Discussion :

[alaninho]

Bonjour,

j'aimerai lancer un blast avec bioperl avec le code suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
 
 
use Bio::Seq;
use Bio::Tools::Run::StandAloneBlast;
#use strict;
 
my($blast_obj) = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(-program=>'blastn', -database=>'At.fa');
my($seq_obj)= Bio::Seq->new(-id => "test_query", -seq=>"AATATATGCGCGAT");
 
my($blast_report) = $blast_obj->blastall($seq_obj);

mais j'obtiens cette erreur :
Use of uninitialized value $_[0] in join or string at /usr/lib/perl/5.12/File/Spec/Unix.pm line 41.

------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------
MSG: blastall call crashed: 256 | Aucun fichier ou dossier de ce type | /usr/bin/blastall -d "/At.fa" -i /tmp/4P9BDVACuV -p blastn -o \/tmp\/cV_T77dD_7

STACK: Error::throw
STACK: Bio::Root::Root::throw /usr/share/perl5/Bio/Root/Root.pm:472
STACK: Bio::Tools::Run::StandAloneNCBIBlast::_runblast /usr/share/perl5/Bio/Tools/Run/StandAloneNCBIBlast.pm:437
STACK: Bio::Tools::Run::StandAloneNCBIBlast::_generic_local_blast /usr/share/perl5/Bio/Tools/Run/StandAloneNCBIBlast.pm:411
STACK: Bio::Tools::Run::StandAloneNCBIBlast::blastall /usr/share/perl5/Bio/Tools/Run/StandAloneNCBIBlast.pm:263
STACK: ./B_4.pl:11
----------------------

je cherche sur internet mais je ne trouve pas de bonne réponse.

J'espère que vous pourrez m'aider.

Alaninho

[djibril]

Déjà sans tester quoi que ce soit, commencez par mieux écrire votre code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
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# Author : 
# Date   :
# Main   :
#===============================================================================
use Carp;
use strict;
use warnings;
 
use Bio::Seq;
use Bio::Tools::Run::StandAloneBlast;
 
my $blast_obj = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(
  -program  => 'blastn', 
  -database => 'At.fa',
);
my $seq_obj = Bio::Seq->new(
  -id  => 'test_query',
  -seq => 'AATATATGCGCGAT',
);
 
my $blast_report = $blast_obj->blastall($seq_obj);

[alaninho]

Merci, mais ça marche toujours pas.

Alaninho

[mathgon]

Vu le message d'erreur, il semblerait que blastall, l'exécutable de blast, ne soit pas dans le répertoire /usr/bin/

Avant de faire l'appel à par l'intermédiaire d'un script, as-tu essayé d'exécuter blastall dans un terminal?