Discussion :

[Clarinette95]

Bonjour à tous,

Je travaille actuellement sur un projet dans lequel je dois importer des données d'un fichier .text dans une matrice.
Pour cela, j'ai utilisé importdata.
Le fichier est principalement composé des lettres A, T, G, C, et N.
J'aimerais convertir chacune de ces lettres en chiffres (A -> 1, T->2...).
Est-ce possible de la faire sous matlab? Si oui, quelqu'un pourrait-il m'expliquer comment faire?

Merci d'avance, je suis vraiment en pleine détresse!

[Invité]

Bonjour,

Une façon de faire en utilisant l'indexage logique

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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L = 'ATCCNCAGGNAN';
C = zeros(size(L));
C(L=='A') = 1;
C(L=='T') = 2;
C(L=='G') = 3;
C(L=='C') = 4;
C(L=='N') = 5;

[Clarinette95]

Merci pour ton aide.

Malheureusement, je reçois une erreur quand j'exécute la commande:

undefined function or method 'eq' for input arguments of type 'cell'.

Voici mon programme, je ne comprends pas l'erreur:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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clear all
clf
 
% Importation du fichier fasta du chromosome 22 dans la matrice a
 
%%a =
%%importdata('/mnt/454/Altaiensis/users/michael/bam_files/2Cambodian/seq_by_chr/MMS13_HGDP00711_Cambodian.q30_ec1.0_rmdup.hg18.chr22.fa');
 
a = importdata('/r1/people/claire_jardet/Desktop/MMS13_HGDP00711_Cambodian.q30_ec1.0_rmdup.hg18.chr22.fa');
 
% Definition de la matrice gen contenant la seq du chr 22 sous forme de
% chiffres
 
gen = zeros(size(a));
 
% Conversion des bases en chiffres
 
gen(a=='A')=1;
gen(a=='T')=2;
gen(a=='G')=3;
gen(a=='C')=4;
gen(a=='N')=0;
 
% Affichage de la matrice gen
 
gen

Une idée salvatrice?

[Invité]

Tu as cette erreur car ta variable a est un tableau de cellules.
Pourrais-tu montrer un aperçu de son contenu?

[Clarinette95]

Je ne sais pas si c'est de ça dont tu parles, mais voici un aperçu de ce que je veux convertir en série de chiffres:

'NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN'
'NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN'
'NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN'
'NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN'
'NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN'
'NNNNNNNNNNNTGNTGTGTTGAAGCAATCAGGTCAGTGGTCTTATTGTGTTGTTNATAAN'
'AGTNNCCATTAGGNANANANGNCCATATCCATGTAAATTAACATTAAAATTTTCNTTGAT'
'CACACTAACCTCGTTTTAGTTGCTCAGCAGCCACATGTACCTAGTGGCTACTGTATTGCA'
'CAGCACNAATTNTCATTATTGCANANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNN'
'NTNNNNNCNNCTTCTNGATTTGCTTCACTGTTCTCTTATGTTGTTGTGTAACTCATTAAA'

[Invité]

C'est bien cela
Dans ce cas, tu peux faire une simple conversion en char au début:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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a =char(a);
gen = zeros(size(a));
gen(a=='A')=1;
gen(a=='T')=2;
gen(a=='G')=3;
gen(a=='C')=4;
gen(a=='N')=0;

[Clarinette95]

C'est parfait, ça marche enfin!!!

Merci beaucoup pour ton aide!

[Clarinette95]

Tout compte fait, encore une petite question: y a-t-il un moyen d'importer le fichier .txt dans un vecteur plutôt que dans une matrice?

[Invité]

Oui tu peux le faire avec les fonction fopen/fscanf/fclose.
Ou tu peux aussi utiliser la fonction doc reshape sur ta matrice.

[Clarinette95]

Merci beaucoup!

[Jerome Briot]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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L = 'ATCCNCAGGNAN';
C = zeros(size(L));
C(L=='A') = 1;
C(L=='T') = 2;
C(L=='G') = 3;
C(L=='C') = 4;
C(L=='N') = 5;

Ou en une seul ligne avec ISMEMBER :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>> L = 'ATCCNCAGGNAN'
 
L =
 
ATCCNCAGGNAN
 
>> [b,b] = ismember(L,'ATGCN')
 
b =
 
     1     2     4     4     5     4     1     3     3     5     1     5
 
 
b =
 
     1     2     4     4     5     4     1     3     3     5     1     5

[Invité]

Ou en une seul ligne avec ISMEMBER :

Bien vu
Mais vu la petite modification de Clarinette95 entre temps, il faudrait un peu réordonner les lettres et retrancher 1:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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L = 'ATCCNCAGGNAN';
[b b] =ismember(L,'NATGC');
b-1
 
     1     2     4     4     0     4     1     3     3     0     1     0

[Clarinette95]

Nouvelle petite question :

J'ai maintenant obtenu une matrice (de 6 colonnes et d'un nombre variable de lignes) constituée de 0, 1, 2, 3, et 4.
Est-il possible de ne reconvertir que les chiffres des 5 premières colonnes en letttres?

[Invité]

Tu ne pourras pas avoir des lettres et chiffres dans une matrice, il te faut pour cela utiliser des tableaux de cellules.
Mais tu peux très bien stocker cette reconversion dans une nouvelle variable

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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M = randi(5,10,6)-1;
lettres = 'NATGC';
lettres(1+M(:,1:5))

[Clarinette95]

Tu peux m'expliciter un peu ce que fait chaque ligne du code que tu as écrit s'il te plait? Je ne suis pas sûre de bien comprendre (oui, un peu boulette en matlab)

[Invité]

Il n'y a pas de mal

• Donc la première ligne M = randi(5,10,6)-1; ne te sert à rien, c'est juste pour l'exemple. Elle sert à générer une matrice 10x6 de nombres entre 0 et 4 inclus.
• La 2ème ligne lettres = 'NATGC'; sert juste à avoir un vecteur contenant chacune de tes lettres N, A, T, G et C.
• La troisième ligne lettres(1+M(:,1:5)) se complique
  Dans un premier temps je prélève les 5 premières colonnes de la matrice M M(:,1:5). Puis je lui ajoute 1 car les indices en MATLAB doivent être strictement positifs.
  Puis je fais passer cette matrice obtenue 1+M(:,1:5) comme les indices du vecteur lettres.

Un autre petit exemple pour mieux comprendre:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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lettres = 'NATGC';
lettres(2)    % retourne A
lettres([1 3 5]) % retourne N T C

[Clarinette95]

Merci beaucoup, ça marche, et j'ai à peu près compris!

Je suis désolée, j'abuse, j'ai deux nouvelles questions:

1) quand j'importe un fichier texte sous matlab (fopen/fscanf/fclose), est-il possible de n'importer le fichier qu'à partir de sa 2e ligne (je ne veux pas de la 1ère ligne)?

2) (la plus importante) dans ma matrice (toujours la même que précédemment, composée de 0, 1, 2, 3 et 4), je ne veux pas tenir compte des lignes (5 colonnes) qui contiennent des zéros. Je veux n'exploiter que celles qui n'en contiennent pas. Je pensais créer une nouvelle matrice ne contenant que les valeurs que je veux, mais le problème est que je ne connais pas initialement la taille que fera cette nouvelle matrice une fois remplie.
Y a-t-il un moyen de créer une matrice sans lui donner un nombre de lignes initialement?

Encore une fois merci d'avance!

[Invité]

Alors:

1. Comment passer l'entête d'un fichier texte en lecture ?
2. Un petit exemple utilisant la fonction ALL et l'indexage logique
   

   Code :

   Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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   M = [1 2 3 0 4
       1 2 2 3 4 
       4 2 3 1 2
       1 2 2 3 4
       1 2 0 1 1];
   M(all(M,2),:)
    
        1     2     2     3     4
        4     2     3     1     2
        1     2     2     3     4

[Clarinette95]

Merci beaucoup, c'est beaucoup plus léger que la solution que j'avais trouvée!

[Clarinette95]

Nouvelle question:

Est-il possible de passer au logarithme les valeurs d'une seule colonne d'une matrice sans passer par une boucle for?
J'ai essayé la commande

logm(A(:,2)) avec A ma matrice, mais matlab n'est pas très content...

Merci d'avance!