Discussion :

[nosuperman]

Bonjour je dois faire un script pour comparer deux fichier et je ne sais pas vraiment comment mi prendre..

fic1 du style

test robert anna jaques cyril
sb001 aa bb cc aa
sb002 aa cc bb uu
sb003 aa uu cc bb

fic 2 du style

test anais roberta jaques nicolas
sb002 aa cc -- uu
sb008 aa cc bb uu
sb009 aa cc bb uu

pour le -- c'est une donnée manquante

en faite je dois comparer les deux fichiers

en gros il doit ressortir un fichier3

comme celui la

test robert anna jaques cyril anais roberta nicolas
sb001 aa bb cc aa -- -- --
sb002 aa cc bb uu aa cc -- uu
sb003 aa uu cc bb -- -- --
sb008 -- -- bb -- aa cc uu
sb009 -- --bb -- aa cc uu

pour resumer le fichier 3
on fusionne les données redondante exemple pour jaques qui est dans les deux fichiers
et on fusionne les données pour les test redondant comme sb002 dans l'exemple

merci si vous avez des pistes pour m'aider je rames...

[magicshark]

Voilà un début de piste

Code :

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#!/usr/bin/perl -w
use strict;
 
#Les trois fichiers
my $fic1 = "monfic1.extension";
my $fic2 = "monfic2.extension";
my $fic3 = "monfic3.extension";
 
#Pour la lecture des lignes
my $lign1;
my $ligne2;
 
#Pour la lecture du contenu des lignes
my @contenu1;
my @contenu2;
 
#Pour l'ouverture des lignes
open(FIC1,$fic1);
open(FIC2,$fic2);
open(FIC3,>$fic3)
 
#Tant qu'il y a des lignes dans les fichiers
while( defined( $ligne1 = <FIC1> && defined( $ligne2 = <FIC2> ))
{
    @contenu1 = split(/\s/,ligne1);
    @contenu2 = split(/\s/,ligne2);
}

[nosuperman]

jusqu'a la y avais pas de probleme merci pour la syntaxe c'est pour la comparaison je sais pas comment mi prendre pour ensuite le coller d'un un fichier fic3..
comparaison des lignes et des colonnes..

[Philou67430]

Une autre approche qui permet de s'affranchir du fait (comme dans l'exemple), que chaque fichier doive posséder les mêmes lignes dans le même ordre pour être comparées une à une : cette approche rempli un tableau au fur et à mesure de la lecture du premier fichier, et stocke dans le même temps les clés (colonne 1) dans une table de hashage.
Lors de la lecture du deuxième fichier (et des suivants si nécessaire), il complète le premier tableau avec des nouvelles lignes (si la clé n'existe pas), ou en ajoutant les nouvelles colonnes aux lignes déjà présentes.

Code :

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use strict;
use warnings;
use feature qw(:5.10);
 
sub load_table {
  my ($result_tabref, $result_keyref, $file) = @_;
 
  open my $TABLE, "<", $file or die "Can't open $file: $!";
  chomp(my $line = <$TABLE>);
  my ($test_key, @col_names) = split /\s+/, $line;
  if (!@$result_tabref) {
    # create the first row
    push @$result_tabref, [ $test_key, @col_names ];
  }
  else {
    # complete the first row
    push @{$result_tabref->[0]}, @col_names;
  }
 
  my $col_number = @{$result_tabref->[0]};
  while (defined($line = <$TABLE>)) {
    chomp $line;
    my ($test_key, @col_names) = split /\s+/, $line;
    if (exists $result_keyref->{$test_key}) {
      # complete an existing row
      my $row_index = $result_keyref->{$test_key};
      push @{$result_tabref->[$row_index]}, @col_names;
    }
    else {
      # create a list of missing column values (from the column number of the first row)
      my @missing_col = map "--", 1 .. ($col_number - 1 - @col_names);
      push @$result_tabref, [ $test_key, @missing_col, @col_names ];
      $result_keyref->{$test_key} = $#$result_tabref;
    }
  }
  # treat incomplete rows
  foreach my $row (grep @$_ != $col_number, @$result_tabref) {
    push @$row, map "--", 1 .. ($col_number - @$row);
  }
}
 
sub print_table {
  my ($tabref, $file) = @_;
 
  open my $OUT, ">", $file or die "Can't open $file: $!";
  say { $OUT } join " ", @$_ foreach @$tabref;
}
 
my (@table, %test_keys);
load_table(\@table, \%test_keys, "fic1.txt");
load_table(\@table, \%test_keys, "fic2.txt");
print_table(\@table, "fic3.txt");

[nosuperman]

merci philou ca m'aide bcp de voir toute la syntaxe ca na pas supprimé les doublon sur la première ligne mais je vais essayer de comprendre pourquoi merci pour vos réponses

[Philou67430]

Je n'avais pas vu qu'il y avait des colonnes redondantes... Il faudrait alors que tu spécifies comment dois se comporter le merge d'une colonne commune quand :
- la valeur est absente des deux fichiers
- l'une des deux valeurs est présente seulement
- et surtout quand deux valeurs sont présentes (identiques ou différentes).

Ca va compliquer un peu le traitement : au lieu d'utiliser une simple table de valeurs de colonnes par ligne, je verrais bien l'usage d'un hashage qui associe le nom de la colonne et sa valeur. D'un autre coté, ça simplifiera aussi le traitement des lignes absentes.

[nosuperman]

quand la valeur est absente on laisse la donnée avec --
si l'un a la donnée et pas l'autre dans m3 on doit retrouver la donnée


et voila ma question dans mon exemple
quand une donnée est hétérozygote donc AB dans le fic 1
et que dans le fichier 2 la donnée est homozygote c'est toujours l'homozygote qui doit etre dans m3

comment faire dans le script?