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Bioinformatique Perl Discussion :

Extraire une sous-séquence d'un fasta


Sujet :

Bioinformatique Perl

Vue hybride

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  1. #1
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    Par défaut Extraire une sous-séquence d'un fasta
    Bonjour,

    Je possède la séquence au format fasta.
    Je souhaiterai extraire une région de cette séquence, connaissant les positions de début et de fin de la région à extraire.
    Je pensais à substring mais j'ai une grande séquence 30Mb, ce qui risque de prendre du temps.

    Existe t-il quelque chose au niveau de bioperl?

    Merci par avance

  2. #2
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    A déplacer dans le forum "bioinformatique"... (voir avec Djibril).

  3. #3
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    Désolé, manque d'attention

    now, to actually get at the sequence object, use the standard Bio::Seq
    methods (look at Bio::Seq if you don't know what they are)

    use Bio::SeqIO;

    $in = Bio::SeqIO->new(-file => "inputfilename" , '-format' => 'genbank');

    while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
    print "Sequence ",$seq->id," first 10 bases ",$seq->subseq(1,10),"\n";
    }

  4. #4
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    Il me semble que tu peux utiliser la fonction subseq.

    Je crois qu'elle s'utilise comme ceci :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    $sous_seq = $obj -> subseq(position initiale, nombre de bases à extraire);
    Sachant qu'il considère que la première base est la N°1.

    Ainsi
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    $sous_seq = $obj->subseq(1,5);
    Renvoie les 5 premières bases.

    Je ne la connais pas bien et ne connais absolument pas ses performances mais bon, à tester. Tu pourra indiquer si elle semble rapide si tu t'en sert ? C'est toujours bon à savoir ^^

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