Discussion :

[anna1980]

salut
j'ai un fichier qui contient des sequences du nucleotides :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
 
CGC
GGT
GAG

et je veux construire un dictionaire a partie de ces donnees comme ceci:

j'ai fait un programme mais ca marche pas tellment :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
 
#!/usr/bin/env python
def position(c):
    if c=='A':
        pos = 0
    if c=='C':
        pos = 1
    if c=='G':
        pos = 2
    if c=='T':
        pos = 3
    return pos
 
 
 
 
 
 
def create_dict(seq):
 
    for i in range(0,len(seq)):
 
        q=seq[i]
        a= position(q)
 
        for j in range(0,len(dict[i])):
            if j==a:
 
                dict[i][j]='true'
            else:
                dict[i][j]='false'
 
 
liste=['CCG','AAT','CTG','TAG']
for seq in liste:
    dict = {}
 
    create_dict(seq)

[josmiley]

un exemple d'input/output serait plus parlant ...

genre tu as ['CCG','AAT','CTG','TAG'] en entrée, tu veux quoi en sortie ?

[anna1980]

desolée encore une fois ,voici l'output pour la liste:['CCG','AAT','CTG','TAG']

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
 
A1A	A1C	A1G	A1T	A2A	A2C	A2G	A2T	A3A	A3C	A3G	A3T	Target
F	T	F	F	F	T	F	F	F	F	T	F	yes
T	F	F	F	T	F	F	F	F	F	F	T	yes
F	T	F	F	F	F	F	T	F	F	T	F	yes
F	F	F	T	T	F	F	F	F	F	T	F	yes

T :true
F: false

[josmiley]

heu ... je ne suis pas plus avancé ^^
tu veux créer un dictionnaire à partie de cette séquence: ['CCG','AAT','CTG','TAG']
donc, à quoi ressemblera ce dictionnaire ?

[VinsS]

Bonsoir,

Tout d'abord, simplifions la fonction position:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
 
def position(letter):
    return 'ACGT'.index(letter)

Ensuite:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
 
def create_dict(seq):
 
    for i in range(0,len(seq)):
 
        q=seq[i]
        a= position(q)
 
        for j in range(0,len(dict[i])):

devrait te lever une exception KeyError puisque ton dictionnaire est vide.
Cette fonction ne retourne rien d'autre que None donc tu la relances à chaque fois avec un dictionnaire vide.

En fait on ne comprend pas exactement ce que doit faire la fonction create_dict.

Un exemple ?

[anna1980]

merci pour vos reponces,
je vais essayer de mieux expliquer le probleme .
je dois inserer chaque sequence dans la liste dans un tableau ,par exemple pour la sequence :CGC

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
 
A1A	A1C	A1G	A1T	A2A	A2C	A2G	A2T	A3A	A3C	A3G	A3T	Target
F	T	F	F	F	F	T	F	F	T	F	F	yes

le premier nucleotide est :C donc A1C sera True et les autres A1 seront false
le 2eme est :G donc A2G sera True et les autres A2 seront false ,la meme chose pOUr le troisieme .