Discussion :

[oliverjack]

Bonjour à tous,

Je suis un newbie complet concernant ImageJ mais je commence a voir les immenses possibilités offertes par cet outils. Pardonnez moi si mes questions sont un peu classiques mais il faut bien commencer...

J'ai des images de minéraux (des grains, pas des lames minces). Ces grains sont alignés sur une lame porte objet, ils ne sont pas orientés.
Pour ma recherche, je dois sélectionner des grains qui partent ensuite, il n'a donc en général que 10% des grains qui sont utilisés.

Voila ce que je cherche a faire:

1 Alignés les grains selon un axe cristallographique
2 Créer une mosaïque d'images des grains sélectionnes à partir de l'image générale.

Voici un exemple d'image:

http://dl.free.fr/rm.pl?h=vrjcDvKow&...dg8pzsVYkz0r1I

C'est quelque chose que je fais en routine donc il serai bien de semi-automatiser le processus.

Quelqu'un pourrait-il m'orienter sur un plugin et/ou m'expliquer comment je pourrais faire?

Merci

OJ

[ToTo13]

Bonjour,

le lien ne fonctionne pas.

Il y a plusieurs question préalables :
- qu'est ce donc qu'une axe cristallographique et surtout comment se calcule t-il ?
- sur quel(s) critère(s) sélectionnes tu tes grains ? As tu déjà implémenté cette partie ?

Pour la mosaïque, tu peux créer une fenêtre par image, puis l'adapter en zoom et en taille pour la placer où il faut dans ta fenêtre.
Avec ImageJ pour une fenêtre donnée, c'est les méthodes/classes suivantes:

Code java :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ImagePlus imp = window.getImagePlus() ;
ImageCanvas ic = imp.getCanvas() ;
...
ic.zoomIn(ic.screenX(imx), ic.screenY(imy)) ; // Zoom.
...
Rectangle srcRect = ic.getSrcRect() ; // A modifier pour bouger la position du zoom.
...
imp.repaintWindow() ;
 
 
List<ImageWindow> windows = FindWindows() ; // A toi de faire cette méthode pour récupérer les fenêtre en fonction de tes besoins.
windows.get(i).setLocation(x, y) ; // Déplacer une fenêtre.