Discussion :

[MrClown]

Bonjour,

me voila devant un projet en POO. N'étant pas habitué à ce paradigme de la programmation, je suis un peu confus quant à l'architecture de mon programme et l'articulation entre mes classes.

je dois ouvrir un fichier (pdb) et y lire des informations sur les atomes (lignes commençant par ATOM) ainsi que d'autres paramètres. Lire le fichier ligne par ligne ne me pose pas de problèmes: Pour l'instant tout est dans une seule classe, mais cela me permet de ne lire mon fichier qu'une seule fois et de récupérer toutes les informations en une seule fois...

Faudrait-il créer une classe juste pour lire? dois-je faire une classe Atome, une autre paramètres?


Est-ce que quelqu'un pourrait m'éclairer sur la manière d'envisager mon problème?

En espérant avoir été assez clair...

[Mathieu.J]

Comme tu l'as suggéré :
Une classe Atome qui contient les propriétés d'un atome.
Une classe AtomeFileReader qui contient une méthode
List<Atom> read(File f)

Cette méthode va lire les atomes (Si tu as bien un atome par ligne), les ajouter à une liste et ensuite retourner cette liste.

Après il faudrait connaître tes besoins exacts.

[MrClown]

merci mad-math pour ta réponse!

alors pour préciser, un fichier pdb contient des lignes commençant par ATOM ressemblant à ça :

ATOM 99 O SER A 36 19.371 -0.479 -11.286 1.00 12.56 O

je dois récupérer les coordonnées (x, y,z) de ces atomes (19.371 -0.479 -11.286) deux paramètres (1.00 et 12.56) et le type (ici O).

il y a d'autres lignes qui me sont utiles, donnant des paramètres valables pour tous les atome (ce sont des informations sur la maille cristalline...), ici :

SCALE1 0.016280 0.009400 0.000000 0.00000
SCALE2 0.000000 0.018799 0.000000 0.00000
SCALE3 0.000000 0.000000 0.010121 0.00000

Alors, je pense procéder comme suit :
Une classe PdbReader qui contiendrait une méthode read et qui, selon le début de la ligne (ATOM, SCALE ou autres) appliquerait soit les méthodes de la classe Atome, soit les méthodes de la classe Scale.
ça sonne bien?
comment se passe l'héritage?

[Mathieu.J]

Proposition :
Pas d'héritage.

Une classe PDBFile qui contiendra la liste de tes atomes et ton paramétrage

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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public class PDBFile {
    private List<Atom> atoms;
    private Parameters parameters;
 
    //getter / setters
}

Tu peux stocker la position dans une classe du type :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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public class Position{
    private double x;
    private double y;
    private double z;
 
    //getter / setters
}

Si les types possibles d'atomes sont fixe, tu peux créer une Enum

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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public enum AtomType {
    O, H, C...
}

Ta classe Atom

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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public class Atom {
    private Position position;
    private double param1; // 1.00
    private double param2; // 12.56
    private AtomType type; // Remplacer par String si pas d'enum
    //getter / setters
}

Ton paramétrage commun à tous les atomes

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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public class Scale {
    private double x, y, z,? ;
}
 
public class Parameters{
    private Scale scale1; 
    private Scale scale2; 
    private Scale scale3; 
    //getter / setters
}

[MrClown]

Waow! merci beaucoup!

je vais potasser ça et voir comment ça se présente!
je reviendrai si j'ai d'autres questions, si tu as encore du temps?!

Bonne soirée

[MrClown]

Me revoilà!

mes classes sont crées, (j'ai dû en créer plus que prévu, afin d'être plus souple quant à l'utilisation de mon code). J'ai maintenant 2 questions :

- j'ai une classe Coordonnees, et je voudrais créer une classe CoordonneesFractionnaires héritant de la première qui effectuerait un calcul sur les coordonnées x y et z. Je vous avoue que j'ai énormément de mal à faire tourner cette structure, je dois avoir un problème avec la compréhension des mots clés "super" et "this". Comment faire pour que ma classe dérivée puisse fonctionner?

- J'ai aussi essayé de faire une Enum pour les éléments, comme me l'a suggéré mad-math, avec un switch/case, comme suit :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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public enum Element { N, C, O}
 
	public static String getElementValue( Element element){
		switch(element){
			case N:		return "azote"; // etc....

ce n'est pas faux, mais ça ne fait rien, je ne peux pas l'utiliser.

Merci encore pour l'aide et l'attention...