Discussion :

[lia_13]

Bonjour a tous,

j'ai crée un script dans lequel je peux rentrer un motif qui va être rechercher dans une séquence. Cependant je voudrais pouvoir entrer un motif de plus ou moin de 2 caractères (ex TTTT ou AAA au lieu de seulement AG ), c'est à dire sans avoir besoin de définir au préalable y[0] et y[1] et seq1[i] ou seq1[i+1], mais qu'il reconnaisse de seq1[i] à seq[i+ toutes les caractères de y]. Je ne sais pas si c'est très clair mais j'espère que quelqun pourra m'aider!!
Merci !!!
voici le script:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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seq1=str("ACGGTAGAGAGAGAGTTT")
def ou(seq1):
	y=str(input("Entrez un motif :"))
	x=0 
	print("Il y a ",seq1.count(y)," répétitions ", y, " dans cette séquence")
	for i in range(len(seq1)):
		if (seq1[i]==y[0] and seq1[i+1]==y[1]):
			x=x+1
			print("La répétition ",x, "se trouve en position ", i+1) 
	return(seq1)
ou(seq1)

[PauseKawa]

Bonjour,

Pourquoi ne pas parcourir une seule fois le texte ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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seq1 = "ACGGTAGAGAGAGAGTAG"
 
 
def ou(seq1):
    y = input("Entrez un motif :")  # raw_input en Python 2.x
    pos = []
    for i in range(len(seq1)-len(y)+1):
        if seq1[i:i+len(y)] == y:
            pos.append(i) 
    return(len(pos), pos)
 
 
nb, p = ou(seq1)
print("La sequence a ete trouvee", nb, "fois dans le texte aux positions", p)

Et si vous voulez ne garder qu'une fois les éléments trouvés vous pouvez utiliser next/__next__.

@+

[wiztricks]

Salut,

Dans ce cas, il serait quand même plus simple de passer par une regexp:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import re
 
def get_index(seq, motif):
    return [ x.start() for x in re.finditer(motif, seq) ]
 
 
s = "ACGGTAGAGAGAGAGTAG"
index = get_index(s, 'AG')
print ('count: ', len(index), 'values: ', index)

- W

[PauseKawa]

Bonsoir,

Une regexp est ici xxx fois plus efficace bien sur.
Mais mélanger une regexp et une compréhension... tu est dur wiztricks par rapport au code de base.
@lia_13: Il ne vous reste donc plus qu'à voir les expressions régulières et les compréhensions de liste.

@+

[lia_13]

Merci pour vos réponses !!!

[wiztricks]

@lia_13: Il ne vous reste donc plus qu'à voir les expressions régulières et les compréhensions de liste.@+

Python vient avec plein de librairies, d'objets et de fonctions qu'on est heureux de trouver et de pouvoir utiliser sans trop comprendre comment cela a été réalisé.

Le PO pourrait se contenter de stocker et utiliser la fonction telle quelle et remettre à plus tard le "comprendre comment".

De toutes façons, le débutant doit trouver un équilibre entre:
- la frustration d'avoir à utiliser des constructions qu'il maîtrise mal mais réaliser rapidement un code qui fonctionne
- s'embourber dans un apprentissage pas à pas de la programmation et finaliser plus lentement son code.

- W