Soucis d'algo chaine de caractère

**Thomas77380** · 14/05/2011, 19h10

Bonjour à tous,

voila je suis bloqué depuis déjà un bon moment sur une question d'algo, je voudrais récupérer le dernier caractère d'une chaine de caractère qui en contient plusieurs occurences, exemples: je veux récupérer le dernier caractère "(", soit celui qui est en rouge dans l'exemple "((...))..()"

Voici mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
seq="AUCGUCGAUC"
 
struct="(()).(...)"
 
 
if len(seq) != len(struct):
	print('ERREUR LA SEQUENCE ET LA TAILLE DU MOTIF DOIVENT AVOIR LA MEME TAILLE')
	print('\n')
	print('La sequence a une taille de :', len(seq))
	print('La structure a une taille de :', len(struct))
	print ('\n')
 
x=' '
 
First=0
i=0
j=0
LastPosition=0
 
for i, el in enumerate(struct):
	while (el=='(') and  (i <= len(struct)):
			LastPosition=i
 
			#struct = struct.replace(el," ")
			break	
 
print ('Le dernier ( est a la position : ', LastPosition)
 
for LastPosition, el in enumerate(struct):
		if el==')':
			First = LastPosition
 
			#struct = struct.replace(el," ")
print ('Le premier ) est a la position : ',First)
 
print struct

Dans la première partie du code j'arrive à récupérer la position du dernier élement et à l'afficher en la stockant dans ma variable "LastPosition", mais je voudrais récupérer le caractère (et non la position), car je voudrais supprimer ce caractère apres l'avoir récupérer, si je fais un struct = struct.replace('(', "") je vais supprimer toutes les occurences de '(', voila pourquoi je voudrais récupérer ce caractère pour le supprimer ensuite. J'espère que c'est pas trop flou

Merci à vous

**VinsS** · 14/05/2011, 20h25

Salut,

Tout d'abord, tu peux parcourir une chaine (ou liste) en sens descendant.

>>> for i in range(len(ch)-1, 0, -1):
... print ch[i]
...
f
e
d
c
b

Ensuite tu veux connaitre le caractère et non sa position or ton code dit que tu cherches un caractère spécifique, que tu connais déjà donc.

???

En tout état de cause, tu fais :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
caractère = struct.pop(i)

ce qui aura pour effet de supprimer le caractère en question et tu le récupéreras dans ta variable 'caractère'.

Non ?

**josmiley** · 14/05/2011, 21h11

Envoyé par VinsS

En tout état de cause, tu fais :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
caractère = struct.pop(i)

ce qui aura pour effet de supprimer le caractère en question et tu le récupéreras dans ta variable 'caractère'.

Non ?

un pop() sur un string ???

**mont29** · 14/05/2011, 21h26

Eh eh, non, pas de (pape du) pop en string

(puisqu’elles sont immutable…)

Par contre, un simple

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

struct = "".join((struct[:i], struct[i+1:]))

…suffit à se débarrasser de l’importun caractèr(i)e(l)

**Pierre Maurette** · 15/05/2011, 05h52

Bonjour,
- Si on se fiche de connaitre i:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

struct = ''.join(struct.rsplit('(', 1))

épicétou.

- Si on veut également i:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
cut = struct.rsplit('(', 1)
i, struct = len(cut[0]), ''.join(cut)

**PauseKawa** · 15/05/2011, 09h27

Ben oui pop...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
>>> struct = "(()).(..a.)"
>>> l = list(struct)
>>> l.pop(struct.rfind('a'))
'a'
>>> struct = ''.join(l)
>>> struct
'(()).(...)'

Bon.. Ok --->[]

**Thomas77380** · 15/05/2011, 17h56

Bonjour à tous et merci pour vos réponses,

En fait je veux récupérer les couples de parenthèses (), garder la position en mémoire, et stocker le caractère pour le supprimer par la suite, car mon but final est de récupérer tous les couples (), seulement je réfléchis a un algo pour récupérer les bon couples, un peu comme dans un calcul mathématique complexe il faut associer les bonnes parenthèses entres elles, bref c'est comme ça que j'ai raissoné, je récupère la dernière parenthèse ouvrante, puis je fais une boucle a partir de la position ou j'ai trouvé la dernière parenthèse ouvrante pour trouver la première parenthèse fermante ( qui sera forcémment la bonne, formant ainsi le bon couple), ensuite je les supprime et je voudrais réitéré jusqu'a les avoir toutes récupétrés, j'espère que c'est plus clair

J'ai essayé vos astuces et ca marche pour ma seconde boucle, mais pour la 1ere je supprime toutes les occurences de la parenthèse ouvrante :/ Voici le code actuel :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
seq="AUCGUCGAUC"
 
struct="(()).(...)"
 
 
if len(seq) != len(struct):
	print('ERREUR LA SEQUENCE ET LA TAILLE DU MOTIF DOIVENT AVOIR LA MEME TAILLE')
	print('\n')
	print('La sequence a une taille de :', len(seq))
	print('La structure a une taille de :', len(struct))
	print ('\n')
 
x=' '
 
First=0
i=0
j=0
LastPosition=0
 
for i, el in enumerate(struct):
	while (el=='(') and  (i <= len(struct)):
			LastPosition=i
 
 
			#struct = struct.replace(el," ")
			break	
 
print ('Le dernier ( est a la position : ', LastPosition)
 
for LastPosition, el in enumerate(struct):
		if el==')':
			First = LastPosition
			x = el
			struct = "".join((struct[:i], struct[i+1:]))
print ('Le premier ) est a la position : ',First)
 
print struct
print x

PS : en fait la condition de la boucle est nulle, je n'arrive pas a récupérer que la dernière parenthèse ouvrante, je les récupère toute.

**josmiley** · 16/05/2011, 10h51

donnes un exemple d'input/output (j'ai ça en entrée, je veux ça en sortie).
j'ai l'impression que tu veux faire une sorte d' "ordre de priorité", mais c'est pas clair ...

**Thomas77380** · 16/05/2011, 11h31

En entrée j'ai une séquence avec un alphabet seq='AUCGC'

et une structure correspondante a ma sequence, struct='().()'

En sortie je veux :

A C G
| . __|
U _ C

l'affichage bug je suis pas doué... le A est en face du U relié par un '|', le C est seul, il y a juste un '.' sur la seconde ligne, et enfin le G est lié au C par un '|'.

en fait je veux lier les lettres en elles (en fonction de l'agencement des parenthèses), lorsque qu'un point apparait cela signifie qu'il n'y a pas d'appariment. Voila le résultat final que j'aimerais en sortie.

**Pierre Maurette** · 16/05/2011, 11h40

Je suis comme josmiley, je ne comprends pas trop le but du jeu. Peut-être le premier problème est-il de trouver les couples de parenthèses de même rang, et ce qu'il y a entre ? C'est alors un problème assez classique. Dans Google, avec python, vous ajoutez parenthesis matching (ou appairage parenthèses). Vous aurez des solutions le plus souvent regex.
Une idée pour un algo classique: à partir d'une '(', vous initialisez une variable à 0, vous faites +1 pour chaque '(' rencontré, et -1 pour chaque ')'. La ')' correspondante est la première rencontrée avec la variable à 0.

Remarque: il est utile pour poster un problème de faire un embryon de cahier des charges. D'ailleurs le plus souvent en le rédigeant on répond soi-même à la question avant de la poser...

**josmiley** · 16/05/2011, 11h47

avec ça ça donnerait quoi ?

seq="AUCGUCGAUC"

struct="(()).(...)"

**Thomas77380** · 16/05/2011, 11h51

Oui ok je vais essayer de poser un peu plus les choses ca semble bien plus compliqué que je ne pensais.

avec ça ça donnerait quoi ?

seq="AUCGUCGAUC"

struct="(()).(...)"

Pour une question de lisibilité je vais présenter le résultat horizontalement:

A --- G
U --- C
U .
C --- C
G .
A .
U .

**josmiley** · 16/05/2011, 12h13

l'ordre a une importance ?

**Thomas77380** · 16/05/2011, 12h16

Oui la séquence finale doit respectée l'ordre d'apparition des parenthèses, comme dans l'exemple.

**josmiley** · 16/05/2011, 12h54

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
seq=bytearray("AUCGUCGAUC")
 
struct=bytearray("(()).(...)" )
 
out = []
 
while seq:
    if chr(struct[0]) == '.':
        out.append(chr(seq.pop(0)))
        struct.pop(0)
    elif chr(struct[0]) == '(':
        idx = 1
        for e,i in enumerate(struct[1:]):
            if chr(i) == '(':
                idx+=1
            elif chr(i) == ')': idx-=1
            if not idx: break
        out.append((chr(seq.pop(0)),chr(seq.pop(e))))
        struct.pop(0)
        struct.pop(e)
 
print out
 
[('A', 'G'), ('U', 'C'), 'U', ('C', 'C'), 'G', 'A', 'U']

bon, c'est crade ...
j'a fait ça vite fait ...
en gros, tu scannes tes deux chaines en même temps, si t'as un '.', tu retires la lettre correspondante ainsi que le '.', si t'as un '(' tu retires la lettre correspondante et le '(' AINSI QUE le ')' correspondant et la lettre qui y correspond ...
ça fait pas mal de correspondance.

**Thomas77380** · 16/05/2011, 12h58

Je vais tester ça, merci d'avoir pris de votre temps c'est vraiment sympa

Ce code nécessite t'il l'importation d'une librairie spécifique ? j'obtiens le message d'erreur suivant lorsque je tente de l'executer :

"NameError: name 'bytearray' is not defined"

**josmiley** · 16/05/2011, 13h21

Envoyé par Thomas77380

Je vais tester ça, merci d'avoir pris de votre temps c'est vraiment sympa

Ce code nécessite t'il l'importation d'une librairie spécifique ? j'obtiens le message d'erreur suivant lorsque je tente de l'executer :

"NameError: name 'bytearray' is not defined"

ça dépend peut-être de la version de python ... j'ai 2.7.

**mont29** · 16/05/2011, 13h45

La solution de josmiley me semble parfaite – c’est aussi l’algorithme que j’aurais utilisé. Par contre, pourquoi utiliser bytearray, qui en plus oblige à systématiquement reconvertir en chr ?

Voici une version avec list, testée sous 2.6 :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
seq = list("AUCGUCGAUC")
 
struct = list("(()).(...)")
 
out = []
 
while seq:
    if struct[0] == '.':
        out.append(seq.pop(0))
        struct.pop(0)
    elif struct[0] == '(':
        idx = 1
        for e,i in enumerate(struct[1:]):
            if i == '(':
                idx += 1
            elif i == ')':
                idx -= 1
            if not idx: break
        out.append((seq.pop(0), seq.pop(e)))
        struct.pop(0)
        struct.pop(e)
 
print out
 
[('A', 'G'), ('U', 'C'), 'U', ('C', 'C'), 'G', 'A', 'U']

PS : Thomas, c’est quoi comme ADN, et à quoi correspond ce regroupement ?

**Thomas77380** · 16/05/2011, 14h06

ça fonctionne merci

, je vais regarder tout ça en détail maintenant.

PS : Thomas, c’est quoi comme ADN, et à quoi correspond ce regroupement ?

En fait ce sont des séquences d'ARN, et la structure composée de point et de parenthèses est obtenue suite à l'execution de logiciel de prédiction de structure secondaire d'ARN (c''est à dire le repliement de la molécule d'ARN, d'où cette notion d'appariement). Je ne travail pas sur un regroupement particulier en fait je dois pouvoir matérialiser graphiquement ces structures secondaires d'ARN à partir de n'importe quelles séquences / structures.

Voici un lien vers un logiciel, ce sera sûrement plus parlant :
http://varna.lri.fr/demo.html

EDIT : en fait je suis biologiste de formation et comme vous avez pu le constater mes compétences en programmation sont assez faibles, je ne connais pas trop les listes en python (encore moins que les chaines de caractères c'est dire...) mais à votre avis est'il possible de manipuler cet algo pour avoir un affichage vertical ? car là les appariements sont parfaits, c'est juste le rendu graphique qui pose "problême", j'aimerai obtenir quelque chose qui ressemble à peu près ca :

c agg gagguag gguuguau
| ||| ||||||| ||||||||||| || ||
g uuu uuccauu ccaaca

je voudrais juste savoir si c''est faisable en manipulant des listes ?

**josmiley** · 16/05/2011, 16h25

Envoyé par mont29

La solution de josmiley me semble parfaite – c’est aussi l’algorithme que j’aurais utilisé. Par contre, pourquoi utiliser bytearray, qui en plus oblige à systématiquement reconvertir en chr ?

Voici une version avec list, testée sous 2.6 :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
seq = list("AUCGUCGAUC")
 
struct = list("(()).(...)")
 
out = []
 
while seq:
    if struct[0] == '.':
        out.append(seq.pop(0))
        struct.pop(0)
    elif struct[0] == '(':
        idx = 1
        for e,i in enumerate(struct[1:]):
            if i == '(':
                idx += 1
            elif i == ')':
                idx -= 1
            if not idx: break
        out.append((seq.pop(0), seq.pop(e)))
        struct.pop(0)
        struct.pop(e)
 
print out
 
[('A', 'G'), ('U', 'C'), 'U', ('C', 'C'), 'G', 'A', 'U']