Discussion :

[AntoineUCSD]

Bonjour a toutes et tous
Je suis conscient d'etre un debutant dans le domaine mais je decouvre jour apres jour les immenses possibilites que pourraient m'offrir ce langage de programmation pour mon activite (rech medicale) et c'est tres enthousiasmant.
Un bioinformaticien m'a envoye un script (qui fonctionne chez lui) pour traiter certaines de mes datas mais je me trouve bien incapable de le faire tourner malgre de multiples essais.
Le message d'erreur le plus frequent que j'obtiens est le suivant:
./udstreatment.py expand_fasta("./G590-TP1-UDS.txt", 100)
-bash: syntax error near unexpected token `('
Je suis sur que je ne respecte pas les regles d'usage et que l'erreur vient de moi (j'ai bien rendu le fichier executable avec chmod u+x et les deux fichiers sont dans le meme folder). Dans le "script", si j'ai bien compris, il y a plusieurs fonctions, n'est ce pas?
NB: c'est moi meme qui ai sauve le script en .py. Il m'a ete envoye en fichier txt (un seul bloc) sans autre precision si ce n'est:
# example code
fasta = parse_fasta(open('foo.fasta', 'rU'))

expanded = expand_fasta(fasta, 100)

print 'entropy = %f' % (entropy_from_fasta(fasta))

Sincerement desole de ne pas parvenir a solutionner le tout par moi meme mais je travaille en parallele le cours d'initiation a python et j'espere faire rapidement des progres...

Merci de vos reponses et conseils (et de votre indulgence)
Cdt,
Antoine