Discussion :

[abysse]

Bonjour,
J'ai un script fourni par un ami qui permet de récupérer le titres des publications dans NCBI selon un mot clé.

Il me permet de connaitre les publications ayant par exemple réaliser un inventaires moléculaires de plus de 50 séquences.

Le problème avec ce script c'est qu'il ne fonctionne pas, pouvez vous m'aider ?

Voici le script :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use Bio::DB::GenBank;
    $gb = Bio::DB::GenBank->new();
	my @lsttitre = ();
	my @lstnbx = ();
	my $newtitre = true;
	$nb = 0;
	$cpteur = 0;
       my $query = Bio::DB::Query::GenBank->new
      #  (-query   =>'compost',
		(-query   =>'bacteria[ORGN] AND compost*[WORD]',
         -db      => 'nucleotide');
    my $seqio = $gb->get_Stream_by_query($query);
 
    while( my $seq =  $seqio->next_seq )
		{
		  # print "seq length is ", $seq->length,"\n";
		  #$nb = $nb + 1;
 
		  #print "seq: ", $seq->desc(),"\n";
		  #print "seq: ", $seq->seq(),"\n";
		  #print "seq: ", $seq->TITL(),"\n";
		  my $ann      = $seq->annotation(); # annotation object
			foreach my $ref ( $ann->get_Annotations('reference') ) 
			{
				$nb = 0;
				$newtitre = 1;
					# Boucle qui parcourt la liste jusqu'à sa fin.
				while( $nb < ($#lsttitre + 1) )
				{
				#print("Recherche " + "\n");
					if (@lsttitre[$nb] eq $ref->title)
					{
					#print(@lsttitre[$nb], " Occ ", $ref->title, "\n");
					@lstnbx[$nb] ++;
					$newtitre --;
					#print(" Occ ", "\n");
 
					}
					else
					{
						# Ne RIEN FAIRE !!!
					}
				$nb = $nb + 1;
				}
 
					# Nouvelle occurence
				if ($newtitre == 1)
				{
				push(@lsttitre, $ref->title); 
				push(@lstnbx, 1); 
				#print(" New_OCC ", "\n");
				}
			}
		}
	print "\n";
	print "nombre de titres est ", $#lsttitre + 1, "\n";
	print "nombre d'occurences est ", $#lstnbx + 1, "\n";
 
	$nbc = 0;
	while( $nbc < ($#lsttitre + 1) )
	{
		if (@lstnbx[$nbc] > 49)
		{
			print "Titre #", $nbc,": ", @lsttitre[$nbc], "\n", "                              (", @lstnbx[$nbc], " sequences)", "\n", "\n";
			$cpteur = $cpteur + 1;
		}
		$nbc = $nbc + 1;
	}
 
	print "nombre de titres avec 50 seq. et + : ", $cpteur, "\n";

Merci
config ActivePerl5.12.3

[djibril]

Le problème avec ce script c'est qu'il ne fonctionne pas, pouvez vous m'aider ?

Informatiquement, ça ne veut rien dire !! doit-on deviner ce qui ne fonctionne pas ?

[abysse]

Ok désolé
je veux dire que quand je lance la commande dans dos (perl info.pl)

Le curseur clignote mais aucune réponse au début je me suis dis, c'est normal il cherche mais je l'ai laissé tourné une nuit pour voir et au bout du compte il ne s'est rien passé.

C'est plus clair ?
Je débute avec bioperl

Merci