En passant par un UpdatePanel :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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ScriptManager.RegisterStartupScript(
    controle_declencheur, 
    Me.GetType(),
    "clé_unique_identifiant_le_bloc_de_script",
    "alert('votre_message...');",
    True)
Sans passer par un UpdatePanel :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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Page.ClientScript..RegisterStartupScript(
    Me.GetType(),
    "clé_unique_identifiant_le_bloc_de_script",
    "alert('votre_message...');",
    True)

Le dernier argument qui ici est à True permet d'ajouter automatiquement le bloc <script></script>.