Discussion :

[Imène_23]

Bonjour à tous

Donc voilà j'ai un gros souci avec ImageJ, j'ai une très grande image (321*481) sur la quel je fais un traitement compliqué où il y a 4 boucles imbriquées.
le traitement se répète 23839668801 fois (càd chaque pixel avec les autres pixels de l'image). le traitement consiste dans le calcul d'un noyau gaussien, au départ je croyais que c'été l'exponentiel qui était groumant en temps mais je viens de l'enlever (pour voir) et c'est toujours le même problème , j'ai conclu que c'été le parcours. le calcul me prend presque 1heure.

Voici le code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import ij.*;
import ij.process.*;
import ij.gui.*;
import java.awt.*;
import ij.plugin.filter.*;
import java.util.*;
import ij.measure.ResultsTable;
 
public class pgm_ implements PlugInFilter {
	ImagePlus imp;
 
	public int setup(String arg, ImagePlus imp) {
		this.imp = imp;
		return DOES_ALL;
	}
 
 public double distance(double r,double g,double b, double r1, double g1,double b1){
double res;
 
res=Math.sqrt((r-r1)*(r-r1)+(g-g1)*(g-g1)+(b-b1)*(b-b1));
 
return res;
}
 
/////////////////////////////// Ma
          public double Ma(int [] pixels){
 
int i,j,a;
double Ma=0,var=0;
double sigma=0.2;
double sig=sigma*sigma;
double var1=1/(3.14159265358979*0.08);
double v,noyau;
for(i=0; i<pixels.length; i++){
for(a=0; a<pixels.length; a++){
 
 
int c = pixels[a];
double r = (c & 0xff0000)>>16;
double g = (c & 0x00ff00)>>8;
double b = (c & 0x0000ff);
int c1 = pixels[i];
double r1 = (c1 & 0xff0000)>>16;
double g1 = (c1 & 0x00ff00)>>8;
double b1 = (c1 & 0x0000ff);
v=distance(r1/255,g1/255,b1/255,r/255,g/255,b/255);
var=Math.exp((v*v)/(-0.08));
noyau= var1*var;
Ma=Ma+noyau;
}
}
return Ma;
             }
 
 
/////////////////Ma
public void run(ImageProcessor ip) {
		ip.invert();
		imp.updateAndDraw();
		IJ.wait(500);
		ip.invert();
		imp.updateAndDraw();
int nbrows=ip.getHeight();
int nbcols=ip.getWidth();
 
int[] pixels = (int[]) ip.getPixels();
int k=4;
/////////////////Ma
double Ma=Ma(pixels);
 
IJ.showMessage("Ma= "+Ma);
 
	}
 
}

Je voulais savoir s'il y a un moyen pour mieux parcourir l'image ou des suggestions pour réduire ce temps de calcule.

Merci

[Mathieu.J]

Un coup de profiler te permettra de savoir si tu as un point particulièrement lent.

Je ne vois que 2 boucles :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for(i=0; i<pixels.length; i++){
for(a=0; a<pixels.length; a++){

Où sont les 2 autres ?

[Imène_23]

Un coup de profiler te permettra de savoir si tu as un point particulièrement lent.

tu peux me dire comment j'arrive à faire ça?

Je ne vois que 2 boucles :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
for(i=0; i<pixels.length; i++){
for(a=0; a<pixels.length; a++){

Où sont les 2 autres ?[/

au départ y'avais 4 boucles, après j'ai mis l'image (matrice) dans un vceteur donc je parcours maintenant avec 2 seulement. mais je ne sais toujours pas la partie qui prend beaucoup de temps ?

[ToTo13]

Bonjour,

- ton image est... "petite" ! La dimension n'est vraiment pas excessive.
- une gaussienne a une complexité en O(N^2). Sur ma machine, je fais une gaussienne de taille 15x15 sur une image 512x512 en moins de 0,1s.

Par contre, tu peux accélérer les calculs en utilisant une transformée de Fourier pour faire une convolution.

La division par 255 n'est pas utile dans le calcul de la distance, car tu le fais sur tous les éléments.

Si tu traites une image avec ImageJ, tu peux utiliser le DataBuffer pour accéder directement aux valeurs et ainsi accélérer le temps de lecture.

[Imène_23]

Merci ToTo pour ta réponse

Donc le temps énorme est à cause de la récupéartion des valeurs des pixels ?
ou c'est peut être la distance Euclidienne entre les vecteurs de deux pixels que je passe à chaque fois comme valeur au noyau?
J'aimerais bien savoir en quoi la convolution me serait utile dans ce cas-là ?

Merci et très bonne année 2012

[onylink]

Tu recrées les mêmes objets dans tes boucles à chaque tours.

Tu peux les créer avant et juste changer les valeurs après. Normalement, JAVA gère les classes qui ne sont plus utilisées. Mais après test, tu as un gain de temps si tu fais toutes les instanciations avant et pendant les boucles tu leur attribut la valeur que tu souhaites.

Le gain de temps sera minime, mais ça sera toujours ça de pris