Discussion :

[Isabella83]

Bonjour à tous,
J'ai un fichier de ce type

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
>FBtr0086024 type=mRNA; loc=2R:complement(1944862..1947063); ID=FBtr0086024; name=CG7856-RA; dbxref=FlyBase:FBtr0086024,FlyBase_Annotation_IDs:CG7856-RA,REFSEQ:NM_136354; score=11; score_text=Strongly Supported; MD5=7ca9c4371b97aaf7046cf83fefb65eb8; length=2202; parent=FBgn0033056; release=r5.41; species=Dmel; 
GGTAAAGTTGCCTTGGCGTCAGTTGGCAGTTTGGGAAAAGCCTACACACT
TAATATTTCGATAGATACACTTATTTCGCAATCGTAGAAGATACCACAAA
TCTCTCTTCCGTAAATTATAAGTATGTCCAAGAGGGTGAGCATCATGTTG
CCCGACGAAATACCTGCGGCTCCGTCAGGCAGCAGGAGGAACCCGATGCC
CAGCCGCACACTCAAAAGTTCCATTAAAAGTGGATCAAGCGCTCGGACGC
AACCCGCACCGCCAGTGTTCGTGGTTGTCAACCCGGAGAGCAGCCAAAGC
>FBtr0082362 type=mRNA; loc=3R:complement(7065763..7066534,7066588..7066713); ID=FBtr0082362; name=scpr-B-RA; dbxref=FlyBase:FBtr0082362,FlyBase_Annotation_IDs:CG17210-RA,REFSEQ:NM_141804; score=11; score_text=Strongly Supported; MD5=25e114d26d66ed6f81abb662444baae7; length=898; parent=FBgn0037888; release=r5.41; species=Dmel; 
CCAACGCTGAAGATGGCCATTAAGTGTCTGATTTTGCTTACTTCCCTGCT

Et je souhaiterai supprimer tous les caractères de retour chariot avant les ">FBtr" de façon à avoir une ligne pour chaque "FBtr".
J'ai essayé de cette facon :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

perl -pe 's/\n//g' mon ficiher

Mais cela me supprime tous les retours chariots et me donne quelque chose d'illisible ...
Comment puis je m'y prendre ?
Merci d'avance pour vos réponses,
Isa

[djibril]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

perl -pe 's/(.)>/$1\n>/g' mon ficiher

[Isabella83]

Merci pourriez vous détailler s'il vous plait ?
(.) => je ne comprends pas
/$1 => je ne comprends pas
Désolée mais c'est la première fois que j'utilise les expressions regulières ...

[djibril]

Avant d'expliquer, est-ce que ça fonctionne ? Car je n'ai pas testé !

[Isabella83]

Non ca ne fonctionne pas !
En fait j'essai d'enlever ces espaces car je souhaite conservers seulement certaines informations après la >FBtr et je souhaite garder aussi la sequence mais lorsque je fais

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

egrep '^[>FBtr\d+]' mon fichier

Je n'ai que les entêtes et plus la séquence, donc je pense que ca vient des \n ...

[djibril]

je souhaiterai supprimer tous les caractères de retour chariot avant les ">FBtr" de façon à avoir une ligne pour chaque "FBtr".

En fait j'essai d'enlever ces espaces car je souhaite conservers seulement certaines informations après la >FBtr

Faut savoir ce que vous voulez . Essayez d'être clair. Et avant de vouloir faire de l'uniligne Perl, apprenez déjà à faire un programme. Inutile de se précipiter.