Le code que tu me montre (du source) ne répond pas exactement à la question de comment ton application est compilée à l'heure actuelle 
Ton code vérifie si un certain répertoire contient ou non un JDK complet.
Est ce code (et ce qu'il y a autour) qui est lancé par un exe?
Si oui, cet exe utilise-t'il un jar qui contient ce code compilé de manière classique, ou bien cet exe contient-il à lui tout seul tout le code?
Pour ce qui est de la compilation, tout dépend de ton environnement de travail.
* Pour un effet "one shot" Eclipse génère des jars (clic gauche sur le projet, Export -> JarFile).
* Pour quelque chose de plus industriel, l'outil de référence de nos jours est maven ( http://maven.apache.org/ ).
Pour ce qui est de l'exécution une fois le jar créé, soit l'IDE le fait (sans même forcément devoir créer le jar, d'ailleurs) pour les tests, soit en mode production tu crée un script (.bat dans windows) pour lancer ta JVM, du style:
<chemin vers un JRE>/java -cp <chemin complet de ton jar> <nom de la classe qui contient la méthode main>
Dans le classpath (paramètre -cp) tu peux avoir à compléter avec d'autres jars si ton code fait appel à des libs.
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