Discussion :

[Nifaste]

Bonjour à tous,
J'ai un fichier ressemblant à ca :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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FBtr0071763	a-RA	FBgn0000008	188	212	CCCT_67
FBtr0071763	a-RA	FBgn0000008	3494	3508	GTTC_1	
FBtr0071763	a-RA	FBgn0000008	3532	3545	CGGG_2	
FBtr0071763	a-RA	FBgn0000008	3532	3825	CGCT_12	
FBtr0071764	a-RB	FBgn0000008	4141	4175	CGCT_48

Et je souhaite compter pour chaque valeur dans ma 3é colonne, et pour chaque valeur dans ma 4é colonne, le nombre d'occurence,
par exemple,
avoir un fichier en sortie :
FBgn0000008 3494 1 (ie 1 fois 2494 pour FBgn0000008)
FBgn0000008 3532 2 (ie 2 fois 3532 pour FBgn0000008)
etc ...
J'ai donc fais ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
 
my $fichier = 'mon_fichier.txt';
open my $fh, '<', $fichier or die "Impossible de lire le fichier $fichier\n";
 
my %comptage ;
while ( <$fh> ) {
	chomp ;
	my ($transcript,$transcript_ID,$gene,$start,$stop,$ID) = split "\t", $_;
	$comptage{$gene}{$start} ++;
}
	while( my ($k,$v) = each(%comptage) ) {
		print "$k \t $v\n";
	}
 
 
close $fh;

Mais cela m'affiche :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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FBgn0051371 	 HASH(0x90366e8)
FBgn0038108 	 HASH(0x9016dd0)

Quelqu'un pourrait me dire comment afficher les valeurs de %comptage ?
Merci d'avance.

[Beniou]

Peut être que cela irait mieux en concaténant ton gène avec le start comme clé de ta table de hachage.

du style:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while ( <$fh> ) {
	chomp ;
	my ($transcript,$transcript_ID,$gene,$start,$stop,$ID) = split "\t", $_;
	$comptage{join("\t",$gene,$start)}++;
}
close $fh;
 
 
foreach my $gene_start(keys (%comptage)){
    print join("\t",$gene_start,$comptage{$gene_start})."\n";
}