Bonjour,

j'aimerai lancer un blast avec bioperl avec le code suivant :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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#!/usr/bin/perl -w
 
 
use Bio::Seq;
use Bio::Tools::Run::StandAloneBlast;
#use strict;
 
my($blast_obj) = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(-program=>'blastn', -database=>'At.fa');
my($seq_obj)= Bio::Seq->new(-id => "test_query", -seq=>"AATATATGCGCGAT");
 
my($blast_report) = $blast_obj->blastall($seq_obj);
mais j'obtiens cette erreur :
Use of uninitialized value $_[0] in join or string at /usr/lib/perl/5.12/File/Spec/Unix.pm line 41.

------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------
MSG: blastall call crashed: 256 | Aucun fichier ou dossier de ce type | /usr/bin/blastall -d "/At.fa" -i /tmp/4P9BDVACuV -p blastn -o \/tmp\/cV_T77dD_7

STACK: Error::throw
STACK: Bio::Root::Root::throw /usr/share/perl5/Bio/Root/Root.pm:472
STACK: Bio::Tools::Run::StandAloneNCBIBlast::_runblast /usr/share/perl5/Bio/Tools/Run/StandAloneNCBIBlast.pm:437
STACK: Bio::Tools::Run::StandAloneNCBIBlast::_generic_local_blast /usr/share/perl5/Bio/Tools/Run/StandAloneNCBIBlast.pm:411
STACK: Bio::Tools::Run::StandAloneNCBIBlast::blastall /usr/share/perl5/Bio/Tools/Run/StandAloneNCBIBlast.pm:263
STACK: ./B_4.pl:11
----------------------

je cherche sur internet mais je ne trouve pas de bonne réponse.

J'espère que vous pourrez m'aider.

Alaninho