Ok. Première info, tu n'utilises pas un store mais des éléments OPTION qui sont je suppose générés par ta fonction ComboBoxBDD. Seconde info tu utilises a priori une version "ancienne" de dojo, on va dire une 1.5.
En interne Dojo va utiliser des OPTION pour se créer un store à la volée.
D'après ta façon de faire, pourquoi ne pas supprimer ton élément par un :
diji.byId("Ville_Fac").destroy();
puis de regénérer ta balise SELECT et de faire un dojo.html.set(TON SELECT) ?
Note que la logique serait plutôt d'utiliser un store de type ItemFileReadStore et de reconstruire la combo sur chaque onChange, ou mieux encore d'utiliser un dojox.JsonRestStore (en 1.5) ce qui t'éviterait d'avoir à reconstruire la combo. Note aussi que tu devrais regarder attentivement le dojox.QueryReadStore (en 1.5) qui te permet de faire un store distant assez souple. Il y a des exemples de code, notamment celui-ci: \dojox\data\tests\QueryReadStore.html qui crée un store dynamique pour une combo... 
ERE
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