hash de hash ?

**Isabella83** · 01/02/2012, 10h50

Bonjour à tous,
Je ne vois pas du tout comment faire ce dont j'ai besoin (table de hash ou autre).
J'ai un fichier ressemblant à cela :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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TTTA_1	+	TABOR_I	6122	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAAAAAAAA	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	0	
GGGA_1	+	TABOR_I	6122	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAAAAAAAA	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	0	
AGCC_1	+	GYPSY_I	6121	GAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAAAAA	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	0	
AGCC_1	+	TABOR_I	6121	GAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAAAAA	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	0	
TTTA_1	+	HELENA_RT	909	ATCACCCTGGATAAACGGCTCACCTT	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	0	
TACC_3610	+	HELENA_RT	909	ATCACCCTGGATAAACGGCTCACCTT	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	0

j'ai donc commencé mon script comme ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $fichier_bam = 'TE_clip18_0mm.bam';
my %comptage;
open my $fh, '<', $fichier_bam or die "Impossible de lire le fichier $fichier_bed\n";
while ( my $ligne = <$fh> ) {
	chomp $ligne;
	my ($ID,$sens,$ET,$pos,$seq,$qual,$count) = split /\t/, $ligne;
 
}
 
close $fh;

ce que j'aimerai avoir, c'est pour chaque $ID, le nombre de $ET associé. Je ne vois pas du tout comment faire avec un hash ?

Dans l'exemple de fichier que j'ai donné, je voudrais par exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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TTTA_1 2
GGGA_1 1
AGCC_1 2
TACC_3610 1

et du coup n'obtenir que les lignes pour lesquelles la seconde valeur = 1
donc dans l'exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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2
GGGA_1	+	TABOR_I	6122	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAAAAAAAA	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
TACC_3610	+	HELENA_RT	909	ATCACCCTGGATAAACGGCTCACCTT	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	0	0

Merci d'avance pour votre aide et bonne journée à tous.

**estofilo** · 01/02/2012, 12h47

En quoi un $ET est associé à un $ID?
Pourquoi la valeur à trouver pour TACC_3610 devrait être 2 dans l'exemple alors qu'il est présent une seule fois dans le fichier?

**Isabella83** · 01/02/2012, 14h07

J'avais fait une erreur pour TACC je l'ai rectifiée ....
En fait je veux savoir à combien de $ET un $ID est associé .... et je ne vois pas du tout comment faire, je débute en programmation ...

**zanker** · 02/02/2012, 09h40

Un exemple de code que je n'ai pas testé mais qui devrait y ressembler.
On stocke dans la table de hashage le nombre d'occurence + les infos à conserver.
Pour ça on utilise d'autres tables de hashage dans %comptage en y accédant par leur référence.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $fichier_bam = 'TE_clip18_0mm.bam';
my %comptage;
open my $fh, '<', $fichier_bam or die "Impossible de lire le fichier $fichier_bed\n";
while ( my $ligne = <$fh> ) {
	chomp $ligne;
	my ($ID,undef,$ET) = split /\t/, $ligne;
	$comptage{$ID}->{'count'} = $comptage{$ID}->{'count'} + 1;
	push(@{$comptage{$ID}->{'data'}}, $ET);
}
close $fh;
foreach my $ID (keys(%comptage)) {
	if ($comptage{$ID}->{'count'} == 1)
	{
		print("ID=$ID\tET=".join("\t", @{$comptage{$ID}->{'data'}})."\n");
	}
}

Voilà!

**Isabella83** · 02/02/2012, 11h34

Merci pour votre aide,
j'ai ce message d'erreur que je ne comprends pas :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Use of uninitialized value in addition (+) at transposons.pl line 11

sachant que le code est :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
 
my $fichier_bam = 'TE_clip19_0mm.bam';
my %comptage;
open my $fh, '<', $fichier_bam or die "Impossible de lire le fichier $fichier_bam\n";
while ( my $ligne = <$fh> ) {
	chomp $ligne;
	my ($ID,undef,$ET) = split /\t/, $ligne;
	$comptage{$ID}->{'count'} = $comptage{$ID}->{'count'}+ 1;
	push(@{$comptage{$ID}->{'data'}}, $ET);
}
close $fh;
foreach my $ID (keys(%comptage)) {
	if ($comptage{$ID}->{'count'} == 1)
	{
		print("ID=$ID\tET=".join("\t", @{$comptage{$ID}->{'data'}})."\n");
	}
}

Pour etre sure d'avoir bien compris : vous créez un hash de hash de cette forme :
{comptage}{ID}{ 'count' :
'data' :
}
où :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$comptage{$ID}

sera la clé, donc unique pour chaque identifiant, et à chaque fois qu'on rencontrera un $ET différent,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$comptage{$ID}{count}

sera incrémenté grâce à la ligne de code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$comptage{$ID}->{'count'} = $comptage{$ID}->{'count'} + 1;

?
Je ne comprends pas bien comment le fait que $ET est different d'une ligne à l'autre est pris en compte dans votre code ?

**zanker** · 02/02/2012, 12h58

L'erreur rencontrée est un problème de variable non initialisé. C'est à dire que dans

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$comptage{$ID}->{'count'} = $comptage{$ID}->{'count'} + 1;

la variable "$comptage{$ID}->{'count'}" n'a pas de valeur (elle doit valoir undef).

En corrigeant mon code ce devrait fonctionner comme ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $fichier_bam = 'TE_clip18_0mm.bam';
my %comptage;
open my $fh, '<', $fichier_bam or die "Impossible de lire le fichier $fichier_bed\n";
while ( my $ligne = <$fh> ) {
	chomp $ligne;
	my ($ID,undef,$ET) = split /\t/, $ligne;
	if (exists($comptage{$ID}->{'count'}))
	{
		$comptage{$ID}->{'count'} = $comptage{$ID}->{'count'} + 1;
	}
	else
	{
		$comptage{$ID}->{'count'} = 1;
	}
	push(@{$comptage{$ID}->{'data'}}, $ET);
}
close $fh;
foreach my $ID (keys(%comptage)) {
	if ($comptage{$ID}->{'count'} == 1)
	{
		print("ID=$ID\tET=".join("\t", @{$comptage{$ID}->{'data'}})."\n");
	}
}

Pour expliquer 'visuellement' la table de hashage "%comptage", il y a les hash classiques comme celui-ci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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%hash = {
	'clé n°1' => 'Valeur A',
	'clé n°2' => 'Valeur B'
	...
}

et il y a le notre, dans cet exemple qui vaut ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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%comptage= {
	'TTTA_1' => {
		'count' => 2,
		'data' => ( 'TABOR_I', 'HELENA_RT')
	},
	'GGGA_1' => {
		'count' => 1,
		'data' => ( 'TABOR_I' )
	},
	'AGCC_1' => {
		'count' => 2,
		'data' => ( 'GYPSY_I', 'TABOR_I' )
	},
	'TACC_3610' => {
		'count' => 1,
		'data' => ( 'HELENA_RT' )
	}
}

Pour chaque clé du hash, qui est un ID, correspond une valeur qui est égale à une référence d'un autre hash.
Cette autre hash contient 2 clés 'count' et 'data'.
Et pour la clé 'data' correspond une valeur qui est une référence à un tableau/une liste contenant les $ED à retenir.

La ligne de code suivante affiche toutes les valeurs $ED mis en mémoire dans le hash %comptage de chaque $ID (grâce à la boucle sur les $ID) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print("ID=$ID\tET=".join("\t", @{$comptage{$ID}->{'data'}})."\n");

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Maintenant, avec du recule, il est possible de simplifier ce code comme ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $fichier_bam = 'TE_clip18_0mm.bam';
my %comptage;
open my $fh, '<', $fichier_bam or die "Impossible de lire le fichier $fichier_bed\n";
while ( my $ligne = <$fh> ) {
	chomp $ligne;
	my ($ID) = split /\t/, $ligne;
	push(@{$comptage{$ID}}, $ligne);
}
close $fh;
foreach my $ID (keys(%comptage)) {
	if (scalar(@{$comptage{$ID}}) == 1)
	{
		print($comptage{$ID}->[0]."\n");
	}
}

ici $comptage{$ID} pointe vers une variable de type tableau/liste.
Donc la première valeur de cette liste est récupérée avec $comptage{$ID}->[0]
Maintenant, le hash %comptage vaut ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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%comptage= {
	'TTTA_1' => ( 'TTTA_1	+	TABOR_I	6122	AAAA....IIIIIIII	0',
		'TTTA_1	+	HELENA_RT	909	ATCACCC....IIIIIIII	0')
	},
	'GGGA_1' => ( 'GGGA_1	+	TABOR_I	6122	AAAAAA....IIIIIII	0' )
	},
	'AGCC_1' => ( 'AGCC_1	+	GYPSY_I	6121	GAAAAAAA....IIIIIII	0',
		'AGCC_1	+	TABOR_I	6121	GAAAA....IIIIIIII	0' )
	},
	'TACC_3610' => ( 'TACC_3610	+	HELENA_RT	909	ATCACC....IIIIII	0' )
	}
}

**Isabella83** · 09/02/2012, 11h14

Merci pour ton aide et toutes les explications !

hash de hash ?

Langage Perl

Vue hybride

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