Discussion :

[Isabella83]

Bonjour à tous,
Je suis confrontée à un problème que je n'arrive pas à résoudre.
J'ai un fichier qui ressemble à cela :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>seq1
ACTTTCCACAACGATGGAAGATGATGA
>seq2
ACTTTCCACAACGATGGAAGATGATGAA
>seq3
ATTCCACAACGATGGAAGATGATGAA
>seq4
CTTTCCACAACGATGGAAGATGATGAA
>seq5
NTCCACAACGATGGAAGATGATGAAGA
>seq6
TACTTTCCACAACGATGGAAGATGATGA
>seq7
TACTTTCCACAACGATGGAAGATGATGAA
>seq8
TCCACAACGATGGAAGATGATGA
>seq9
AAAGAAGAAATTGAATAAATATATGTC
>seq10
AAAGAAGAAATTGAATAAATATATGT
>seq11
AAAGAAGAAATTGAATAAATATATGTCA
>seq12
AAAGAAGAAATTGAATAAATATAT
>seq13
AAAGAAGAAATTGAATAAATATATG
>seq14
AAAGAAGAAATTGAATAAATATA

Je souhaiterai trouver la séquence la plus petite que toutes ces séquences partagent entre elle (en gras dans mon exemple), et donc la seule séquence que j'aimerai récupérer est la seq 8 et seq14
>seq8
TCCACAACGATGGAAGATGATGA
>seq14
AAAGAAGAAATTGAATAAATATA

Quelqu'un aurait une idée ?

[Gardyen]

hum petit pseudo algo:

• classement des séquences par taille de la plus petite à la plus grande
• je stocke la première séquence, forcément choisie puisque la plus petite
• boucle de parcours des autres séquences:
  
  • si la séquence contient l'une des séquences stockées (entièrement et exactement), l'enlever
  • sinon la stocker

qu'en dis-tu ?

[Isabella83]

Alors j'ai fait quelque choses comme ceci mais qui ne fonctionne pas :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Carp qw(confess);
use Getopt::Long;
use List::MoreUtils qw(uniq);
use Bio::SeqIO;
 
my %hash;
my ($fasta_file,$out_file);
GetOptions("fasta=s" => \$fasta_file,"out=s" => \$out_file);
open(my $out,'>',$out_file) or die "$out_file : $!\n\n";
my $in = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, '-format' => 'Fasta' );
 
# read file in hash
while ( my $seq = $in->next_seq()){
	my $id = $seq->id() ;
	my $sequence = $seq->seq ;
	$hash{$sequence}=$id;
}
 
my @all_seq=keys (%hash); # @seq contient toutes les sequences
my @uniqueseq;
my $find=0;
 
foreach my $seqs (@all_seq){
	$find=0;
	my $seq=uc($seqs);  #uppercase
	foreach (@uniqueseq){
		if ($_=~/$seq/){ # si ma sequence contient 
			$_=$seq; #remplace avec la plus petite sequence
			$find=1;
		}
	}
	if ($find==0){
		push @uniqueseq,$seq;
	}
}
 
foreach (@uniqueseq){
	print ">$hash{$_}\n$_\n";
}

je vais essayer de traduire en perl l'algo que tu m'as donné

[Isabella83]

j'ai fait comme ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Carp qw(confess);
use Getopt::Long;
use List::MoreUtils qw(uniq);
use Bio::SeqIO;
 
my %hash;
my ($fasta_file,$out_file);
GetOptions("fasta=s" => \$fasta_file,"out=s" => \$out_file);
open(my $out,'>',$out_file) or die "$out_file : $!\n\n";
my $in = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, '-format' => 'Fasta' );
 
# read file in hash
while ( my $seq = $in->next_seq()){
	my $id = $seq->id() ;
	my $sequence = $seq->seq ;
	$hash{$sequence}=$id;
}
 
my @all_seq=keys (%hash); # @seq contient toutes les sequences
my @sort_all_seq = sort @all_seq;
 
my @uniqueseq;
my $find=0;
 
foreach my $seqs (@sort_all_seq){
	$find=0;
	my $seq=uc($seqs);  #uppercase
	foreach (@uniqueseq){
		if ($_=~/$seq/){ # si ma sequence contient 
			$_=$seq; #remplace avec la plus petite sequence
			$find=1;
		}
	}
	if ($find==0){
		push @uniqueseq,$seq;
	}
}
 
my @final = uniq @uniqueseq;
 
foreach (@final){
	print ">$hash{$_}\n$_\n";
}

Ca fonctionne sur mon fichier exemple sur la sequence 8, mais pas pour la 14 ...
J'ai modifié comme ceci, ca à l'air de fonctionner à présent :

Code :

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Carp qw(confess);
use Getopt::Long;
use List::MoreUtils qw(uniq);
use Bio::SeqIO;
 
my %hash;
my ($fasta_file,$out_file);
GetOptions("fasta=s" => \$fasta_file,"out=s" => \$out_file);
open(my $out,'>',$out_file) or die "$out_file : $!\n\n";
my $in = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, '-format' => 'Fasta' );
 
# read file in hash
while ( my $seq = $in->next_seq()){
	my $id = $seq->id() ;
	my $sequence = $seq->seq ;
	$hash{$sequence}=$id;
}
 
my @all_seq=keys (%hash); # @seq contient toutes les sequences
my @sort_all_seq = sort @all_seq;
 
my @uniqueseq;
my $find=0;
 
foreach my $seqs (@sort_all_seq){
	$find=0;
	my $seq=uc($seqs);  #uppercase
	foreach (@uniqueseq){
		if ($_=~/$seq/){ # si ma sequence contient 
			$_=$seq; #remplace avec la plus petite sequence
			$find=1;
		}
		if ($seq=~/$_/){ # si ma sequence contient 
			$find=1;
		}
	}
	if ($find==0){
		push @uniqueseq,$seq;
	}
}
 
my @final = uniq @uniqueseq;
 
foreach (@final){
	print ">$hash{$_}\n$_\n";
}

[Gardyen]

je voyais plus simple

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Carp qw(confess);
use Getopt::Long;
use List::MoreUtils qw(uniq);
use Bio::SeqIO;
 
my %hash;
my ($fasta_file,$out_file);
GetOptions("fasta=s" => \$fasta_file,"out=s" => \$out_file);
open(my $out,'>',$out_file) or die "$out_file : $!\n\n";
my $in = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, '-format' => 'Fasta' );
 
# read file in hash
my $smallest_sequence;
while ( my $seq = $in->next_seq()){
	my $id = $seq->id();
	my $sequence = uc($seq->seq) ;
	$hash{$sequence}=$id;
 
	if (!$smallest_sequence) {
		$smallest_sequence = $sequence;
	}
 
	$smallest_sequence = $sequence unless length($smallest_sequence) < length($sequence);
}
 
my @all_seq=sort {length($a) <=> length($b)} keys (%hash); # @seq contient toutes les sequences
my @uniqueseq = ($smallest_sequence);
 
foreach my $seqs (@all_seq){
	my $seq=uc($seqs);  #uppercase
 
	my @found = grep {$seq =~ /$_/} @uniqueseq;
	if (!@found) {
		push @uniqueseq, $seq;
	}
}
 
foreach (@uniqueseq){
	print ">$hash{$_}\n$_\n";
}

le classement par ordre de taille permet d'être sûr qu'aucune séquence plus courte que celles dans unique_seq puisse exister avec la même séquence cible

[Isabella83]

ah oui effectivement, ce sera surement moins long que ce que j'ai fait !
Merci beaucoup !