Discussion :

[Nifaste]

Bonjour ,

J'ai un fichier contenant de l'information sous cette forme :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Feature: 1
Name: ATPsyn-b-RA
Start: 849
End: 902
Length: 54
Sequence: TGTAAATTAAAACCCATTCGAGACGCTGGAACCATGAATATGCCCGAAAGATGA
Score: 54
Strand: +
Pattern_name: pattern1
Mismatch: .
 
Feature: 2
Name: ATPsyn-b-RA
Start: 772
End: 825
Length: 54
Sequence: CAAGTGCATCGCCGATCTGAGCGCTCTGGCACTGCGCGTCAAGTCTGCCTAAAC
Score: 54
Strand: +
Pattern_name: pattern1
Mismatch: .

Et je souhaiterai, pour chaque Feature, recuperer Name_Feature et la sequence de cette facon :
>Name_feature
Sequence

Par exemple,
>ATPsyn-b-RA_1
TGTAAATTAAAACCCATTCGAGACGCTGGAACCATGAATATGCCCGAAAGATGA

Je ne vois pas du tout comment faire, quelqu'un pourrait m'aider ?
Merci

[Nifaste]

J'ai fait ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
 
my $fichier_fuzznuc = 'fuzznuc.report';
open my $fh, '<', $fichier_fuzznuc or die "Impossible de lire le fichier $fichier_fuzznuc\n";
while ( my $ligne = <$fh> ) {
	chomp $ligne;
	if ($ligne =~ m{^Name:} ) {
		my ($Name,$gene) = split /:/,$ligne ;
		print ">$gene"
	}
	if ($ligne =~ m{^Feature:} ) {
		my ($Feature,$value) = split /:/,$ligne ;
    		print ";$value\n";
	}
	if ($ligne =~ m{^Sequence:} ) {
		my ($Sequence,$seq) = split /:/,$ligne ;
    		print "$seq\n";
	}
 
  }
 
 
close $fh;

Mais j'obtiens :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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; 1
> ATPsyn-b-RA TGTAAATTAAAACCCATTCGAGACGCTGGAACCATGAATATGCCCGAAAGATGA
; 2
> ATPsyn-b-RA CAAGTGCATCGCCGATCTGAGCGCTCTGGCACTGCGCGTCAAGTCTGCCTAAAC
; 3
> ATPsyn-b-RA TGTGTTGGCCAGCATCTCTCCCCAGCAGGAGAAGGAGACTCTCAACAAGTGCAT
; 4
> ATPsyn-b-RA GCCTTAGCCAGAAGCACATGGTCAACTGGATCACCACCAATGTGTTGGCCAGCA
; 5
> ATPsyn-b-RA GGAGGTGAAGCGTCGTCTCGACTACCAGGTGGAGTGCCGCCACGTCGAGCGTCG

Quelqu'un saurait comment je peux m'y prendre ?

[hauru]

Cela est tout à fait normal puisque le fichier est lu ligne par ligne et que l'affichage est fait au fur et à mesure.
Pour contourner ce problème, il faudrait stocker les valeurs dans un tableau qu'il faut reinitialiser quand il est complet, et afficher les données en une fois.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @tab;
while ( my $ligne = <$fh> ) {
	chomp $ligne;
	if ($ligne =~ m{^Name:}) {
		my ($Name,$gene) = split /:/,$ligne ;
		$tab[0]=$gene;
	}
	if ($ligne =~ m{^Feature:} ) {
		my ($Feature,$value) = split /:/,$ligne ;
    		$tab[1]=$value;
	}
	if ($ligne =~ m{^Sequence:} ) {
		my ($Sequence,$seq) = split /:/,$ligne ;
    		$tab[2]=$seq;
	}
 
        #test pour voir si le tableau est complet
        if($tab[0] && $tab[1] && $tab[2]){
                 print ">".$tab[0]." ".$tab[1]."\n".$tab[2]."\n \n";
                 $tab[0]=$tab[1]=$tab[2]=""; #vide le tableau
       }
 
  }

Cela devrait faire l'affaire.
J'ai pas testé le code.

Il peut etre utile d'ajouter des sécurités dans le cas où il manque des données sur certaines séquences.
Piste pour y repondre alors:
à chaque fois que tu veux remplir une case dans ton tableau, il faut regarder si il y a deja un element dans cette case ( les 3 premiers if):
1: Il n'y a rien => remplir la case
2: il y a deja un element => affichage avec le print donner dans le code (et du coup il y aura un affichage incomplet), puis vider le tableau