public int  getPixelRepresentation(){return	signed;}
 
	public String  getPatientName()
	{return patientName; 		}
	public String  getPatientBirthdate()
	{ return patientBirthdate; 	}
	public String  getManufacturer()
	{return manufacturer ;		}
	public String  getPatientID()
	{return patientID 	; 		}
	public String  getImageType()
	{ 		return imageType; }
	public String  getexamendate()
	{ 		return examendate; 	}
	public String  getModality()
	{ 		return modality; 	}
 
/* Retrieves a String when you knows the tags  */	
	public String  getaString(int groupNumber, int elementNumber){
		return getaString( groupNumber, elementNumber, 0) ;
	}
 
	private String  getaString(int groupNumber, int elementNumber, int j ){
		int pos = lookForMessagePosition(groupNumber,elementNumber,j);
		//debug( "Position  = " + pos+ " of " + tools.Tools.toHex(groupNumber ) +" "+ tools.Tools.toHex(elementNumber) );
 
		if(pos < MAX_HEADER_SIZE && pos != -1 ){
			int length = readMessageLength(pos+4);
			if (length >256)length = readInt16( pos + 6 );
			if (length > 64 || length < 0 ) length = 64 ;
			if (length > (dataLength - pos-8)) length = dataLength -pos -9 ;
			index = pos  ;
			pos += 8;
			char[] result = new char[length ];
 
			for (int i = 0; i < length ;i++)
				result[i] = (char)data[pos++];
			return new String( result );
			}
		else return "Unknown" ;	
	}	
 
  public int  getFileDataLength(){
  		int pos = lookForMessagePosition( 0x7Fe0, 0x0010);
  		if ( pos != -1) return  readMessageLength(pos+4) ;
  		else return -1 ;
	}
 
/*
*
* This method return the pixels of the Dicom image ( yes  !)  provided it is not compressed and this is a known 
* Dicom format, else it return null (please check for a null condition  or an index array out of bounds exception).
*	
*/
 
	public byte[] getPixels() throws IOException{
 
 
		if (VR == _JPEGCompression ) 
			throw new IOException("DICOM JPEG compression not yet supported ") ;	
 
		int w = getRows() ;
			if ( w ==  -1){
				throw new IOException("Format not recognized") ;		
				 //return null ;
			}
		int h = getColumns();
			if( h == -1) throw new IOException("Format not recognized") ;
 
		int ba = getBitAllocated();
		if( ba%8 == 0) { ba = ba/8 ;}
		else ba = (ba+8)/8 ;
		int fileLength = w * h * ba ;
		int offset = dataLength - fileLength ; ///!!! bizarre this is for elscint !!!		
		// should be this one : //int pos = lookForMessagePosition( 0x7Fe0, 0x0010) + 8;
//		if(VR == _ExplicitVRLittleEndian || VR == _ExplicitVRBigEndian )
//		offset += 4 ;
		byte[]  pixData = new byte[ fileLength ];
		java.lang.System.arraycopy (data, offset, pixData,0, fileLength );	
		return pixData ;
 
	}
 
	public byte[] getPixels(int number) throws IOException{
 
		if( number > numberOfFrames ) throw new IOException( "Doesn't have such a frame ! ") ;
		if (VR == _JPEGCompression ) 
			throw new IOException("DICOM JPEG compression not yet supported ") ;	
 
		int w = getRows() ;
			if ( w ==  -1){
				throw new IOException("Format not recognized") ;		
				 //return null ;
			}
		int h = getColumns();
			if( h == -1) throw new IOException("Format not recognized") ;
 
		int ba = getBitAllocated();
			if( ba%8 == 0) { ba = ba/8 ;}
				else ba = (ba+8)/8 ;
		int fileLength = w * h * ba ;
		int offset = dataLength - (fileLength * number); ///!!! bizarre this is for elscint !!!		
		// should be this one : //int pos = lookForMessagePosition( 0x7Fe0, 0x0010) + 8;
		byte[]  pixData = new byte[ fileLength ];
			java.lang.System.arraycopy (data, offset, pixData,0, fileLength );	
		return pixData ;
 
	}
 
	public String[] getInfo(){
 
		String [] info = new String[16]; 
		info[0]  = "Patient 's name              : " + getPatientName();
		info[1]  = "Patient 's ID                : " + getPatientID();
		info[2]  = "Patient 's birthdate         : " + getPatientBirthdate();
		info[3]  = "Patient 's sex               : " + sex;
		info[4]  = "Study Date                   : " + getexamendate();
		info[5]  = "Modality                     : " + getModality();
		info[6]  = "Manufacturer                 : " + getManufacturer();
		info[7]  = "Number of frames             : " + getNumberOfFrames();
		info[8]  = "Width                        : " + getColumns();
		info[9]  = "Height                       : " + getRows();
		info[10] = "Bits allocated               : " + getBitAllocated();
		info[11] = "Bits stored                  : " + getBitStored();
		info[12] = "Sample per pixels            : " + getSamplesPerPixel();
		info[13] = "Physician                    : " + physician;
		info[14] = "Institution                  : " + institution;
		info[15] = "Transfert syntax UID         : " + transfertSyntaxUID ;
 
	return info ;
	}
 
	public Hashtable getMedicalInfos() {
		Hashtable table = new Hashtable(8);		
		table.put("patient.name",getPatientName());
		table.put("patient.id",getPatientID());
		table.put("patient.birthdate",getPatientBirthdate());
		table.put("sex",sex);
		table.put("study.date",getexamendate());
		table.put("physician",physician);
		table.put("institution",institution);
		table.put("transfert.syntax.uid",transfertSyntaxUID);
		return table;
	}	
 
 
	protected  final static String author(){
			return ("Serge Derhy") ;
		}
 
}

**Laine** · 16/04/2013, 20h55

Bonsoir

est ce que tu crées une instance de lecture_image

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

lecture_image lect_img= new lecture_image(...);

pour chaque image que tu dois lire ?

**wax78** · 16/04/2013, 23h23

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

tete.getNumberOfFrames()

est censé faire quoi ?

**14204492** · 17/04/2013, 18h09

salut,
numberOfFrames c'est un attribut de la classe lecture_entete.
Et tete.getNumberOfFrames() sert à retourner cet attribut puisque la classe lecture_image hérite de la classe lecture_entete.

**14204492** · 17/04/2013, 19h23

salut ,
voici cette interface. J'aimerais connaitre la zone où s'existe le point d'interrogation.

Envoyé par 14204492

http://docs.google.com/viewer?a=v&pi...t0BaFw_wt4X2Dw

merci d'avance.

**14204492** · 03/05/2013, 01h15

salut,
J'ai une interface et je veux l'ajouter un JList d'image. Je veux arriver à afficher la liste d'image à gauche et quand je clique sur l'une de ces images , elle s'affiche à coté d'elle.
voici mon code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  import javax.swing.*;
import java.awt.*;
import java.awt.event.ActionEvent;
import java.awt.event.ActionListener;
import java.awt.image.*;
import java.io.*;
import java.util.Vector;
import javax.imageio.*;
import javax.swing.event.*;
 
public class Choix2 extends JFrame 
 {   
	private JMenuBar menuBar = new JMenuBar();
	private JMenu fichier = new JMenu("Fichier"),edition = new JMenu("Edition");
	private JMenuItem ouverture = new JMenuItem("ouvrire une image"),quitter = new JMenuItem("Quitter"),editionItem = new JMenuItem("saveAS");
   private String base = "C:/Users/dell/Desktop/.";
 
   private ListePhotos photos = new ListePhotos();
   private Photo photo = new Photo();
 
   //Constructeur
 
   public Choix2() 
   {
      super("Visionneuse");
      this.initMenu();
      //this.setContentPane(photos);
      add(new JScrollPane(photos), BorderLayout.WEST);
      add(new JScrollPane(photo),BorderLayout.EAST);
      setSize(600, 600);
      setDefaultCloseOperation(EXIT_ON_CLOSE);
      setVisible(true);
   }   
   private void initMenu()
   {
   	//Menu animation
   	fichier.add(ouverture);
 
   	fichier.addSeparator();
   	//Pour quitter l'application
   	quitter.addActionListener(new ActionListener()
   	{
   	          public void actionPerformed(ActionEvent event){
   	           System.exit(0);
   	}
   	});
       fichier.add(quitter);
   	//Menu forme
   	ouverture.addActionListener(new ActionListener()
   	{
 
 
   	   public void actionPerformed(ActionEvent arg0) 
   	   {
   		//try{
 
 
   		 JFileChooser dialogue=new JFileChooser();
		  dialogue.setFileSelectionMode(JFileChooser.FILES_AND_DIRECTORIES) ;
		  int retour = dialogue.showOpenDialog(Choix2.this);
		         if(retour == JFileChooser.APPROVE_OPTION)
		             {
		                 File fichier = dialogue.getSelectedFile();
		                String Path=dialogue.getCurrentDirectory().getName(); 
 
		 }
 
		         System.out.println(base);
                 photos.path= base;     //modifie le path de image
                 photos.repaint(); 
 
   		//}catch(IOException e){};
 
   	   });
   	fichier.add(fichier);
   	this.setJMenuBar(menuBar);
   	//Menu À propos
   	edition.add(editionItem);
   	//Ajout des menus dans la barre de menus
   	menuBar.add(fichier);
       menuBar.add(edition);
   	//Ajout de la barre de menus sur la fenêtre
   	this.setJMenuBar(menuBar);
   }
//la classe ListePhotos
 
   private class ListePhotos extends JList implements ListSelectionListener 
   { 
      protected String path;
	private Vector<String> noms = new Vector<String>();
      private final int largeur = 170;
      //Constructeur de la classe ListePhotos
 
      public ListePhotos() 
      {
         setBackground(Color.black);
         setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
         setCellRenderer(new Rendu());
         setFixedCellWidth(largeur+20);
         setFixedCellHeight(largeur*3/4+30);           
         setLayoutOrientation(JList.VERTICAL);
         setVisibleRowCount(1);
         addListSelectionListener(this);
         change();
      }
 
      public void change() {      
         setTitle(base);
         File[] fichiers = new File(base).listFiles(new Filtre());
         noms.clear();
         for (File fichier : fichiers) {
            noms.add(fichier.getName());
         }
         setListData(noms);   
         setSelectedIndex(0);
         Choix2.this.validate();
      }
 
      public void valueChanged(ListSelectionEvent e) 
      {
        String nom = (String)getSelectedValue();
         if (nom != null) {           
            try {
				photo.change(new ImageIcon(base+'/'+nom).getImage());
			} catch (IOException e1) {
 
				e1.printStackTrace();
			}
         }
      }
 
      private class Filtre implements FilenameFilter 
      {
         public boolean accept(File rep, String nom) {
            return nom.matches(".+jpg");
         }      
      }      
 //La classe Rendu     
      private class Rendu extends JComponent implements ListCellRenderer 
      { 
         private Image photo = null;
 
         public Component getListCellRendererComponent(JList list, Object value, int index, boolean isSelected, boolean cellHasFocus) 
         { 
            photo = new ImageIcon(base+'/'+(String)value).getImage();
            return this;
         }
 
         @Override
         protected void paintComponent(Graphics g) 
         {
            if (photo != null) 
            {
               int hauteur = (int)(largeur * photo.getHeight(null) / (double)photo.getWidth(null));
               g.drawImage(photo, 10, 3, largeur, hauteur, null);
            }
         }         
      }     
   }
 
  //La classe Photo
 
   private class Photo extends JComponent
   {
      private Image photo = null;
      Point p=new Point(1,1);
      Graphics g;
      String path;
 
      public void change(Image photo) throws IOException 
      {
    	  this.path=base;
          this.paintComponent(g);
    	  Image img = ImageIO.read(new File(path));
    	  g.drawImage(img,1,1,(ImageObserver) this);
  		System.out.println(path);
 
         repaint();
      }
 
      @Override
      protected void paintComponent(Graphics g) 
      {
         if (photo != null) 
         {
            int largeur = getWidth();
            int hauteur = (int)(largeur * photo.getHeight(null) / (double)photo.getWidth(null));
            g.drawImage(photo, 0, 0, largeur, hauteur, null);
         }
      }         
   }
 
   public static void main(String[] args) {
	   try {
           UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
       } 
       catch(InstantiationException e) {} 
       catch(ClassNotFoundException e) {} 
       catch(UnsupportedLookAndFeelException e) {} 
       catch(IllegalAccessException e) {}
	                                       new Choix2(); 
	                                      }
}

mais malheureusement j'arrive pas à afficher la liste d'image quand je sélectionne un fichier.Je ne sais pas quelle est la problème exactement.
J'ai très besoin de vos aides.

Merci d'avance.

Afficher une série d'images DICOM

Java

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