Discussion :

[fripette]

Salut à tous !

Il faut croire que je suis une vraie folle dans ma tête parce que je persiste à vouloir faire des choses avec Gbrowse.
Avant j'avais la version 2.26 qui marchait quand il le voulait donc j'ai upgradé en me disant que les bugs avaient été reparé
Ma nouvelle version : 2.28

Le header du fichier Gbrowse.conf :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
 
[GENERAL]
config_base            = /etc/gbrowse2   # overridden by environment variable GBROWSE_CONF
htdocs_base            = /Library/Webserver/Documents/gbrowse2
url_base               = /gbrowse2
tmp_base               = /tmp/gbrowse2
persistent_base        = /var/lib/gbrowse2
#userdata_base          = /var/lib/gbrowse2/userdata
db_base                = /Library/Webserver/Documents/gbrowse2/databases

Mon fichier gff appelé 2_complete.gff :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
 
##gff-version 3
 #!gff-spec-version 1.14
 #!source-version NCBI C++ formatter 0.2
2 NCBI locus_tag 34269712 34270566 . - . locus_tag=NCU00001 (data from NCBI for each locus_tag for the species )
 
 
2 Database data_locus_tag 3535901 3539212 . + . locus_tag=NCU11405
2 Database data_sub_modul 3537659 3540134 . + . product=X1;locus_tag=NCU11405;entry_id=23449
2 Database data_sub_modul 3537530 3537656 . + . product=X2;locus_tag=NCU11405;entry_id=23449
2 Database data_sub_modul 3537239 3537356 . + . product=X3;locus_tag=NCU11405;entry_id=23449
2 Database data_sub_modul 3535961 3537206 . + . product=X4;locus_tag=NCU11405;entry_id=23449
2 Database data_sub_modul 3535904 3535958 . + . product=X5;locus_tag=NCU11405;entry_id=23449
2 Database data_sub_modul 3537380 3537521 . + . product=X6;locus_tag=NCU11405;entry_id=23449 (my own data for each locus_tag for the species )

Mon fichier de conf : 2.conf (comme vous pouvez le voir je passe par du in memory donc pas d'interactions avec la base de donnees):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
 
[GENERAL]
description   = Neurospora crassa OR74A In-Memory
 database = annotation
 
 
default tracks = Genes
 tRNAs
 CDS
 data_locus_tag
 data_sub_modul
 locus_tag
 
 
[annotation:database]
db_adaptor    = Bio::DB::SeqFeature::Store
db_args       = -adaptor memory
 -gff     '/Library/WebServer/Documents/gbrowse2/databases/367110/2/2_complete.gff'
automatic classes = Symbol Gene Clone
 
 
# Default glyph settings
[TRACK DEFAULTS]
glyph       = generic
database     = annotation
height      = 8
bgcolor     = cyan
fgcolor     = black
label density = 25
bump density  = 100
 
### TRACK CONFIGURATION ####
# the remainder of the sections configure individual tracks
 
[locus_tag]
feature       = locus_tag
bgcolor       = red
glyph         = generic
fgcolor       = black
height        = 6
point         = 1
key           = locus_tag
 
[data_locus_tag]
feature       = data_locus_tag
bgcolor       = blue
glyph         = generic
fgcolor       = black
height        = 6
point         = 1
key           = data_locus_tag
 
[data_sub_modul]
feature       = data_sub_modul
glyph         = generic
label        = sub {shift->get_tag_values('product')}
fgcolor  = black
height        = 6
stranded      = 1
key           = data_sub_modul
 
[Genes]
feature      = gene
glyph        = so_transcript
bgcolor      = yellow
height       = 6
description  = 1
key          = Named gene
 
[CDS]
feature      = CDS
glyph        = cds
description  = 1
height       = 26
sixframe     = 1
label        = sub {shift->name . " reading frame"}
key          = CDS
citation     = This track shows CDS reading frames.
 
[tRNAs]
feature       = tRNA
glyph         = generic
bgcolor       = lightgray
fgcolor       = black
height        = 4
stranded      = 1
description   = 1
key           = tRNAs

Et enfin j'ajoute ces 3 lignes a la fin du fichier GBrowse.conf :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
 
[Neurospora_crassa_OR74A]
description = Neurospora crassa OR74A
path = 2.conf

Voici l'URL que j'ai construite donnant acces directement a l'information d'intérêt

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
http://localhost/cgi-bin/gb2/gbrowse/Neurospora_crassa_OR74A/?ref=2;start=3535901;end=3539212

Le message d'erreur dans le log apache :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
 
[Mon Apr 18 15:49:09 2011] [error] [client ::1] Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /Library/Perl/5.8.8/darwin-thread-multi-2level/Bio/Graphics/Browser2/Render/HTML.pm line 174., referer: http://localhost/privatesite/display_annotated_public_genome.cgi
 
[Mon Apr 18 15:49:09 2011] [error] [client ::1] Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /Library/Perl/5.8.8/darwin-thread-multi-2level/Bio/Graphics/Browser2/Render.pm line 821., referer: http://localhost/privatesite/display_annotated_public_genome.cgi

Merci beaucoup d'avance !

[fripette]

Bon toujours pas d'evolution mais maintenant un message d'erreur supplementaire :

"le referentiel n'est pas reconnu"

help ?!?

[a.tinakoua]

Bonjour,
C'est trop tard et je sais pas si vous avez encore besoin de réponse... sinon ça va surement aider quelqu'un...
Le message que vous avez obtenu : "le referentiel n'est pas reconnu" est dû au fait que Gbrowse se base sur l'option "Name" pour effectuer sa recherche...
si vous voulez que vote page s'affiche il faut aller dans votre fichier gff et ajouter Name= 2; dans votre cas:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
 
##gff-version 3
 #!gff-spec-version 1.14
 #!source-version NCBI C++ formatter 0.2
2 NCBI locus_tag 34269712 34270566 . - . locus_tag=NCU00001;Name=2 (data from NCBI for each locus_tag for the species )
 
 
2 Database data_locus_tag 3535901 3539212 . + . locus_tag=NCU11405
2 Database data_sub_modul 3537659 3540134 . + . product=X1;locus_tag=NCU11405;entry_id=23449
2 Database data_sub_modul 3537530 3537656 . + . product=X2;locus_tag=NCU11405;entry_id=23449
2 Database data_sub_modul 3537239 3537356 . + . product=X3;locus_tag=NCU11405;entry_id=23449
2 Database data_sub_modul 3535961 3537206 . + . product=X4;locus_tag=NCU11405;entry_id=23449
2 Database data_sub_modul 3535904 3535958 . + . product=X5;locus_tag=NCU11405;entry_id=23449
2 Database data_sub_modul 3537380 3537521 . + . product=X6;locus_tag=NCU11405;entry_id=23449 (my own data for each locus_tag for the species )

Si vous voulez que la recherche se base sur le locus_tag par exemple, il faut ajouter pour chaque ligne l'option Name=votre locus_tag.
Si vous etes encore intéressé, je peux développer plus